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- PDB-4jxm: Crystal structure of RRP9 WD40 repeats -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jxm
タイトルCrystal structure of RRP9 WD40 repeats
要素U3 small nucleolar RNA-interacting protein 2
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Structural Genomics Consortium / SGC / ribosome / rna processing
機能・相同性
機能・相同性情報


box C/D methylation guide snoRNP complex / rRNA modification in the nucleus and cytosol / U3 snoRNA binding / snoRNA binding / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / small-subunit processome / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / nucleolus / RNA binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal RNA-processing protein Rrp9-like / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat ...Ribosomal RNA-processing protein Rrp9-like / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
U3 small nucleolar RNA-interacting protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Wu, X. / Tempel, W. / Xu, C. / El Bakkouri, M. / He, H. / Seitova, A. / Li, Y. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. ...Wu, X. / Tempel, W. / Xu, C. / El Bakkouri, M. / He, H. / Seitova, A. / Li, Y. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of RRP9 WD40 repeats
著者: Wu, X. / Tempel, W. / Xu, C. / El Bakkouri, M. / He, H. / Seitova, A. / Li, Y. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2013年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月10日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: U3 small nucleolar RNA-interacting protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,01510
ポリマ－41,0151
非ポリマー09
水3,279182
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.746, 63.746, 167.601
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-interacting protein 2 / RRP9 homolog / U3 small nucleolar ribonucleoprotein-associated 55 kDa protein / U3 snoRNP- ...RRP9 homolog / U3 small nucleolar ribonucleoprotein-associated 55 kDa protein / U3 snoRNP-associated 55 kDa protein / U3-55K


分子量: 41014.668 Da / 分子数: 1 / 断片: WD40 repeats (UNP residues 118-470) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RRP9, RNU3IP2, U355K / プラスミド: pFBOH-MHL
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: O43818
#2: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 9 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.74 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG3350, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES sodium, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97923 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月20日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→50 Å / Num. obs: 27436 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.4 % / Rmerge(I) obs: 0.184 / Χ2: 1.187 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.92-1.9514.20.90613330.7221100
1.95-1.9914.90.77113400.7051100
1.99-2.0315.40.68413090.7341100
2.03-2.0715.70.59713780.7311100
2.07-2.11160.52813280.7611100
2.11-2.16160.45813430.7821100
2.16-2.22160.40713450.8321100
2.22-2.28160.36413620.8521100
2.28-2.34160.34113440.8321100
2.34-2.42160.32113450.8731100
2.42-2.5115.90.27113620.9161100
2.51-2.61160.24113450.9571100
2.61-2.7215.90.21513641.0981100
2.72-2.8715.80.18113711.21100
2.87-3.0515.70.15513871.4611100
3.05-3.2815.50.13413731.8061100
3.28-3.6115.20.11213982.2621100
3.61-4.1414.80.09414082.2311100
4.14-5.2114.40.06814372.0851100
5.21-5013.50.07115641.903199.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
JBluIce-EPICSデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3PSL

3psl


解像度: 1.92→35.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / WRfactor Rfree: 0.1888 / WRfactor Rwork: 0.1533 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.9001 / SU B: 5.091 / SU ML: 0.078 / SU R Cruickshank DPI: 0.1383 / SU Rfree: 0.1297 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED. ARP/WARP WAS USED IN ATOM UPDATE AND AUTO BUILD MODES. COOT AND THE MOLPROBITY SERVER WERE ALSO USED DURING REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2039 1370 5 %RANDOM
Rwork0.1649 ---
obs0.1668 27317 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 59.17 Å2 / Biso mean: 19.8582 Å2 / Biso min: 8.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.34 Å20 Å20 Å2
2--0.34 Å2-0 Å2
3----0.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→35.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2501 0 9 182 2692
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0192631
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022486
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4161.9373592
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77135718
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.945353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.21523.056108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.18115429
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5861519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2408
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023024
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02630
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8710.8741344
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8710.8731343
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4191.3051683
LS精密化 シェル解像度: 1.92→1.97 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.22 100 -
Rwork0.194 1867 -
all-1967 -
obs--99.95 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.8809 Å / Origin y: 3.5476 Å / Origin z: 28.4352 Å
111213212223313233
T0.0188 Å2-0.0017 Å2-0.0043 Å2-0.0077 Å20.0062 Å2--0.0301 Å2
L1.2165 °2-0.1052 °20.3818 °2-1.165 °20.5453 °2--2.4099 °2
S0.0682 Å °-0.007 Å °-0.0562 Å °-0.026 Å °-0.0262 Å °-0.0213 Å °0.1658 Å °0.0129 Å °-0.042 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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