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- PDB-4jr0: Human procaspase-3 bound to Ac-DEVD-CMK -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jr0
タイトルHuman procaspase-3 bound to Ac-DEVD-CMK
要素
  • Ac-DEVD-CMK
  • Procaspase-3
キーワードAPOPTOSIS / HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / protease / proenzyme / protein-peptide complex / irreversible inhibitor / activity based probe / caspase / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


caspase-3 / Stimulation of the cell death response by PAK-2p34 / phospholipase A2 activator activity / anterior neural tube closure / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / leukocyte apoptotic process / positive regulation of pyroptotic inflammatory response / glial cell apoptotic process / NADE modulates death signalling / luteolysis ...caspase-3 / Stimulation of the cell death response by PAK-2p34 / phospholipase A2 activator activity / anterior neural tube closure / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / leukocyte apoptotic process / positive regulation of pyroptotic inflammatory response / glial cell apoptotic process / NADE modulates death signalling / luteolysis / response to cobalt ion / cellular response to staurosporine / death-inducing signaling complex / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity / response to anesthetic / Apoptosis induced DNA fragmentation / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / death receptor binding / Signaling by Hippo / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / axonal fasciculation / regulation of synaptic vesicle cycle / fibroblast apoptotic process / epithelial cell apoptotic process / Other interleukin signaling / platelet formation / negative regulation of cytokine production / positive regulation of amyloid-beta formation / execution phase of apoptosis / negative regulation of B cell proliferation / Apoptotic cleavage of cellular proteins / pyroptotic inflammatory response / negative regulation of activated T cell proliferation / T cell homeostasis / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / B cell homeostasis / negative regulation of cell cycle / response to tumor necrosis factor / cell fate commitment / response to amino acid / response to X-ray / Pyroptosis / regulation of macroautophagy / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / response to glucose / response to glucocorticoid / response to UV / keratinocyte differentiation / striated muscle cell differentiation / Degradation of the extracellular matrix / intrinsic apoptotic signaling pathway / protein maturation / enzyme activator activity / erythrocyte differentiation / hippocampus development / response to nicotine / apoptotic signaling pathway / sensory perception of sound / protein catabolic process / regulation of protein stability / protein processing / response to hydrogen peroxide / response to wounding / neuron differentiation / positive regulation of neuron apoptotic process / response to estradiol / peptidase activity / heart development / protease binding / neuron apoptotic process / response to lipopolysaccharide / aspartic-type endopeptidase activity / learning or memory / response to hypoxia / postsynaptic density / response to xenobiotic stimulus / cysteine-type endopeptidase activity / neuronal cell body / apoptotic process / DNA damage response / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #1460 / Peptidase C14 family / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues ...Rossmann fold - #1460 / Peptidase C14 family / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ac-Asp-Glu-Val-Akz-CMK / Caspase-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.796 Å
データ登録者Thomsen, N.D. / Wells, J.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structural snapshots reveal distinct mechanisms of procaspase-3 and -7 activation.
著者: Thomsen, N.D. / Koerber, J.T. / Wells, J.A.
履歴
登録2013年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月22日Group: Database references
改定 1.22013年6月5日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Procaspase-3
B: Procaspase-3
C: Ac-DEVD-CMK
D: Ac-DEVD-CMK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,7516
ポリマ－57,6804
非ポリマー712
水7,620423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5320 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area18350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.988, 84.751, 96.641
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Procaspase-3 / CASP-3 / Apopain / Cysteine protease CPP32 / CPP-32 / Protein Yama / SREBP cleavage activity 1 / ...CASP-3 / Apopain / Cysteine protease CPP32 / CPP-32 / Protein Yama / SREBP cleavage activity 1 / SCA-1 / Caspase-3


分子量: 28303.254 Da / 分子数: 2 / 断片: protease domain (UNP residues 34-277) / 変異: D175A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP3, CPP32 / プラスミド: Addgene plasmid 29653 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: P42574, caspase-3
#2: タンパク質・ペプチド Ac-DEVD-CMK


