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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4jyq | ||||||
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タイトル | DHP-CO crystal structure | ||||||
![]() | Dehaloperoxidase A | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / globin / peroxidase | ||||||
機能・相同性 | ![]() oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhao, J. / Srajer, V. / Franzen, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Observation of protein valves for the control of the internal flow of small molecules using time-resolved X-ray crystallography 著者: Zhao, J. / Srajer, V. / Franzen, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 72.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 54.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15548.597 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.39 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: details 0.2 M Ammonium Sulfate, 29% w/v PEG 8000 , pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: neutron |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→100 Å / Num. all: 134100 / Num. obs: 17491 / % possible obs: 67.3 % / Observed criterion σ(I): 3 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.88 Å / % possible all: 25.55 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.911 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→48.77 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.795→1.842 Å / Total num. of bins used: 20
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