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- PDB-4k08: Periplasmic sensor domain of chemotaxis protein, Adeh_3718 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k08
タイトルPeriplasmic sensor domain of chemotaxis protein, Adeh_3718
要素Methyl-accepting chemotaxis sensory transducer
キーワードSIGNALING PROTEIN / methyl accepting chemotaxis / Anaeromyxobacter dehalogenans / PAS-like sensor domain / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / periplasmic sensor domain
機能・相同性
機能・相同性情報


chemotaxis / transmembrane signaling receptor activity / signal transduction / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Single Cache domain 2 / Single Cache domain 2 / Cache_2 / : / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain ...Single Cache domain 2 / Single Cache domain 2 / Cache_2 / : / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / PAS domain / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Methyl-accepting chemotaxis sensory transducer
類似検索 - 構成要素
生物種Anaeromyxobacter dehalogenans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Pokkuluri, P.R. / Mack, J.C. / Bearden, J. / Rakowski, E. / Schiffer, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Microbiologyopen / 年: 2013
タイトル: Analysis of periplasmic sensor domains from Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C: structure of one sensor domain from a histidine kinase and another from a chemotaxis protein.
著者: Pokkuluri, P.R. / Dwulit-Smith, J. / Duke, N.E. / Wilton, R. / Mack, J.C. / Bearden, J. / Rakowski, E. / Babnigg, G. / Szurmant, H. / Joachimiak, A. / Schiffer, M.
履歴
登録2013年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月15日Group: Database references
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyl-accepting chemotaxis sensory transducer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4413
ポリマ－17,3171
非ポリマー1242
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Methyl-accepting chemotaxis sensory transducer
ヘテロ分子

A: Methyl-accepting chemotaxis sensory transducer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8836
ポリマ－34,6342
非ポリマー2494
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area2250 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area13020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.595, 50.595, 112.733
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Methyl-accepting chemotaxis sensory transducer


分子量: 17317.023 Da / 分子数: 1 / 断片: Periplasmic sensor domain (UNP residues 38-190) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anaeromyxobacter dehalogenans (バクテリア)
株: 2CP-C / 遺伝子: Adeh_3718 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2IFX2
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: Membfac-2 (12% PEG4000, 0.1M sodium acetate pH 4.6, 0.1 M zinc acetate) diluted by water; (membfac-2, 350 uL + water, 150 uL), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97911 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2010年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→100 Å / Num. obs: 21845 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 53
反射 シェル解像度: 2→2.02 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.196 / Mean I/σ(I) obs: 8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→34.594 Å / SU ML: 0.53 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.3 / 立体化学のターゲット値: MLHL / 詳細: Hydrogens were added in the riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2377 1037 4.76 %
Rwork0.1953 --
obs0.1972 21799 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.77 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.13 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.1087 Å2-0 Å20 Å2
2---2.1087 Å2-0 Å2
3---4.2174 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→34.594 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1121 0 5 76 1202
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0191180
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6751603
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.421430
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.095165
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008214
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0001-2.10560.28641480.23482986X-RAY DIFFRACTION100
2.1056-2.23750.29021650.22572901X-RAY DIFFRACTION100
2.2375-2.41020.25681680.19572998X-RAY DIFFRACTION100
2.4102-2.65260.2311630.19842952X-RAY DIFFRACTION100
2.6526-3.03630.27411190.18342966X-RAY DIFFRACTION100
3.0363-3.82460.23521380.18622978X-RAY DIFFRACTION100
3.8246-34.5990.20211360.19272981X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.17350.165-0.55633.80820.21333.5337-0.14460.2946-0.4766-0.37350.00140.63070.4816-0.6357-0.08270.3012-0.1380.06490.357-0.07660.40592.477818.4851.8602
21.959-0.2559-0.41391.1006-0.19042.3438-0.0654-0.0592-0.65340.6040.29150.45220.28540.020.70790.32370.07390.3550.17530.08560.18959.781320.472614.3858
31.82431.1885-0.99650.9166-0.66641.065-0.10480.0627-0.29540.28710.0360.51530.2134-0.6110.08770.35180.02720.35450.38310.11470.6354-4.079220.11417.9493
41.219-0.5482-0.45081.67180.03121.9357-0.17260.1475-0.24420.17260.18520.3650.0343-0.4211-0.0380.26260.03870.17080.27470.05260.3842.743425.670711.3681
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 38:68)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 69:128)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 129:140)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 141:181)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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