PDB-4jwq: Crystal Structure of the Calcium Binding Domain of CDPK3 from Pla...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jwq

タイトル

Crystal Structure of the Calcium Binding Domain of CDPK3 from Plasmodium Berghei, PB000947.00

要素

Calcium-dependent protein kinase

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / calmodulin fold

機能・相同性

EF-hand / Recoverin; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / :

機能・相同性情報

生物種

Plasmodium berghei (ネズミマラリア原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Wernimont, A.K. / Loppnau, P. / Lin, Y.H. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Hui, R. / Mottaghi, K. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of the Calcium Binding Domain of CDPK3 from Plasmodium Berghei, PB000947.00
著者: Wernimont, A.K. / Loppnau, P. / Lin, Y.H. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Hui, R. / Mottaghi, K.

履歴

登録	2013年3月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jwq.cif.gz	80.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jwq.ent.gz	58.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jwq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/4jwq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/4jwq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4cq1-1 2axy-2 1szh-1 4dw5-1 2xgw-d 2axy-1 4cq1-6 1htj-d 4k6x-1 1niw-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Calcium-dependent protein kinase

C: Calcium-dependent protein kinase

ヘテロ分子

46.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	24.564, 69.741, 90.581
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET / Refine code: _ / Auth seq-ID: 123 - 195 / Label seq-ID: 123 - 195

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	C	B

#1: タンパク質	Calcium-dependent protein kinase 分子量: 23036.268 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium berghei (ネズミマラリア原虫) 株: Anka / 遺伝子: PB000947.00.0, PBANKA_040820 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4Z443
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.24 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 30% Peg 4K, 0.2 M NH4SO4, 0.1 M NaCacodylate 6.5, 2 mM CaCl2, Chymotrypsin 1:100, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97934 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年3月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97934 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 9104 / Num. obs: 9095 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.103 / Χ²: 1.727 / Net I/σ(I): 9.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.15-2.19	5.7	0.714	444	0.993	1	100
2.19-2.23	5.8	0.58	452	1.123	1	100
2.23-2.27	5.7	0.551	425	1.188	1	100
2.27-2.32	5.9	0.494	440	1.187	1	100
2.32-2.37	5.8	0.463	431	1.221	1	100
2.37-2.42	5.7	0.413	455	1.222	1	100
2.42-2.48	5.8	0.364	457	1.167	1	100
2.48-2.55	5.8	0.332	439	1.222	1	100
2.55-2.62	5.8	0.256	432	1.38	1	100
2.62-2.71	5.8	0.202	465	1.573	1	100
2.71-2.81	5.7	0.194	437	1.706	1	100
2.81-2.92	5.8	0.175	450	1.673	1	99.8
2.92-3.05	5.8	0.137	466	1.74	1	100
3.05-3.21	5.8	0.109	437	1.693	1	100
3.21-3.41	5.8	0.089	456	1.881	1	100
3.41-3.68	5.7	0.075	464	2.212	1	100
3.68-4.05	5.6	0.065	468	2.808	1	100
4.05-4.63	5.4	0.06	465	2.571	1	100
4.63-5.83	5.5	0.059	482	2.53	1	99.6
5.83-50	4.7	0.058	530	3.529	1	99.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.15→38.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / WR_factor R_free: 0.2231 / WR_factor R_work: 0.2007 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8267 / SU B: 10.625 / SU ML: 0.147 / SU R Cruickshank DPI: 0.2452 / SU R_free: 0.1919 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.245 / ESU R Free: 0.192 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.236	433	4.8 %	RANDOM
R_work	0.2013	-	-	-
all	0.20292	9072	-	-
obs	0.2029	9053	99.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 62.94 Å² / B_iso mean: 46.389 Å² / B_iso min: 11.51 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.41 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	4.81 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→38.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1141	0	9	39	1189

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	1167
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	1086
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.631	1.95	1568
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.083	3	2493
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.08	5	140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.405	25.902	61
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.717	15	217
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	28.034	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	176
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1314
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	265

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3384 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	C

