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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jxj
タイトルCrystal Structure of Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A from Rickettsia bellii Determined by Iodide SAD Phasing
要素Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


16S rRNA (adenine1518-N6/adenine1519-N6)-dimethyltransferase / 16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))-dimethyltransferase activity / rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
rRNA adenine dimethylase, C-terminal domain / rRNA adenine dimethylase-like, C-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylase / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, conserved site / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, N-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylases signature. / Ribosomal RNA adenine dimethylases / Ribosomal RNA adenine methyltransferase KsgA/Erm / Ribosomal RNA adenine dimethylase / rRNA adenine N(6)-methyltransferase family profile. ...rRNA adenine dimethylase, C-terminal domain / rRNA adenine dimethylase-like, C-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylase / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, conserved site / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, N-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylases signature. / Ribosomal RNA adenine dimethylases / Ribosomal RNA adenine methyltransferase KsgA/Erm / Ribosomal RNA adenine dimethylase / rRNA adenine N(6)-methyltransferase family profile. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A
類似検索 - 構成要素
生物種Rickettsia bellii (バクテリア)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A from Rickettsia bellii Determined by Iodide SAD Phasing
著者: Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.
履歴
登録2013年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,31214
ポリマ－30,7271
非ポリマー1,58513
水2,756153
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.380, 81.330, 38.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A / 16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))-dimethyltransferase / 16S rRNA dimethyladenosine ...16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))-dimethyltransferase / 16S rRNA dimethyladenosine transferase / 16S rRNA dimethylase / S-adenosylmethionine-6-N' / N'-adenosyl(rRNA) dimethyltransferase


分子量: 30727.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rickettsia bellii (バクテリア) / 株: RML369-C / 遺伝子: ksgA, RBE_0204, rsmA, YP_537374 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q1RK29, 16S rRNA (adenine1518-N6/adenine1519-N6)-dimethyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.92 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Wizard3/4(F6): 25% PEG-1500, 0.1M SPG Buffer, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月27日 / 詳細: Rigaku Varimax HF
放射モノクロメーター: Rigaku Varimax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection数: 222784 / Rmerge(I) obs: 0.09 / D res high: 2 Å / Num. obs: 32726 / % possible obs: 99.4
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)IDRmerge(I) obs
6.328.9467199.710.049
5.166.3288099.910.056
4.475.16101599.710.051
44.47118099.810.052
3.654130099.910.055
3.383.65141010010.063
3.163.38151110010.07
2.983.16159510010.087
2.832.98172999.910.104
2.72.83177210010.128
2.582.7187699.910.14
2.482.58196710010.173
2.392.48201710010.199
2.312.39210410010.209
2.242.31215310010.261
2.172.24226410010.289
2.112.17230599.910.322
2.052.11238799.410.314
22.05222692.710.37
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 32923 / Num. obs: 32726 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 28.575 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 14.52
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2-2.050.373.4577692226192.7
2.05-2.110.3144.55102212387199.4
2.11-2.170.3225.48129062305199.9
2.17-2.240.2897.311668222641100
2.24-2.310.2617.881594121531100
2.31-2.390.2099.571566221041100
2.39-2.480.1999.621506220171100
2.48-2.580.17310.91472119671100
2.58-2.70.1412.91141111876199.9
2.7-2.830.12813.591332517721100
2.83-2.980.10416.19129921729199.9
2.98-3.160.08719.091199915951100
3.16-3.380.0722.961129315111100
3.38-3.650.06326.251045414101100
3.65-40.05530.0495321300199.9
4-4.470.05232.1186101180199.8
4.47-5.160.05132.8474211015199.7
5.16-6.320.05628.646564880199.9
6.32-8.940.04931.854915671199.7

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
StructureStudioデータ収集
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 8.061 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.208 / ESU R Free: 0.189
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2649 888 5.1 %RANDOM
Rwork0.2096 ---
all0.2124 32923 --
obs0.2124 32726 99.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 49.75 Å2 / Biso mean: 25.956 Å2 / Biso min: 7.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.89 Å2-0 Å20 Å2
2--1.86 Å2-0 Å2
3----0.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1843 0 16 153 2012
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0191896
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021890
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.512.0022584
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80434351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8995251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.48525.46964
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.515334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.201158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2325
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212117
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02369
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.921.458998
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9121.456997
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5142.181248
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 62 -
Rwork0.205 1094 -
all-1156 -
obs--91.53 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.291-0.20740.35380.4814-0.4272.3648-0.00480.0911-0.1755-0.0441-0.0251-0.00440.19170.26310.02990.06770.0340.00670.0521-0.02820.060824.05083.933327.8898
21.5053-0.45721.16530.4649-0.03821.3120.02270.03720.0174-0.0348-0.00670.0434-0.03060.0672-0.0160.08490.00220.0160.067-0.00110.06566.683611.145212.989
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A23 - 159
2X-RAY DIFFRACTION2A160 - 268

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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