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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4jx5 | |||||||||
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タイトル | Structure of the carboxyl transferase domain from Rhizobium etli pyruvate carboxylase with pyruvate | |||||||||
![]() | Pyruvate carboxylase | |||||||||
![]() | Ligase / transferase / TIM Barrel | |||||||||
機能・相同性 | ![]() pyruvate carboxylase / pyruvate carboxylase activity / pyruvate metabolic process / gluconeogenesis / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Lietzan, A.D. / St Maurice, M. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: A Substrate-induced Biotin Binding Pocket in the Carboxyltransferase Domain of Pyruvate Carboxylase. 著者: Lietzan, A.D. / St Maurice, M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 899.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 751.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 511.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 546.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 82.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 112.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 69963.375 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 225分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/PYR.gif)
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![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/PYR.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | ChemComp-PYR / #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.07 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: batch crystallization under oil / pH: 6 詳細: 11.3 (w/v) PEG 8000, 99 mM BisTris (pH 6.0), 346 mM Tetramethylammonium chloride , BATCH CRYSTALLIZATION UNDER OIL, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月31日 |
放射 | モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→50 Å / Num. all: 107850 / Num. obs: 107658 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 24 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.59 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.444 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: CT+ALLOSTERIC DOMAIN (RESI 471-1067) OF PDB ENTRY 2QF7 解像度: 2.55→46.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 19.616 / SU ML: 0.206 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.371 / ESU R Free: 0.252 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 68.802 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.55→46.88 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.548→2.614 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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