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- PDB-4jzw: Crystal structure of CD4-mimetic miniprotein M48U1 in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jzw
タイトルCrystal structure of CD4-mimetic miniprotein M48U1 in complex with HIV-1 YU2 gp120 in P212121 space group
要素
  • CD4-MIMETIC MINIPROTEIN M48U1
  • HIV-1 YU2 gp120 glycoprotein
キーワードViral protein/INHIBITOR / glycoprotein / HIV-1 attachment glycoprotein / CD4-mimetic miniprotein / CD4 / HIV-1 Envelope / Viral protein-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CD4-MIMETIC MINIPROTEIN M48U1 / ISOPROPYL ALCOHOL / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.784 Å
データ登録者Acharya, P. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structural Basis for Highly Effective HIV-1 Neutralization by CD4-Mimetic Miniproteins Revealed by 1.5 A Cocrystal Structure of gp120 and M48U1.
著者: Acharya, P. / Luongo, T.S. / Louder, M.K. / McKee, K. / Yang, Y. / Do Kwon, Y. / Mascola, J.R. / Kessler, P. / Martin, L. / Kwong, P.D.
履歴
登録2013年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月10日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIV-1 YU2 gp120 glycoprotein
G: HIV-1 YU2 gp120 glycoprotein
M: CD4-MIMETIC MINIPROTEIN M48U1
R: CD4-MIMETIC MINIPROTEIN M48U1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,22133
ポリマ－89,5044
非ポリマー4,71729
水16,862936
1
A: HIV-1 YU2 gp120 glycoprotein
G: HIV-1 YU2 gp120 glycoprotein
M: CD4-MIMETIC MINIPROTEIN M48U1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,16432
ポリマ－86,4483
非ポリマー4,71729
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: HIV-1 YU2 gp120 glycoprotein
G: HIV-1 YU2 gp120 glycoprotein
R: CD4-MIMETIC MINIPROTEIN M48U1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,16432
ポリマ－86,4483
非ポリマー4,71729
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.651, 78.009, 163.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 22分子 AGMR

#1: タンパク質 HIV-1 YU2 gp120 glycoprotein


分子量: 41695.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: YU2 / 遺伝子: gp120 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P35961*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド CD4-MIMETIC MINIPROTEIN M48U1


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 3056.804 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: DERIVED FROM SCYLLATOXIN (A SCORPION TOXIN) BY TRANSPLANTING THE GP120-INTERACTIVDERIVED FROM SCYLLATOXIN (A SCORPION TOXIN) BY TRANSPLANTING THE GP120-INTERACTIVE REGION OF CD4 ONTO THE ...詳細: DERIVED FROM SCYLLATOXIN (A SCORPION TOXIN) BY TRANSPLANTING THE GP120-INTERACTIVDERIVED FROM SCYLLATOXIN (A SCORPION TOXIN) BY TRANSPLANTING THE GP120-INTERACTIVE REGION OF CD4 ONTO THE SCYLLATOXIN SCAFFOLD,E REGION OF CD4 ONTO THE SCYLLATOXIN SCAFFOLD,
参照: CD4-MIMETIC MINIPROTEIN M48U1
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 947分子

#4: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 936 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細THE CD4-MIMETIC MINIPROTEINS INHIBIT HIV-1 ENTRY AND ARE DERIVED FROM SCYLLATOXIN (A SCORPION TOXIN) ...THE CD4-MIMETIC MINIPROTEINS INHIBIT HIV-1 ENTRY AND ARE DERIVED FROM SCYLLATOXIN (A SCORPION TOXIN) BY TRANSPLANTING THE GP120-INTERACTIVE REGION OF CD4 ONTO THE SCYLLATOXIN SCAFFOLD, FOLLOWED BY MANY ROUNDS OF ITERATIVE OPTIMIZATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.67 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6
詳細: 9% PEG 4000, 14% isopropanol, 100 mM sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年3月11日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.784→50 Å / Num. all: 77460 / Num. obs: 64834 / % possible obs: 83.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 25.68 Å2 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 22.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.438 / % possible all: 74.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_755)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.784→24.659 Å / SU ML: 0.18 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2088 3222 4.99 %
Rwork0.1637 --
obs0.166 64614 82.73 %
all-77460 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.784→24.659 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5720 0 298 936 6954
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096287
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1068469
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.382322
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066990
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051058
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7845-1.81110.3389900.27061582X-RAY DIFFRACTION49
1.8111-1.83940.32851340.25972520X-RAY DIFFRACTION80
1.8394-1.86950.23791440.22292682X-RAY DIFFRACTION84
1.8695-1.90170.26631560.20482686X-RAY DIFFRACTION85
1.9017-1.93630.2411420.19442760X-RAY DIFFRACTION86
1.9363-1.97350.25131510.1952706X-RAY DIFFRACTION85
1.9735-2.01380.24171330.18452769X-RAY DIFFRACTION86
2.0138-2.05760.22931330.17872786X-RAY DIFFRACTION86
2.0576-2.10540.21681330.17282763X-RAY DIFFRACTION87
2.1054-2.1580.21981280.16632754X-RAY DIFFRACTION86
2.158-2.21630.20411500.15932784X-RAY DIFFRACTION87
2.2163-2.28150.20071470.16022805X-RAY DIFFRACTION87
2.2815-2.35510.22111490.15842766X-RAY DIFFRACTION87
2.3551-2.43920.21311620.15532785X-RAY DIFFRACTION87
2.4392-2.53680.23631270.1612786X-RAY DIFFRACTION87
2.5368-2.65210.22871420.16362770X-RAY DIFFRACTION86
2.6521-2.79170.22031560.16682736X-RAY DIFFRACTION85
2.7917-2.96640.19261380.16872698X-RAY DIFFRACTION84
2.9664-3.1950.21241360.15642706X-RAY DIFFRACTION83
3.195-3.51570.2221400.15942683X-RAY DIFFRACTION82
3.5157-4.02250.19811480.1422645X-RAY DIFFRACTION81
4.0225-5.06070.17221380.13122634X-RAY DIFFRACTION80
5.0607-24.66090.17021450.17892586X-RAY DIFFRACTION75
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.77780.0761-0.23870.7628-0.40621.2062-0.0252-0.13080.04490.1261-0.0053-0.0094-0.01560.05290.03120.26670.0122-0.01010.2482-0.01080.24958.431320.267317.4544
20.95880.14810.1441.28540.44130.9753-0.0124-0.139-0.00550.1343-0.00360.07670.0453-0.050.01410.23080.00840.0230.20640.01730.1856-8.4387-20.253917.5419
37.2988-3.6395-0.59364.9312.14011.9037-0.1038-0.0046-0.5601-0.3997-0.1948-0.79260.85370.61210.19070.46530.13410.13190.31190.09550.438220.62414.13798.8989
48.8783-6.53510.03456.5901-0.53823.6878-0.1939-0.20020.6015-0.02980.22150.9853-0.5436-0.2414-0.00560.36550.0487-0.06220.2252-0.01720.5052-21.4233-4.11749.8421
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain G
2X-RAY DIFFRACTION2chain A
3X-RAY DIFFRACTION3chain M
4X-RAY DIFFRACTION4chain R

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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