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- PDB-4jz6: Crystal structure of a salicylaldehyde dehydrogenase from Pseudom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jz6
タイトルCrystal structure of a salicylaldehyde dehydrogenase from Pseudomonas putida G7 complexed with salicylaldehyde
要素Salicylaldehyde dehydrogenase NahF
キーワードOXIDOREDUCTASE / Protein-ligand complex / alpha/beta fold / dehydrogenase / NAD+ Binding / N-terminal 6xHis-tagged protein
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor
類似検索 - 分子機能
Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal ...Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SALICYLALDEHYDE / Salicylaldehyde dehydrogenase NahF
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.417 Å
データ登録者Coitinho, J.B. / Nagem, R.A.P.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Structural and Kinetic Properties of the Aldehyde Dehydrogenase NahF, a Broad Substrate Specificity Enzyme for Aldehyde Oxidation.
著者: Coitinho, J.B. / Pereira, M.S. / Costa, D.M. / Guimaraes, S.L. / Araujo, S.S. / Hengge, A.C. / Brandao, T.A. / Nagem, R.A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2012
タイトル: Expression, purification and preliminary crystallographic studies of NahF, a salicylaldehyde dehydrogenase from Pseudomonas putida G7 involved in naphthalene degradation.
著者: Coitinho, J.B. / Costa, D.M. / Guimaraes, S.L. / de Goes, A.M. / Nagem, R.A.
履歴
登録2013年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月8日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Salicylaldehyde dehydrogenase NahF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,25111
ポリマ－54,4081
非ポリマー84310
水6,756375
1
A: Salicylaldehyde dehydrogenase NahF
ヘテロ分子

A: Salicylaldehyde dehydrogenase NahF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,50122
ポリマ－108,8162
非ポリマー1,68620
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area10900 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area31760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.470, 169.470, 157.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-616-

HOH

21A-832-

HOH

31A-884-

HOH

41A-910-

HOH

51A-941-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Salicylaldehyde dehydrogenase NahF


分子量: 54407.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The protein was engineered to contain a 6xHis N-terminal tag
由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 株: G7 / 遺伝子: nahF / プラスミド: pET28a(TEV) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Arctic Express / 参照: UniProt: Q1XGL7, EC: 1.2.1.65
#2: 化合物 ChemComp-NK / SALICYLALDEHYDE / サリチルアルデヒド


分子量: 122.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 375 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: Protein at 15 mg/ml. Mother liquor with 1.5 M ammonium sulfate, 5%(v/v) 2-propanol in 100 mM sodium acetate acetic acid buffer pH 5.0., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.608 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月17日
放射モノクロメーター: Curved crystal of silicon (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.608 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.417→32.17 Å / Num. obs: 51558 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 3 / Biso Wilson estimate: 18.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.272 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.417→2.55 Å / 冗長度: 13.2 % / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
AMoRE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BXS

1bxs


解像度: 2.417→32.168 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2465 2619 5.08 %random
Rwork0.2089 ---
all0.2108 ---
obs0.2108 51517 99.96 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 25.779 Å2 / ksol: 0.301 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6396 Å20 Å2-0 Å2
2--0.6396 Å20 Å2
3----1.2792 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.417→32.168 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3673 0 53 375 4101
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053784
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9265117
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4871380
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061582
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004664
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.417-2.4610.41421260.38412517X-RAY DIFFRACTION99
2.461-2.50830.3761470.34852510X-RAY DIFFRACTION100
2.5083-2.55950.35251600.33672502X-RAY DIFFRACTION100
2.5595-2.61510.3421220.31162547X-RAY DIFFRACTION100
2.6151-2.67590.33381390.31512547X-RAY DIFFRACTION100
2.6759-2.74280.38181480.29932515X-RAY DIFFRACTION100
2.7428-2.81690.32461510.28192533X-RAY DIFFRACTION100
2.8169-2.89970.26551300.26382548X-RAY DIFFRACTION100
2.8997-2.99330.30471310.24952552X-RAY DIFFRACTION100
2.9933-3.10020.2781370.22752544X-RAY DIFFRACTION100
3.1002-3.22420.24081390.22282561X-RAY DIFFRACTION100
3.2242-3.37080.25251390.19392564X-RAY DIFFRACTION100
3.3708-3.54830.21791370.18122561X-RAY DIFFRACTION100
3.5483-3.77030.21221430.15682576X-RAY DIFFRACTION100
3.7703-4.06080.16041250.1362605X-RAY DIFFRACTION100
4.0608-4.46850.14391430.11542590X-RAY DIFFRACTION100
4.4685-5.11290.13941440.11362626X-RAY DIFFRACTION100
5.1129-6.43330.19561280.1532671X-RAY DIFFRACTION100
6.4333-32.17090.19481300.16652829X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 64.7522 Å / Origin y: -9.6861 Å / Origin z: 13.6149 Å
111213212223313233
T0.3736 Å2-0.0121 Å20.05 Å2-0.193 Å20.0432 Å2--0.1777 Å2
L0.4679 °20.2009 °20.0019 °2-1.3151 °2-0.1139 °2--0.6524 °2
S-0.0602 Å °-0.1046 Å °-0.0191 Å °0.0817 Å °0.0718 Å °0.1758 Å °0.1276 Å °-0.1804 Å °-0.0143 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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