LS精密化シェル

解像度: 2.147→2.202 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.264	41	-
R_work	0.214	606	-
all	-	647	-
obs	-	606	98.48 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.5978	3.6026	3.7805	9.3331	-4.8739	10.2373	-0.5967	0.3995	0.6072	-0.5134	-0.1839	0.1606	-0.344	0.7379	0.7806	0.3284	0.0139	-0.0915	0.0958	0.0569	0.2754	-7.007	-0.362	9.058
2	5.1752	-0.9502	1.6374	2.9568	-0.5217	4.4172	-0.0398	0.0096	-0.1654	-0.0773	-0.1423	-0.0776	0.3666	-0.0367	0.1821	0.1811	0.0006	0.0423	0.0206	0.0429	0.1617	-6.846	-12.079	19.233
3	28.168	-7.1438	-6.2672	15.5167	6.6731	3.2804	0.1936	1.0552	0.0446	-0.9595	0.2562	-1.212	-0.3746	-0.0333	-0.4498	0.2576	0.1033	0.0627	0.248	0.065	0.2508	3.646	-14.444	20.199
4	14.9554	13.7553	-2.5566	24.8021	1.3234	1.5492	-0.2261	-0.4448	-0.9266	0.5004	0.2238	-1.457	0.2567	0.2671	0.0023	0.3015	0.2206	-0.1464	0.3322	-0.0038	0.3542	6.222	-16.824	30.43
5	0.0755	0.0702	-0.7196	21.1237	-3.1784	7.1717	-0.0079	0.0066	-0.0044	1.0911	-0.1118	-0.9748	-0.0541	-0.0587	0.1196	0.2097	0.0461	-0.0901	0.0449	0.0502	0.1937	1.22	-10.705	31.335
6	2.9804	-7.3663	0.1132	19.5458	1.327	1.9882	0.1641	0.0663	0.1871	-0.2224	-0.01	-0.5333	0.2097	0.2365	-0.1541	0.2305	0.0464	0.0372	0.1403	-0.0088	0.1422	-2.838	-3.839	29.342
7	3.4667	-0.848	3.7153	2.5319	0.3434	10.2624	-0.3184	-0.2828	-0.0666	0.3659	0.06	0.2151	-0.4435	-0.5416	0.2584	0.2186	0.0492	0.0351	0.1105	0.0255	0.1004	-11.261	-3.401	25.385
8	4.4473	2.921	2.9399	6.6184	12.4435	25.4578	-0.587	0.716	0.6515	-0.3204	0.5705	0.2467	-0.2452	0.7153	0.0165	0.3625	-0.0619	-0.1657	0.1225	0.1046	0.2155	-5.414	1.694	19.493
9	1.0052	2.3701	-1.3627	7.4356	-3.1365	1.8512	0.2272	-0.0253	0.3968	0.4507	0.3069	1.1194	-0.2971	0.0536	-0.5341	0.5051	0.2874	-0.0683	0.5597	-0.1166	0.2305	2.34	1.244	25.399
10	5.9344	-0.8054	-1.5456	5.7101	2.1651	11.3885	-0.3135	-0.4538	0.1051	0.526	0.213	-0.1406	0.0713	-0.2569	0.1005	0.2408	0.0219	-0.036	0.0749	0.0149	0.0729	4.743	-2.846	17.564
11	3.2765	0.2758	2.9243	2.8072	0.631	7.6165	0.1381	0.3081	-0.2234	0.0225	-0.2091	-0.1789	0.3719	0.1347	0.0709	0.178	-0.0066	0.019	0.0547	-0.0029	0.1055	4.914	-6.581	3.777
12	30.0246	-3.5803	-3.6764	24.4617	-0.7355	21.7063	0.227	-0.3376	-1.0505	0.0622	-0.1808	0.9296	0.8895	-0.9059	-0.0463	0.0461	-0.0501	-0.0098	0.1142	0.0151	0.0654	-5.452	-7.245	0.703
13	4.3082	3.1007	7.2077	2.8521	3.82	15.1897	0.0299	0.0306	-0.0168	-0.0901	0.1433	0.0938	0.1684	-0.2763	-0.1732	0.3458	0.0733	-0.0495	0.2045	-0.0145	0.0957	-5.533	-1.06	-8.519
14	26.4125	9.3441	8.489	13.4569	10.901	12.3481	-0.4759	0.0141	0.8537	-0.6089	-0.2907	-0.1613	-1.1358	-0.6461	0.7666	0.3184	0.0349	-0.1493	0.1302	-0.061	0.2707	1.502	6.644	-0.735
15	4.8085	-0.8226	-0.4373	4.2981	-0.8941	11.503	-0.1393	0.4012	0.3971	-0.019	-0.2229	-0.4303	-0.7681	0.5841	0.3622	0.2366	-0.0686	-0.0392	0.0747	0.0784	0.137	8.193	3.16	4.785
16	2.6259	-9.1112	-2.2863	32.2494	8.7323	3.1697	0.1758	-0.0379	-0.4077	-1.1397	0.1062	1.1187	-0.7069	0.1043	-0.282	0.5206	0.0828	0.051	0.0622	-0.1379	0.6023	1.807	10.803	13.082

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	123 - 135
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	136 - 151
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	152 - 162
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	163 - 167
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	168 - 173
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	174 - 178
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	179 - 190
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	191 - 196
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	121 - 126
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	127 - 133
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	134 - 151
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	152 - 156
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	163 - 172
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	173 - 180
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	181 - 193
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	194 - 199

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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