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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4k0b | ||||||
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タイトル | Crystal structure of S-Adenosylmethionine synthetase from Sulfolobus solfataricus complexed with SAM and PPi | ||||||
要素 | S-adenosylmethionine synthase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / one-carbon metabolic process / magnesium ion binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sulfolobus solfataricus (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.39 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, F. / Hurley, K.A. / Helmich, K.E. / Singh, S. / Bingman, C.A. / Thorson, J.S. / Phillips Jr., G.N. / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro) | ||||||
引用 | ジャーナル: Febs J. / 年: 2014 タイトル: Understanding molecular recognition of promiscuity of thermophilic methionine adenosyltransferase sMAT from Sulfolobus solfataricus. 著者: Wang, F. / Singh, S. / Zhang, J. / Huber, T.D. / Helmich, K.E. / Sunkara, M. / Hurley, K.A. / Goff, R.D. / Bingman, C.A. / Morris, A.J. / Thorson, J.S. / Phillips, G.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4k0b.cif.gz | 182.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4k0b.ent.gz | 151.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4k0b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4k0b_validation.pdf.gz | 790.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4k0b_full_validation.pdf.gz | 797.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4k0b_validation.xml.gz | 36.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4k0b_validation.cif.gz | 53.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/4k0b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/4k0b | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 45330.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 遺伝子: mat, Ssol_1180 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q980S9, methionine adenosyltransferase |
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-非ポリマー , 5種, 601分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-DPO / | #4: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #5: 化合物 | ChemComp-SAM / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.54 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: Protein Solution (9.0 mg/ml protein in 25mM Tris pH 8.0, 5mM ADP, 10mM Methione, 10mM MgCl2, 50mM KCl and 5mM DTT) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (1.4M Sodium phosphate monobasic ...詳細: Protein Solution (9.0 mg/ml protein in 25mM Tris pH 8.0, 5mM ADP, 10mM Methione, 10mM MgCl2, 50mM KCl and 5mM DTT) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (1.4M Sodium phosphate monobasic monohydrate / Potassium phosphate dibasic, pH 5.6) Cryoprotected with 25% Ethylene Glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月13日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.93→50 Å / Num. all: 217046 / Num. obs: 215744 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 44.395 Å2 / Rmerge F obs: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.165 / Rrim(I) all: 0.175 / Net I/σ(I): 8.66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.39→49.42 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.21 / FOM work R set: 0.8621 / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.46 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 217.65 Å2 / Biso mean: 38.3032 Å2 / Biso min: 12.05 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.39→49.42 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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