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 536.962 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 参照: Ac-Asp-Glu-Val-Akz-CMK
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 423 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.49 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 10 mM Tris, pH 8.0, 10 mM DTT, 50 mM sodium chloride, 10% PEG3350, 250 mM calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.116 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月2日
放射モノクロメーター: double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.116 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.796→50 Å / Num. all: 51104 / Num. obs: 51104 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 30.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Χ2: 1.069 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.796-1.863.90.6182.250171.13299
1.86-1.943.90.44750071.11299.2
1.94-2.033.90.30150541.09899.6
2.03-2.133.90.21650581.06799.8
2.13-2.2740.14450681.09399.9
2.27-2.4440.10850871.04699.7
2.44-2.6940.08251031.07599.8
2.69-3.0840.05951301.05299.7
3.08-3.883.90.04351800.99199.7
3.88-507.30.03254001.05199.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å48.32 Å
Translation2.5 Å48.32 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ELVES精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2DKO

2dko


解像度: 1.796→48.32 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.15 / SU ML: 0.16 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1945 2588 5.07 %RANDOM
Rwork0.1627 ---
all0.1643 51040 --
obs0.1643 51020 99.48 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 69.97 Å2 / Biso mean: 21.7796 Å2 / Biso min: 0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.796→48.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3739 0 2 423 4164
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014051
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2455502
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.095587
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005706
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6591587
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.796-1.83050.2441340.23552599273397
1.8305-1.86790.27291460.22022622276899
1.8679-1.90850.24881300.20922655278599
1.9085-1.95290.22091520.19742664281699
1.9529-2.00170.23051330.190326602793100
2.0017-2.05590.21711500.167926562806100
2.0559-2.11640.21591300.166726792809100
2.1164-2.18470.19041660.162426522818100
2.1847-2.26270.18351520.151126682820100
2.2627-2.35330.21491420.156426842826100
2.3533-2.46040.17881400.159926812821100
2.4604-2.59010.2221470.161726742821100
2.5901-2.75240.20871470.156527282875100
2.7524-2.96490.18031480.16526742822100
2.9649-3.26320.22211240.165927592883100
3.2632-3.73530.19111160.144127532869100
3.7353-4.70540.13671710.13072739291099
4.7054-48.3380.19641600.179128853045100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4844-0.5026-0.02682.34940.68891.780.07990.06720.1202-0.02450.0008-0.2811-0.08060.15010.0170.0732-0.0091-0.01550.09020.00350.127512.37813.404823.797
21.6320.04230.1211.44350.54991.81920.0675-0.04810.03660.0739-0.05080.11750.1164-0.1586-0.00110.0809-0.0083-0.00440.09230.01320.0824-1.7787-2.896222.5654
30.50210.3198-0.24630.5085-0.05881.46250.0694-0.0614-0.00840.1504-0.02030.02010.0316-0.0773-0.00010.126-0.0060.00990.11460.01550.0919-3.38030.07820.6291
42.03050.0869-0.08331.4229-0.22261.84570.09550.12530.2805-0.1073-0.01320.2201-0.1739-0.26080.00430.12760.0488-0.01980.15030.01380.1431-12.20914.104-3.9468
51.92320.7583-0.21331.5089-0.73681.69610.15090.0240.25280.0291-0.01690.0362-0.1522-0.09850.01840.10410.0253-0.00010.10990.00080.0964-4.19811.36851.0694
60.4611-0.3077-0.39340.4262-0.16851.6220.05460.0039-0.022-0.1657-0.0438-0.02890.12280.0758-0.00260.13420.0150.00390.1152-0.01470.0983.7753-2.87290.9984
70.0416-0.0470.02540.0483-0.01480.1220.0251-0.4195-0.16150.35060.08940.2481-0.0058-0.12550.00220.19830.03910.07180.20790.00870.1779-6.16039.048632.3938
80.3316-0.23770.04950.29530.00010.01650.0220.3055-0.1418-0.44480.0892-0.1022-0.01350.0590.01340.2304-0.010.10660.23840.02910.18326.24329.6796-10.6323
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resseq 34:187A34 - 187
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resseq 188:247A188 - 247
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resseq 248:277A248 - 277
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and resseq 34:143B34 - 143
5X-RAY DIFFRACTION5chain B and resseq 144:228B144 - 228
6X-RAY DIFFRACTION6chain B and resseq 229:277B229 - 277
7X-RAY DIFFRACTION7chain CC1 - 206
8X-RAY DIFFRACTION8chain DD1 - 205

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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