[日本語] English
万見
- PDB-4jy5: Crystal structure of human Fab PGT122, a broadly reactive and pot... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jy5
タイトルCrystal structure of human Fab PGT122, a broadly reactive and potent HIV-1 neutralizing antibody
要素
  • PGT122 heavy chain
  • PGT122 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Broadly neutralizing antibody against HIV-1 / HIV-1 Env gp120 subunit
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Julien, J.-P. / Diwanji, D.C. / Burton, D.R. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2013
タイトル: Broadly neutralizing antibody PGT121 allosterically modulates CD4 binding via recognition of the HIV-1 gp120 V3 base and multiple surrounding glycans.
著者: Jean-Philippe Julien / Devin Sok / Reza Khayat / Jeong Hyun Lee / Katie J Doores / Laura M Walker / Alejandra Ramos / Devan C Diwanji / Robert Pejchal / Albert Cupo / Umesh Katpally / Rafael ...著者: Jean-Philippe Julien / Devin Sok / Reza Khayat / Jeong Hyun Lee / Katie J Doores / Laura M Walker / Alejandra Ramos / Devan C Diwanji / Robert Pejchal / Albert Cupo / Umesh Katpally / Rafael S Depetris / Robyn L Stanfield / Ryan McBride / Andre J Marozsan / James C Paulson / Rogier W Sanders / John P Moore / Dennis R Burton / Pascal Poignard / Andrew B Ward / Ian A Wilson /
要旨: New broad and potent neutralizing HIV-1 antibodies have recently been described that are largely dependent on the gp120 N332 glycan for Env recognition. Members of the PGT121 family of antibodies, ...New broad and potent neutralizing HIV-1 antibodies have recently been described that are largely dependent on the gp120 N332 glycan for Env recognition. Members of the PGT121 family of antibodies, isolated from an African donor, neutralize ∼70% of circulating isolates with a median IC50 less than 0.05 µg ml(-1). Here, we show that three family members, PGT121, PGT122 and PGT123, have very similar crystal structures. A long 24-residue HCDR3 divides the antibody binding site into two functional surfaces, consisting of an open face, formed by the heavy chain CDRs, and an elongated face, formed by LCDR1, LCDR3 and the tip of the HCDR3. Alanine scanning mutagenesis of the antibody paratope reveals a crucial role in neutralization for residues on the elongated face, whereas the open face, which accommodates a complex biantennary glycan in the PGT121 structure, appears to play a more secondary role. Negative-stain EM reconstructions of an engineered recombinant Env gp140 trimer (SOSIP.664) reveal that PGT122 interacts with the gp120 outer domain at a more vertical angle with respect to the top surface of the spike than the previously characterized antibody PGT128, which is also dependent on the N332 glycan. We then used ITC and FACS to demonstrate that the PGT121 antibodies inhibit CD4 binding to gp120 despite the epitope being distal from the CD4 binding site. Together, these structural, functional and biophysical results suggest that the PGT121 antibodies may interfere with Env receptor engagement by an allosteric mechanism in which key structural elements, such as the V3 base, the N332 oligomannose glycan and surrounding glycans, including a putative V1/V2 complex biantennary glycan, are conformationally constrained.
履歴
登録2013年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月15日Group: Database references
改定 1.22014年2月5日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
L: PGT122 light chain
H: PGT122 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4235
ポリマ－48,1472
非ポリマー2763
水4,468248
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4470 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area20130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)210.340, 42.040, 45.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.32, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: 抗体 PGT122 light chain


分子量: 22712.082 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 PGT122 heavy chain


分子量: 25434.691 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5
詳細: 0.1 M CAPS, pH 10.5, 0.2 M sodium chloride, 20% w/v PEG8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月5日
放射モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal, asymmetric cut 4.965 degrees
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→40 Å / Num. all: 39317 / Num. obs: 38560 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.75→1.85 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 5963 / Rsym value: 0.43 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4JY6

4jy6


解像度: 1.75→38.332 Å / SU ML: 0.51 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2424 1893 5.01 %RANDOM
Rwork0.1982 ---
obs0.2004 38556 95.43 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.86 Å2 / ksol: 0.377 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.7889 Å2-0 Å2-2.1184 Å2
2---2.7181 Å20 Å2
3---0.9292 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→38.332 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3242 0 18 248 3508
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073348
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1714565
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7961174
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079519
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005576
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.77310.39331260.35832625X-RAY DIFFRACTION95
1.7731-1.79740.37821570.32842623X-RAY DIFFRACTION93
1.7974-1.82310.34891170.29842520X-RAY DIFFRACTION89
1.8231-1.85030.28531480.27992690X-RAY DIFFRACTION96
1.8503-1.87920.30211580.25112713X-RAY DIFFRACTION97
1.8792-1.910.30321150.24782691X-RAY DIFFRACTION94
1.91-1.94290.29431510.24172665X-RAY DIFFRACTION97
1.9429-1.97830.25861410.23492674X-RAY DIFFRACTION95
1.9783-2.01630.26921510.22052596X-RAY DIFFRACTION94
2.0163-2.05750.25021500.21322716X-RAY DIFFRACTION97
2.0575-2.10220.26771320.19622663X-RAY DIFFRACTION94
2.1022-2.15110.24751390.19732616X-RAY DIFFRACTION95
2.1511-2.20490.22621420.19842536X-RAY DIFFRACTION89
2.2049-2.26450.24681390.19812667X-RAY DIFFRACTION97
2.2645-2.33110.28981530.21072712X-RAY DIFFRACTION97
2.3311-2.40630.2581330.20252689X-RAY DIFFRACTION97
2.4063-2.49230.21611650.19742742X-RAY DIFFRACTION97
2.4923-2.59210.27921360.19472663X-RAY DIFFRACTION97
2.5921-2.710.29251270.19492743X-RAY DIFFRACTION97
2.71-2.85290.21411300.18382567X-RAY DIFFRACTION92
2.8529-3.03160.22451220.18262769X-RAY DIFFRACTION97
3.0316-3.26550.21371640.1822719X-RAY DIFFRACTION98
3.2655-3.59390.21151390.17352699X-RAY DIFFRACTION98
3.5939-4.11340.23061340.16132682X-RAY DIFFRACTION94
4.1134-5.18050.1711530.16462716X-RAY DIFFRACTION98
5.1805-38.3410.2671390.2122708X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -27.6247 Å / Origin y: 11.2911 Å / Origin z: -5.0793 Å
111213212223313233
T0.1588 Å20.0141 Å2-0.01 Å2-0.0975 Å2-0.0012 Å2--0.1168 Å2
L0.7032 °20.3887 °2-0.2142 °2-0.5903 °2-0.4882 °2--0.7119 °2
S0.0276 Å °-0.1139 Å °-0.0227 Å °0.0907 Å °-0.0969 Å °-0.1055 Å °-0.0467 Å °0.1338 Å °0.0723 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る