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万見
- PDB-4jzd: Structure of factor VIIA in complex with the inhibitor 2-{2-[(4-c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jzd
タイトルStructure of factor VIIA in complex with the inhibitor 2-{2-[(4-carbamimidoylphenyl)carbamoyl]-6-methoxypyridin-3-yl}-5-{[(2S)-1-hydroxy-3,3-dimethylbutan-2-yl]carbamoyl}benzoic acid
要素
  • Factor VIIa (Heavy Chain)
  • Factor VIIa (Light Chain)
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / glycoprotein / serine protease / plasma / blood coagulation factor / protein inhibitor complex / calcium binding / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


coagulation factor VIIa / response to Thyroid stimulating hormone / response to astaxanthin / response to thyrotropin-releasing hormone / response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / response to genistein / serine-type peptidase complex / response to carbon dioxide / response to vitamin K / response to thyroxine ...coagulation factor VIIa / response to Thyroid stimulating hormone / response to astaxanthin / response to thyrotropin-releasing hormone / response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / response to genistein / serine-type peptidase complex / response to carbon dioxide / response to vitamin K / response to thyroxine / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of leukocyte chemotaxis / response to cholesterol / response to growth hormone / positive regulation of positive chemotaxis / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of blood coagulation / positive regulation of TOR signaling / animal organ regeneration / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Gamma-carboxylation of protein precursors / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / serine-type peptidase activity / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / protein processing / Golgi lumen / response to estrogen / circadian rhythm / blood coagulation / response to estradiol / : / vesicle / response to hypoxia / positive regulation of cell migration / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Laminin / Laminin / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. ...Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Laminin / Laminin / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Ribbon / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1NJ / Coagulation factor VII
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Jacobson, B.L. / Anumula, R.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2013
タイトル: Discovery of nonbenzamidine factor VIIa inhibitors using a biaryl acid scaffold.
著者: Bolton, S.A. / Sutton, J.C. / Anumula, R. / Bisacchi, G.S. / Jacobson, B. / Slusarchyk, W.A. / Treuner, U.D. / Wu, S.C. / Zhao, G. / Pi, Z. / Sheriff, S. / Smirk, R.A. / Bisaha, S. / Cheney, ...著者: Bolton, S.A. / Sutton, J.C. / Anumula, R. / Bisacchi, G.S. / Jacobson, B. / Slusarchyk, W.A. / Treuner, U.D. / Wu, S.C. / Zhao, G. / Pi, Z. / Sheriff, S. / Smirk, R.A. / Bisaha, S. / Cheney, D.L. / Wei, A. / Schumacher, W.A. / Hartl, K.S. / Liu, E. / Zahler, R. / Seiler, S.M.
履歴
登録2013年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月4日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name / _software.version
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Factor VIIa (Heavy Chain)
L: Factor VIIa (Light Chain)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,91012
ポリマ－34,1342
非ポリマー1,77610
水5,350297
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3470 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area14410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.830, 94.830, 118.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-654-

HOH

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 HL

#1: タンパク質 Factor VIIa (Heavy Chain) / Factor VII heavy chain / Activated Factor VIIA Heavy Chain / Coagulation factor VII / Proconvertin ...Factor VII heavy chain / Activated Factor VIIA Heavy Chain / Coagulation factor VII / Proconvertin / Serum prothrombin conversion accelerator / SPCA


分子量: 28103.256 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 213-466 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F7 / 発現宿主: Cricetinae (ネズミ) / 参照: UniProt: P08709, coagulation factor VIIa
#2: タンパク質 Factor VIIa (Light Chain) / Factor VII light chain / Coagulation factor VII / Proconvertin / Serum prothrombin conversion ...Factor VII light chain / Coagulation factor VII / Proconvertin / Serum prothrombin conversion accelerator / SPCA


分子量: 6030.827 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 150-204 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F7 / 発現宿主: Cricetinae (ネズミ) / 参照: UniProt: P08709, coagulation factor VIIa

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非ポリマー , 5種, 307分子

#3: 化合物 ChemComp-1NJ / 2-{2-[(4-carbamimidoylphenyl)carbamoyl]-6-methoxypyridin-3-yl}-5-{[(2S)-1-hydroxy-3,3-dimethylbutan-2-yl]carbamoyl}benzoic acid


分子量: 533.576 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H31N5O6
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.48 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 100 mM bicine, pH 9.0, 1.4-1.9 M lithium sulfate, 5% v/v MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: BRANDEIS 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.198→24.679 Å / Num. obs: 28001 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 29.69 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 24.8
反射 シェル解像度: 2.198→2.38 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.183 / Mean I/σ(I) obs: 8.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER-TNTBUSTER 2.9.4精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
DENZO(DENZO)データ削減
SCALEPACK(DENZO)データスケーリング
BUSTER2.9.4精密化
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1DAN

1dan


解像度: 2.2→24.679 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9486 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9342 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU R Cruickshank DPI: 0.147 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.163 / SU Rfree Blow DPI: 0.143 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.136
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=CA GOL. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=2801. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=6. ...詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=CA GOL. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=2801. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=6. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=1.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1966 1218 4.35 %RANDOM
Rwork0.1643 ---
obs0.1657 27973 99.68 %-
原子変位パラメータBiso max: 114.96 Å2 / Biso mean: 27.0992 Å2 / Biso min: 8.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.2625 Å20 Å20 Å2
2--1.2625 Å20 Å2
3----2.5251 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.194 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→24.679 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2376 0 115 297 2788
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d833SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes51HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes431HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2574HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion316SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3108SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2574HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3519HARMONIC21.05
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.84
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.28
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2189 134 4.8 %
Rwork0.1749 2659 -
all0.177 2793 -
obs--99.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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