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- PDB-4jvg: B-Raf Kinase in Complex with Birb796 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jvg
タイトルB-Raf Kinase in Complex with Birb796
要素Serine/threonine-protein kinase B-raf
キーワードTransferase/transferase inhibitor / kinase / phosphotransferase / Transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / Signalling to p38 via RIT and RIN / head morphogenesis / myeloid progenitor cell differentiation / ARMS-mediated activation / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / endothelial cell apoptotic process ...CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / Signalling to p38 via RIT and RIN / head morphogenesis / myeloid progenitor cell differentiation / ARMS-mediated activation / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / endothelial cell apoptotic process / negative regulation of fibroblast migration / positive regulation of glucose transmembrane transport / establishment of protein localization to membrane / mitogen-activated protein kinase kinase binding / regulation of T cell differentiation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / positive regulation of axonogenesis / Frs2-mediated activation / stress fiber assembly / positive regulation of axon regeneration / face development / synaptic vesicle exocytosis / somatic stem cell population maintenance / MAP kinase kinase activity / thyroid gland development / MAP kinase kinase kinase activity / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of stress fiber assembly / response to cAMP / cellular response to calcium ion / ERK1 and ERK2 cascade / substrate adhesion-dependent cell spreading / cellular response to nerve growth factor stimulus / thymus development / long-term synaptic potentiation / animal organ morphogenesis / RAF activation / Spry regulation of FGF signaling / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / visual learning / epidermal growth factor receptor signaling pathway / response to peptide hormone / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / MAPK cascade / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / cellular response to xenobiotic stimulus / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / presynapse / T cell receptor signaling pathway / regulation of cell population proliferation / cell body / T cell differentiation in thymus / scaffold protein binding / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / neuron projection / protein phosphorylation / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) ...Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-B96 / Serine/threonine-protein kinase B-raf
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.09 Å
データ登録者Lavoie, H. / Thevakumaran, N. / Gavory, G. / Li, J. / Padeganeh, A. / Guiral, S. / Duchaine, J. / Mao, D.Y.L. / Bouvier, M. / Sicheri, F. / Therrien, M.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Inhibitors that stabilize a closed RAF kinase domain conformation induce dimerization.
著者: Lavoie, H. / Thevakumaran, N. / Gavory, G. / Li, J.J. / Padeganeh, A. / Guiral, S. / Duchaine, J. / Mao, D.Y. / Bouvier, M. / Sicheri, F. / Therrien, M.
履歴
登録2013年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月3日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Serine/threonine-protein kinase B-raf
A: Serine/threonine-protein kinase B-raf
C: Serine/threonine-protein kinase B-raf
D: Serine/threonine-protein kinase B-raf
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,1108
ポリマ－129,0004
非ポリマー2,1114
水00
1
B: Serine/threonine-protein kinase B-raf
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7782
ポリマ－32,2501
非ポリマー5281
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Serine/threonine-protein kinase B-raf
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7782
ポリマ－32,2501
非ポリマー5281
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Serine/threonine-protein kinase B-raf
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7782
ポリマ－32,2501
非ポリマー5281
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Serine/threonine-protein kinase B-raf
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7782
ポリマ－32,2501
非ポリマー5281
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.997, 120.610, 81.714
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.44, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Serine/threonine-protein kinase B-raf / Proto-oncogene B-Raf / p94 / v-Raf murine sarcoma viral oncogene homolog B1


分子量: 32249.941 Da / 分子数: 4 / 断片: Kinase Domain
変異: I543A, I544S, I551K, Q562R, L588N, K630S, F667E, Y673S, A688R, L706S, Q709R, S713E, L716E, S720E, P722S, K723G
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRAF, BRAF1, RAFB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P15056, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-B96 / 1-(5-TERT-BUTYL-2-P-TOLYL-2H-PYRAZOL-3-YL)-3-[4-(2-MORPHOLIN-4-YL-ETHOXY)-NAPHTHALEN-1-YL]-UREA / BIRB-796


分子量: 527.657 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H37N5O3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.45 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M BisTris propane, 30% PEG 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月12日
放射モノクロメーター: Kohu HLD8-24 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.09→50 Å / Num. all: 17464 / Num. obs: 17464 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.1 % / Rsym value: 0.104
反射 シェル解像度: 3.09→3.17 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Rsym value: 0.538 / % possible all: 92.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.09→42.541 Å / SU ML: 0.79 / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 42.65 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 893 5.11 %
Rwork0.2316 --
obs0.2349 17464 89.5 %
