PDB-4jr6: Crystal structure of DsbA from Mycobacterium tuberculosis (reduced)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jr6

タイトル

Crystal structure of DsbA from Mycobacterium tuberculosis (reduced)

要素

Possible conserved membrane or secreted protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Thiol:disulfide oxidoreductase / Thioredoxin Fold / Disulfide bond formation / Membrane-anchored

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidoglycan-based cell wall / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.902 Å

データ登録者

Wang, L.

引用

ジャーナル: Protein Cell / 年: 2013
タイトル: Structure analysis of the extracellular domain reveals disulfide bond forming-protein properties of Mycobacterium tuberculosis Rv2969c.
著者: Wang, L. / Li, J. / Wang, X. / Liu, W. / Zhang, X.C. / Li, X. / Rao, Z.

履歴

登録	2013年3月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年8月7日	Group: Other
改定 1.2	2014年6月11日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jr6.cif.gz	171.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jr6.ent.gz	134.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jr6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/4jr6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/4jr6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jr4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1htj-d 4k6x-1 4jr4-2 4cq1-1 4jr4-1 1niw-3 3f0p-2 4cq1-6 3l9u-d 2xgw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Possible conserved membrane or secreted protein

B: Possible conserved membrane or secreted protein

ヘテロ分子

47.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Possible conserved membrane or secreted protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Possible conserved membrane or secreted protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.875, 74.935, 119.893
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Possible conserved membrane or secreted protein 分子量: 23728.912 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 53-255 / 変異: L156M, L232M / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: Rv2969c / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3) / 参照: UniProt: O33272
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 452 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.77 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS Mosaicity: 0.728 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.3 詳細: 28% PEG 2000, 0.2M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate trihydrate, pH 4.3, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-5A / 波長: 0.97989 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月12日

放射

プロトコル: SAD / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97989 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 6.9 % / Av σ(I) over netI: 13.51 / 数: 233030 / R_merge(I) obs: 0.128 / Χ²: 1.04 / D res high: 1.9 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 33899 / % possible obs: 99.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.09	50	99.3	1	0.098	0.997	5.9
3.25	4.09	99.9	1	0.092	1.024	6.6
2.84	3.25	100	1	0.111	1.011	6.8
2.58	2.84	100	1	0.144	1.009	6.9
2.39	2.58	99.9	1	0.176	1.043	7
2.25	2.39	100	1	0.21	1.07	7
2.14	2.25	100	1	0.236	1.091	7.1
2.05	2.14	100	1	0.286	1.064	7.1
1.97	2.05	100	1	0.357	1.068	7.2
1.9	1.97	100	1	0.439	1.04	7.2

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 63755 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.128 / Χ²: 1.042 / Net I/σ(I): 13.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.9-1.97	7.2	0.439	3329	1.04	1	100
1.97-2.05	7.2	0.357	3335	1.068	1	100
2.05-2.14	7.1	0.286	3358	1.064	1	100
2.14-2.25	7.1	0.236	3335	1.091	1	100
2.25-2.39	7	0.21	3349	1.07	1	100
2.39-2.58	7	0.176	3365	1.043	1	99.9
2.58-2.84	6.9	0.144	3374	1.009	1	100
2.84-3.25	6.8	0.111	3404	1.011	1	100
3.25-4.09	6.6	0.092	3436	1.024	1	99.9
4.09-50	5.9	0.098	3614	0.997	1	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7_650	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.902→33.123 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.28 / FOM work R set: 0.8787 / SU ML: 0.19 / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.3 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2063	3603	5.86 %
R_work	0.1658	-	-
obs	0.1682	61490	96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 39.053 Å² / k_sol: 0.344 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 97.19 Å² / B_iso mean: 25.716 Å² / B_iso min: 12.15 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.965 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.1454 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.1104 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.902→33.123 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2914	0	5	452	3371

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.019	3205
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.352	4219
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.111	487
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	561
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.62	1115

