PDB-4juu: Crystal structure of a putative hydroxyproline epimerase from xan...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4juu

タイトル

Crystal structure of a putative hydroxyproline epimerase from xanthomonas campestris (TARGET EFI-506516) with bound phosphate and unknown ligand

要素

Epimerase

キーワード

ISOMERASE / enzyme function initiative / EFI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

4-hydroxyproline epimerase / 4-hydroxyproline epimerase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a putative hydroxyproline epimerase from xanthomonas campestris (TARGET EFI-506516) with bound phosphate and unknown ligand
著者: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Stead, ...

履歴

登録	2013年3月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4juu.cif.gz	350.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4juu.ent.gz	289.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4juu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4juu_validation.pdf.gz	451.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4juu_full_validation.pdf.gz	454.2 KB	表示
XML形式データ	4juu_validation.xml.gz	29.6 KB	表示
CIF形式データ	4juu_validation.cif.gz	45.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/4juu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/4juu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jbdS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1zvm-8 3bw2-1 4jci-d 4jd7-1 4m2g-2 3ox4-2 3jqq-1 1t7l-1 1xdj-2 6njr-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-506516

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Epimerase

B: Epimerase

ヘテロ分子

71.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.893, 108.749, 116.204
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Epimerase 分子量: 35303.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア) 株: campestris str. ATCC 33913 / 遺伝子: XCC2415 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8P833
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 596 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.92 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein (15 mM Hepes pH 8.0, 150 mM NaCl, 5% glycerol, 10 mM 4OH-PROLINE), Reservoir (0.1 M HEPES pH 7.5, 0.8 M Sodium Phosphate, 0.8 M Potassium Phosphate), Soak 2 minutes in (Reservoir + ...詳細: Protein (15 mM Hepes pH 8.0, 150 mM NaCl, 5% glycerol, 10 mM 4OH-PROLINE), Reservoir (0.1 M HEPES pH 7.5, 0.8 M Sodium Phosphate, 0.8 M Potassium Phosphate), Soak 2 minutes in (Reservoir + 20% Glycerol), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

結晶

マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.92 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein (15 mM Hepes pH 8.0, 150 mM NaCl, 5% glycerol, 10 mM 4OH-PROLINE), Reservoir (0.1 M HEPES pH 7.5, 0.8 M Sodium Phosphate, 0.8 M Potassium Phosphate), Soak 2 minutes in (Reservoir + ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月6日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→79.402 Å / Num. all: 70700 / Num. obs: 70700 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.074 / R_sym value: 0.074 / Net I/σ(I): 18

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.75-1.84	7.1	0.725	1.1	72237	10169	0.725	99.4
1.84-1.96	7.2	0.459	1.7	69595	9643	0.459	99.7
1.96-2.09	7.3	0.266	2.9	66316	9052	0.266	99.7
2.09-2.26	7.4	0.176	4.3	62629	8493	0.176	99.8
2.26-2.47	7.4	0.122	6.3	57926	7865	0.122	99.9
2.47-2.77	7.4	0.086	8.8	52448	7121	0.086	99.9
2.77-3.2	7.3	0.055	12	46284	6314	0.055	100
3.2-3.91	7.3	0.038	16.8	39190	5404	0.038	99.9
3.91-5.53	7.1	0.029	21.5	30211	4239	0.029	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MOSFLM		データ削減
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4JBD

4jbd

解像度: 1.75→30.388 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.36 / FOM work R set: 0.8896 / SU ML: 0.15 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 17.68 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1842	3569	5.05 %	RANDOM
R_work	0.152	-	-	-
all	0.1536	70611	-	-
obs	0.1536	70611	99.57 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 91.89 Å² / B_iso mean: 26.7968 Å² / B_iso min: 9.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→30.388 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4622	0	37	596	5255

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	4785
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.26	6519
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	709
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	876
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.24	1683

