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Yorodumi- PDB-4juu: Crystal structure of a putative hydroxyproline epimerase from xan... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4juu | ||||||
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Title | Crystal structure of a putative hydroxyproline epimerase from xanthomonas campestris (TARGET EFI-506516) with bound phosphate and unknown ligand | ||||||
Components | Epimerase | ||||||
Keywords | ISOMERASE / enzyme function initiative / EFI / Structural Genomics | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Xanthomonas campestris pv. campestris (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.75 Å | ||||||
Authors | Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. ...Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Stead, M. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of a putative hydroxyproline epimerase from xanthomonas campestris (TARGET EFI-506516) with bound phosphate and unknown ligand Authors: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Stead, ...Authors: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Stead, M. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4juu.cif.gz | 350.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4juu.ent.gz | 289.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4juu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4juu_validation.pdf.gz | 451.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4juu_full_validation.pdf.gz | 454.2 KB | Display | |
Data in XML | 4juu_validation.xml.gz | 29.6 KB | Display | |
Data in CIF | 4juu_validation.cif.gz | 45.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/4juu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/4juu | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4jbdS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 35303.465 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Xanthomonas campestris pv. campestris (bacteria) Strain: campestris str. ATCC 33913 / Gene: XCC2415 / Plasmid: pET / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q8P833 #2: Chemical | ChemComp-PO4 / #3: Chemical | ChemComp-CL / | #4: Chemical | ChemComp-UNL / | Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.46 Å3/Da / Density % sol: 49.92 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: Protein (15 mM Hepes pH 8.0, 150 mM NaCl, 5% glycerol, 10 mM 4OH-PROLINE), Reservoir (0.1 M HEPES pH 7.5, 0.8 M Sodium Phosphate, 0.8 M Potassium Phosphate), Soak 2 minutes in (Reservoir + ...Details: Protein (15 mM Hepes pH 8.0, 150 mM NaCl, 5% glycerol, 10 mM 4OH-PROLINE), Reservoir (0.1 M HEPES pH 7.5, 0.8 M Sodium Phosphate, 0.8 M Potassium Phosphate), Soak 2 minutes in (Reservoir + 20% Glycerol), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 31-ID / Wavelength: 0.9793 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: Mar 6, 2013 / Details: MIRRORS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.75→79.402 Å / Num. all: 70700 / Num. obs: 70700 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 4JBD Resolution: 1.75→30.388 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.36 / FOM work R set: 0.8896 / SU ML: 0.15 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / Phase error: 17.68 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 91.89 Å2 / Biso mean: 26.7968 Å2 / Biso min: 9.22 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→30.388 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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