[日本語] English
万見
- PDB-4js7: Crystal structure of D78N mutant apo form of clavibacter michigan... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4js7
タイトルCrystal structure of D78N mutant apo form of clavibacter michiganensis expansin
要素cellulose binding protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Cellulose binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase / polysaccharide binding / cellulase activity / polysaccharide catabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Expansin, cellulose-binding-like domain / Expansin C-terminal domain / Expansin, cellulose-binding-like domain / RlpA-like protein, double-psi beta-barrel domain / Expansin, cellulose-binding-like domain superfamily / Lytic transglycolase / RlpA-like domain / RlpA-like domain superfamily / Cellulose binding domain ...: / Expansin, cellulose-binding-like domain / Expansin C-terminal domain / Expansin, cellulose-binding-like domain / RlpA-like protein, double-psi beta-barrel domain / Expansin, cellulose-binding-like domain superfamily / Lytic transglycolase / RlpA-like domain / RlpA-like domain superfamily / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Barwin-like endoglucanases / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like / Beta Barrel / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.101 Å
データ登録者Yennawar, N.H. / Yennawar, H.P. / Georgelis, N. / Cosgrove, D.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of wild type and d78n mutant Clavibacter michiganensis expansin, in apo form and in complex with oligosaccharides
著者: Yennawar, N.H. / Yennawar, H.P. / Georgelis, N. / Cosgrove, D.J.
履歴
登録2013年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月21日Group: Structure summary
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: cellulose binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8882
ポリマ－21,7921
非ポリマー961
水5,260292
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.758, 69.556, 81.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 cellulose binding protein


分子量: 21791.609 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 546-746 / 変異: D78N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis (バクテリア)
株: NCPPB 382 / 遺伝子: celA, pCM1_0020 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5CLK3, cellulase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.81 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2M Lithium sulfate, .1M bis-tris, 25%PEG3350 , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月1日
放射モノクロメーター: varimax confocal optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→25 Å / Num. all: 12259 / Num. obs: 12259 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.038
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.1-2.140.064197
2.14-2.181100
2.18-2.221100
2.22-2.261100
2.26-2.311100
2.31-2.361100
2.36-2.421100
2.42-2.491100
2.49-2.561100
2.56-2.651100
2.65-2.741100
2.74-2.85199.8
2.85-2.981100
2.98-3.141100
3.14-3.331100
3.33-3.591100
3.59-3.95199.2
3.95-4.52195.6
4.52-5.68197.8
5.68-25193.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JJO

4jjo


解像度: 2.101→21.334 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 0 / 位相誤差: 15.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1765 1211 9.99 %random
Rwork0.1523 ---
obs0.1548 12119 98.32 %-
all-12259 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.101→21.334 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1531 0 5 292 1828
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031575
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7992148
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.235564
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051236
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003283
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1005-2.18450.19211260.14911141X-RAY DIFFRACTION96
2.1845-2.28390.15551340.14341192X-RAY DIFFRACTION99
2.2839-2.40410.20461330.1591212X-RAY DIFFRACTION99
2.4041-2.55450.18881340.15371205X-RAY DIFFRACTION99
2.5545-2.75140.20561340.15841200X-RAY DIFFRACTION99
2.7514-3.02760.20031350.1631215X-RAY DIFFRACTION99
3.0276-3.4640.18741340.16021223X-RAY DIFFRACTION100
3.464-4.35820.14591380.13521239X-RAY DIFFRACTION98
4.3582-21.33490.15761430.15521281X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.15490.1357-0.05820.17470.04410.14280.05260.05110.0824-0.1254-0.04430.0409-0.0253-0.04750.02920.09450.02480.01160.08650.01430.1438-6.31615.6236-7.2509
20.41950.1616-0.00490.20290.27850.49560.0015-0.019-0.05660.0016-0.0277-0.00710.0208-0.0111-0.00060.10210.00570.0040.09460.00130.0997-4.82419.8046-8.161
30.260.02920.01180.2791-0.16550.147-0.11350.1659-0.2021-0.04920.1423-0.0382-0.01230.09340.0120.1858-0.02650.02760.1792-0.04250.203-1.15685.0886-29.6367
40.2185-0.09920.00040.06550.01760.017-0.08890.10860.1835-0.18650.2197-0.0141-0.0980.06890.01560.3146-0.0815-0.00210.20980.01440.1676-1.941915.4275-37.3022
50.2083-0.1210.12160.1266-0.03770.0575-0.11520.0938-0.0605-0.13020.09610.0781-0.1132-0.0219-0.07790.1459-0.05230.01820.1329-0.03310.1251-4.16116.386-33.3847
60.1493-0.16770.25720.2317-0.16090.9466-0.13950.172-0.0448-0.01150.06130.0582-0.1418-0.16530.02620.1662-0.04930.00270.1172-0.00540.1171.138419.172-28.3271
70.1813-0.0132-0.15440.51550.19350.1860.0128-0.1278-0.13470.2770.0729-0.2888-0.00830.290.01260.1638-0.06390.01770.1993-0.01830.15138.945910.8394-26.218
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 20 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 21 through 114 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 115 through 133 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 134 through 147 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 148 through 167 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 168 through 181 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 182 through 202 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る