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- PDB-4jy3: Crystal structure of 2-methyl-3-hydroxypyridine-5-carboxylic acid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jy3
タイトルCrystal structure of 2-methyl-3-hydroxypyridine-5-carboxylic acid oxygenase, 5-pyridoxic acid bound form
要素2-methyl-3-hydroxypyridine-5-carboxylic acid oxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Flavoenzyme / FAD binding motif / 3-hydroxypyridine-5-carboxylic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


FAD binding / monooxygenase activity
類似検索 - 分子機能
: / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5PR / BETA-MERCAPTOETHANOL / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / 2-methyl-3-hydroxypyridine-5-carboxylic acid oxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Mesorhizobium loti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Kobayashi, J. / Yoshida, H. / Kamitori, S. / Hayashi, H. / Mizutani, K. / Takahashi, N. / Mikami, B. / Yagi, T.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of 2-methyl-3-hydroxypyridine-5-carboxylic acid oxygenase
著者: Kobayashi, J. / Yoshida, H. / Kamitori, S. / Hayashi, H. / Mizutani, K. / Takahashi, N. / Mikami, B. / Yagi, T.
履歴
登録2013年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2014年4月2日ID: 3ALI, 4H28
改定 1.02014年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-methyl-3-hydroxypyridine-5-carboxylic acid oxygenase
B: 2-methyl-3-hydroxypyridine-5-carboxylic acid oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,48917
ポリマ－83,5972
非ポリマー2,89315
水16,772931
1
A: 2-methyl-3-hydroxypyridine-5-carboxylic acid oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2148
ポリマ－41,7981
非ポリマー1,4157
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 2-methyl-3-hydroxypyridine-5-carboxylic acid oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2769
ポリマ－41,7981
非ポリマー1,4778
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.446, 129.526, 89.565
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 122.70, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-586-

HOH

21A-662-

HOH

31A-796-

HOH

41A-922-

HOH

51B-654-

HOH

61B-687-

HOH

71B-763-

HOH

詳細BIOLOGICAL UNIT IS TETRAMER, BUT SPECIFIC INTERACTION FOR FORMING TETRAMER IS NOT OBSERVED.

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 2-methyl-3-hydroxypyridine-5-carboxylic acid oxygenase


分子量: 41798.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mesorhizobium loti (根粒菌) / 株: MAFF303099 / 遺伝子: mlr6788 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q988D3, EC: 1.14.12.4

-
非ポリマー , 6種, 946分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#4: 化合物 ChemComp-5PR / 5-hydroxy-4-(hydroxymethyl)-6-methylpyridine-3-carboxylic acid / 5-Pyridoxic acid / 5-ピリドキシン酸


分子量: 183.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H9NO4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 931 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 8% PEG 8000, 0.5mM 5-pyridoxic acid, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→50 Å / Num. obs: 103436 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.082
反射 シェル解像度: 1.77→1.83 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.315 / % possible all: 95.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.77→41.822 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1788 5173 5 %Random
Rwork0.1554 ---
obs0.1566 103425 99.62 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 75.9 Å2 / Biso mean: 16.9093 Å2 / Biso min: 5.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→41.822 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5750 0 192 931 6873
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086237
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4398487
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8432294
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087906
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061078
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.7699-1.790.24081610.2056297091
1.79-1.81110.22931830.1952325499
1.8111-1.83310.22851570.19113225100
1.8331-1.85630.2251710.18193381100
1.8563-1.88080.23681680.17663219100
1.8808-1.90650.21371770.17563286100
1.9065-1.93380.20951750.1663274100
1.9338-1.96260.17341740.16553281100
1.9626-1.99330.1981600.16953309100
1.9933-2.0260.20021800.15453256100
2.026-2.06090.16991810.15933245100
2.0609-2.09840.2051610.15453292100
2.0984-2.13870.18291690.15683306100
2.1387-2.18240.17891820.14893263100
2.1824-2.22990.20811710.15133262100
2.2299-2.28170.17891790.15843277100
2.2817-2.33880.16761860.15213232100
2.3388-2.4020.1461740.14943313100
2.402-2.47270.19061800.15343269100
2.4727-2.55250.20551750.15553313100
2.5525-2.64370.1881700.15193261100
2.6437-2.74950.17391660.15343317100
2.7495-2.87460.16741770.15423279100
2.8746-3.02610.18811740.15933309100
3.0261-3.21570.16891690.1563282100
3.2157-3.46390.17151750.15653284100
3.4639-3.81220.17461740.14183308100
3.8122-4.36340.14091580.14153313100
4.3634-5.49540.13211720.13453311100
5.4954-41.83370.1871740.16163361100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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