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.75-1.774	0.2642	158	0.2155	2636	2794	99
1.774-1.7993	0.2401	132	0.204	2592	2724	99
1.7993-1.8262	0.2748	147	0.1874	2670	2817	99
1.8262-1.8547	0.2259	128	0.1806	2636	2764	99
1.8547-1.8851	0.2333	134	0.1796	2663	2797	99
1.8851-1.9176	0.2145	134	0.1679	2637	2771	99
1.9176-1.9525	0.2035	144	0.1643	2660	2804	99
1.9525-1.99	0.2347	132	0.1597	2655	2787	100
1.99-2.0306	0.2128	156	0.151	2656	2812	100
2.0306-2.0748	0.1621	128	0.1379	2663	2791	99
2.0748-2.123	0.1909	130	0.1357	2672	2802	100
2.123-2.1761	0.1587	148	0.1284	2661	2809	100
2.1761-2.2349	0.1677	142	0.135	2636	2778	100
2.2349-2.3007	0.1707	142	0.1396	2695	2837	100
2.3007-2.3749	0.1748	128	0.132	2694	2822	100
2.3749-2.4597	0.19	145	0.1369	2655	2800	100
2.4597-2.5582	0.183	138	0.1474	2684	2822	100
2.5582-2.6745	0.1718	135	0.1464	2703	2838	100
2.6745-2.8154	0.2148	137	0.1499	2695	2832	100
2.8154-2.9917	0.1816	150	0.1609	2707	2857	100
2.9917-3.2225	0.1699	165	0.1511	2708	2873	100
3.2225-3.5463	0.1693	162	0.1514	2696	2858	100
3.5463-4.0584	0.1483	134	0.1394	2748	2882	100
4.0584-5.1092	0.1556	155	0.1272	2769	2924	100
5.1092-30.388	0.2208	165	0.1964	2851	3016	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4981	-0.3899	-0.5624	0.96	0.2028	1.7639	-0.086	-0.1279	-0.0663	0.126	0.0705	0.0306	0.1959	0.0088	0.0165	0.1783	-0.0004	-0.0009	0.1084	0.0265	0.1212	8.5189	-3.9846	26.8918
2	1.5231	0.9579	-0.5273	2.481	-0.4238	2.7595	-0.0238	-0.1261	0.0556	0.191	-0.0091	-0.112	-0.2645	0.1447	0.0328	0.1428	0.039	-0.0237	0.1535	0.0168	0.1606	6.767	22.1205	21.9535
3	2.185	-1.2149	-0.4732	2.0257	0.3787	1.2576	-0.0789	-0.1375	0.0061	0.1803	0.0603	0.2031	0.0157	-0.1578	0.0295	0.1353	-0.0189	0.0028	0.144	0.0344	0.1004	2.5177	6.0151	21.8219
4	1.9896	-0.1857	-0.2764	0.7654	0.1265	1.9348	0.0091	0.1373	-0.0743	-0.078	-0.0096	0.0079	0.1443	-0.0366	-0.0095	0.1447	-0.0053	-0.0038	0.0964	-0.0052	0.1138	18.3057	-6.6236	-4.5308
5	0.815	0.0587	-0.5301	3.377	-1.2745	2.7197	0.0354	0.0062	0.075	-0.1111	0.0117	0.0299	-0.0366	0.0353	-0.0543	0.0729	-0.01	-0.0095	0.1218	0.0021	0.151	32.1775	15.0402	0.07
6	2.677	0.3127	-0.7308	1.5897	-0.3153	1.0721	-0.047	0.2601	-0.1264	-0.2373	-0.026	-0.2753	0.1132	0.0435	0.0918	0.1806	0.0242	0.0065	0.1356	-0.0081	0.0857	27.7669	-0.9506	-0.0192

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 136 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 137 through 251 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 252 through 312 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 2 through 136 )	B
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 137 through 251 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 252 through 312 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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