all-17464 -
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.341 Å2 / ksol: 0.327 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.031 Å2-0 Å2-3.3163 Å2
2---4.6475 Å2-0 Å2
3---0.6165 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.09→42.541 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8325 0 156 0 8481
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0088665
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4211688
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4513296
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0921258
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091481
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.09-3.28760.40961380.37712773X-RAY DIFFRACTION91
3.2876-3.54130.34851470.30242684X-RAY DIFFRACTION87
3.5413-3.89740.32021480.25982914X-RAY DIFFRACTION94
3.8974-4.46090.27471600.19782777X-RAY DIFFRACTION91
4.4609-5.61820.25371500.19172854X-RAY DIFFRACTION92
5.6182-42.54460.26781500.18672569X-RAY DIFFRACTION82
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7486-0.16660.52691.5850.03490.5338-0.4078-0.43870.18430.62330.2067-0.3177-0.29430.1576-0.05150.620.1091-0.6493-0.17440.38850.086915.7312-0.848251.8828
21.59010.2373-0.21080.4704-0.36660.30160.1531-0.27520.53220.26350.23940.01550.03430.16630.78750.8490.5413-0.13390.4864-0.63730.4387.6435-0.104551.6876
30.77990.1466-0.16060.7240.08542.26980.2389-0.3830.29770.1145-0.0149-0.0761-0.52690.56020.36410.1517-0.1928-0.2484-0.2534-0.833-0.517713.25913.268634.4689
41.72091.5739-0.35132.0247-0.29320.88030.2110.17940.9073-0.08710.11990.9066-0.6851-0.1382-0.2486-0.2429-0.98740.1548-2.33220.1481-0.13863.776811.203833.5358
50.3482-0.69710.03931.3783-0.10390.66850.1099-0.04780.62560.18120.22060.111-0.5227-0.0638-0.1140.877-0.0450.01580.0971-0.00230.79253.053327.995731.9235
61.67330.2679-0.77032.58650.16621.53720.27530.2955-0.144-0.5040.46470.0556-0.1331-0.07180.04270.42940.0153-0.27490.1143-0.1905-0.55693.064112.328718.2933
70.79860.4913-0.56881.7445-0.8592.8595-0.21590.5776-0.2178-0.06310.02880.24750.3736-0.32190.20240.58630.15850.03790.7978-0.21070.255.7627-16.433724.2258
81.5480.6684-0.64630.7827-0.95411.1373-0.3940.1089-0.8275-0.38640.14610.21620.8094-0.5677-0.10020.1334-0.4513-0.0896-0.40180.23620.87016.6066-21.344231.5624
91.7151-0.17190.43550.79850.4421.3043-0.051-0.3077-0.7764-0.20680.4762-0.34840.09830.53850.86090.0477-0.3470.28210.30930.47960.304224.5168-20.997734.597
101.8394-0.2968-0.20234.4202-0.27912.8785-0.1472-0.0969-0.4094-0.26660.4111-1.04790.16760.19460.2555-0.2631-0.6384-0.5133-0.892-0.15830.539436.5597-25.105940.9251
111.27990.33020.88271.54730.57591.84760.0376-0.2189-0.02660.11940.17760.0159-0.0463-0.10140.32240.75640.2464-0.44891.0992-0.15960.12842.9236-0.828392.7418
123.75720.17890.30921.6963-0.22562.6515-0.4184-0.6040.32220.61820.21690.4586-0.7437-0.8672-0.48840.43440.1827-0.0090.45990.24950.340834.8116-0.075492.4804
131.9578-0.27210.35771.41830.09010.8417-0.1548-0.1520.10320.2039-0.0436-0.1615-0.5040.22690.40911.06320.2248-0.52510.21640.43550.545142.59953.498879.8987
140.53120.3148-0.30750.4358-0.4061.31530.12280.12740.243-0.05510.34590.6826-0.4949-0.4612-0.22110.47340.6732-0.97-0.25691.1118-0.078932.5098.104373.3942
150.790.36410.00311.3899-0.53080.90450.23960.01780.3952-0.09670.28040.4612-0.546-0.19510.17241.01580.6021-0.6888-0.20140.7943-0.034330.398915.947763.8513
160.5093-0.393-0.25381.25510.38471.143-0.17150.1688-0.0485-0.07290.07850.0950.20530.1885-0.52070.6522-0.0525-0.8402-0.5702-0.19420.117132.9836-16.40365.0663
173.86152.3943-2.00456.3896-1.70982.6761-0.23870.646-0.85-1.5397-0.0961.15771.0686-0.24840.09221.3020.1933-0.21510.6297-0.34370.899232.0156-25.627165.523
180.1767-0.4163-0.41361.22320.80210.9696-0.17720.2598-0.2958-0.2046-0.34490.60680.3551-0.3619-0.76870.3420.5866-0.2566-0.726-0.7659-0.48342.6948-17.84371.484
191.779-0.92920.09550.70080.37860.94580.07070.0054-0.63260.21320.13320.28610.6743-0.0256-0.08460.01941.3675-0.591-0.89430.01320.318651.2817-22.79378.5946
201.3572-1.0152-0.30741.00770.2090.3803-0.1198-0.2627-0.34240.09740.4018-0.63160.28620.50190.3143-0.01861.2718-0.10330.1964-0.40160.763663.7366-25.13581.7854
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN B AND (RESSEQ 448:475)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B AND (RESSEQ 476:507)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN B AND (RESSEQ 508:570)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND (RESSEQ 571:651)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESSEQ 652:671)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESSEQ 672:722)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESSEQ 448:478)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN A AND (RESSEQ 479:524)
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN A AND (RESSEQ 525:634)
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN A AND (RESSEQ 635:722)
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN C AND (RESSEQ 448:475)
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN C AND (RESSEQ 476:507)
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN C AND (RESSEQ 508:549)
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN C AND (RESSEQ 550:634)
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN C AND (RESSEQ 635:722)
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN D AND (RESSEQ 448:478)
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN D AND (RESSEQ 479:493)
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN D AND (RESSEQ 494:549)
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN D AND (RESSEQ 550:634)
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN D AND (RESSEQ 635:722)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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