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- PDB-4jx2: Crystal structure of a putative secreted protein (lpg1979) from L... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jx2
タイトルCrystal structure of a putative secreted protein (lpg1979) from Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 at 2.65 A resolution
要素hypothetical protein
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / ORFan protein / new combination of alpha helixes and beta sheets / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY
機能・相同性Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2710 / Domain of unknown function DUF5624 / Domain of unknown function (DUF5624) / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / DUF5624 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a hypothetical protein (lpg1979) from Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 at 2.65 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2013年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月24日Group: Structure summary
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein
B: hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,87927
ポリマ－97,9862
非ポリマー2,89325
水4,630257
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16410 Å2
ΔGint-244 kcal/mol
Surface area32350 Å2
手法PISA
2
A: hypothetical protein
B: hypothetical protein
ヘテロ分子

A: hypothetical protein
B: hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,75854
ポリマ－195,9724
非ポリマー5,78650
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
Buried area36770 Å2
ΔGint-506 kcal/mol
Surface area60750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.943, 145.086, 63.947
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 hypothetical protein


分子量: 48992.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / 遺伝子: lpg1979, YP_095995.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1 / 参照: UniProt: Q5ZU29

-
非ポリマー , 6種, 282分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE CONSTRUCT (22-375) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...THE CONSTRUCT (22-375) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M lithium sulfate, 40.0% polyethylene glycol 400, 0.2M lithium sulfate, 40.0% polyethylene glycol 400, 0.1M TRIS pH 8.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97932,0.91837,0.97858
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年1月25日
詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
放射モノクロメーター: single crystal Si(111) bent / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979321
20.918371
30.978581
反射解像度: 2.65→47.97 Å / Num. obs: 33147 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 56.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 11.63
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.65-2.740.572.39677306497.5
2.74-2.850.419311528333599.7
2.85-2.980.3044.111472331099.1
2.98-3.140.2235.511550335498.7
3.14-3.340.145811370337398.9
3.34-3.590.110.810019316196.6
3.59-3.950.07115.211520334299.2
3.95-4.520.05119.711471335598.4
4.52-5.670.04720.810553327896.4
5.670.03925.311382355496.3

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SHELX位相決定
SHARP位相決定
XSCALEJuly 4, 2012データスケーリング
BUSTER-TNT2.10.0精密化
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.65→47.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9496 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9231 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.75 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3. THE MAD PHASES WERE USED AS RESTRAINTS DURING REFINEMENT. 4. PEG FRAGMENTS, CL AND SO4 MODELED ARE PRESENT IN CRYSTALLIZATION CONDITION. 5.NCS RESTRAINTS WERE IMPOSED BY AUTOBUSTER'S LSSR PROCEDURE (-AUTONCS).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2014 1683 5.08 %RANDOM
Rwork0.1622 ---
obs0.1642 33107 98.19 %-
原子変位パラメータBiso max: 157.17 Å2 / Biso mean: 49.4094 Å2 / Biso min: 19.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.6184 Å20 Å20 Å2
2--4.5879 Å20 Å2
3---0.0305 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.285 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→47.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6341 0 172 257 6770
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3021SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes173HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes918HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6652HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion875SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8004SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6652HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg9018HARMONIC21.03
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.88
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.94
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.73 Å / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2642 137 4.94 %
Rwork0.2056 2639 -
all0.2084 2776 -
obs--98.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.91610.93632.02416.712-1.4660.0608-0.0117-0.22580.45890.13190.01680.4948-0.1076-0.1306-0.0051-0.0878-0.10320.0487-0.1796-0.08120.026693.5688-26.486158.014
21.0677-0.2072-0.02691.37220.23360.7297-0.0241-0.14750.08370.13160.02480.03360.0144-0.1549-0.0007-0.05410.0203-0.0053-0.02650.0255-0.1719104.05512.086980.8519
35.471-0.7510.59212.85771.14450-0.02510.1218-0.25590.00080.13070.29740.1632-0.1095-0.1055-0.01830.0623-0.0478-0.16430.02030.003993.096323.966872.4754
40.63670.3232-0.03191.590.17950.58110.00080.1207-0.1452-0.1937-0.0149-0.03120.0649-0.13310.0141-0.0427-0.0273-0.0196-0.0293-0.0007-0.128106.832-12.53252.4973
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|50 - 91}A50 - 91
2X-RAY DIFFRACTION2{A|96 - 455}A96 - 455
3X-RAY DIFFRACTION3{B|50 - 91}B50 - 91
4X-RAY DIFFRACTION4{B|99 - 455}B99 - 455

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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