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9024-1.9274	0.2581	134	0.2249	2031	2165	88
1.9274-1.9538	0.249	134	0.1983	2079	2213	88
1.9538-1.9817	0.2586	129	0.1933	2058	2187	91
1.9817-2.0113	0.268	137	0.1922	2186	2323	93
2.0113-2.0427	0.2081	128	0.1808	2194	2322	94
2.0427-2.0762	0.2411	136	0.1776	2187	2323	94
2.0762-2.112	0.2032	134	0.1763	2199	2333	96
2.112-2.1504	0.2286	134	0.17	2249	2383	96
2.1504-2.1917	0.2118	133	0.1606	2169	2302	95
2.1917-2.2365	0.2121	134	0.1607	2232	2366	95
2.2365-2.2851	0.2004	142	0.1657	2210	2352	97
2.2851-2.3382	0.1971	144	0.1612	2247	2391	95
2.3382-2.3967	0.2082	135	0.1719	2216	2351	96
2.3967-2.4614	0.2062	141	0.1671	2262	2403	96
2.4614-2.5339	0.2189	135	0.1656	2213	2348	96
2.5339-2.6156	0.2309	140	0.1774	2246	2386	97
2.6156-2.7091	0.2195	141	0.1786	2242	2383	97
2.7091-2.8175	0.2588	141	0.1828	2264	2405	98
2.8175-2.9456	0.2096	147	0.1783	2306	2453	98
2.9456-3.1008	0.1938	141	0.1766	2254	2395	98
3.1008-3.2949	0.2153	146	0.1666	2318	2464	100
3.2949-3.5491	0.2159	147	0.1561	2332	2479	100
3.5491-3.9057	0.1814	144	0.1429	2309	2453	100
3.9057-4.4697	0.1842	138	0.1385	2288	2426	99
4.4697-5.6269	0.1466	147	0.1411	2309	2456	100
5.6269-33.1279	0.2102	141	0.181	2287	2428	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2758	0.0416	-0.0233	0.0905	-0.121	0.3162	-0.1672	0.0089	0.2338	0.1448	0.0277	-0.054	-0.149	0.0846	-0.0039	0.1508	-0.009	-0.0202	0.1311	-0.0042	0.1603	-4.6663	-13.4873	16.2322
2	0.2144	-0.246	-0.1812	-0.0563	-0.1747	-0.1089	0.0153	-0.0673	0.0165	-0.0454	0.0371	-0.0175	0.0351	-0.0262	0	0.1552	-0.0063	-0.0084	0.1464	-0.0146	0.1619	-16.7977	-10.8904	12.3866
3	0.2512	0.0478	-0.2206	0.088	-0.0045	0.1415	0.0032	-0.2207	-0.1016	-0.0367	0.074	0.1468	0.0674	-0.0452	0.0012	0.1602	0.0051	0.0097	0.1803	0.004	0.1793	-24.4738	-12.4935	12.3767
4	1.0768	-0.5266	0.3543	0.2438	-0.1913	0.2342	0.0036	-0.5921	-0.2317	0.2654	0.1057	0.1805	-0.1823	-0.2172	0.0757	0.21	0.0132	0.0363	0.3035	0.0194	0.1631	-25.8132	-8.1752	24.4916
5	0.028	-0.0241	0.0237	0.0174	-0.0194	0.0178	0.038	-0.0459	0.413	0.1177	-0.0519	0.1	-0.3203	0.1484	-0.0001	0.2009	-0.0262	-0.0157	0.1985	-0.0066	0.2647	-14.1629	2.4648	14.4697
6	0.4643	-0.2186	0.0134	0.1605	0.0069	0.0889	0.1739	0.1746	0.4508	-0.2073	-0.1566	-0.477	-0.0553	0.0922	0.0018	0.1715	-0.0218	0.0014	0.2073	0.0662	0.1808	-6.0734	-9.4622	3.4528
7	0.0413	0.0923	-0.0056	0.056	0.0466	0.0766	0.1178	0.2984	-0.0808	-0.1791	-0.1405	0.1747	0.1499	-0.0581	-0	0.1821	0.018	-0.0007	0.168	-0.0339	0.1533	-2.1616	-26.0353	7.3355
8	0.5243	0.0094	-0.2324	0.1511	0.235	0.3863	0.0343	0.0379	0.0203	0.0294	-0.0116	0.0076	-0.1029	-0.0094	0	0.1767	0.0055	0.0017	0.1518	0.0264	0.1528	-30.6982	11.9195	-9.3061
9	0.8456	0.1157	-0.3828	0.5773	-0.1852	0.6303	-0.0016	0.0999	0.0044	-0.0364	-0.027	0.0228	0.0504	-0.0328	-0	0.1494	0.012	-0.0242	0.1566	0.0056	0.1586	-30.6986	10.9695	-9.7693

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 58:89)	A	58 - 89
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 90:144)	A	90 - 144
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 145:172)	A	145 - 172
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 173:198)	A	173 - 198
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 199:209)	A	199 - 209
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESSEQ 210:228)	A	210 - 228
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESSEQ 229:255)	A	229 - 255
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESSEQ 58:166)	B	58 - 166
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESSEQ 167:254)	B	167 - 254

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見について

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)