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- PDB-4jqp: X-ray crystal structure of a 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehyd... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jqp
タイトルX-ray crystal structure of a 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase from Burkholderia phymatum
要素4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase / 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase activity / NAD binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
PdxA family / Pyridoxal phosphate biosynthetic protein PdxA / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia phymatum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: X-ray crystal structure of a 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase from Burkholderia phymatum
著者: Fairman, J.W. / Clifton, M.C. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.
履歴
登録2013年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase
B: 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,5199
ポリマ－73,1982
非ポリマー3227
水14,340796
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3890 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area24560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.980, 99.280, 71.030
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.920, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細AS PER THE AUTHORS THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS UNKNOWN

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase / 4-(phosphohydroxy)-L-threonine dehydrogenase


分子量: 36598.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia phymatum (バクテリア)
株: STM815 / 遺伝子: pdxA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: B2JVC5, 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase

-
非ポリマー , 5種, 803分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 796 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.74 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: MCSG-1 A9: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. all: 81300 / Num. obs: 80487 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 20.833 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.96
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.65-1.690.4872.8922549591198.3
1.69-1.740.4193.4221980575298.3
1.74-1.790.3444.2521241556198.6
1.79-1.840.2925.0820869546198.6
1.84-1.910.2386.2220257530398.7
1.91-1.970.198.0319547513198.8
1.97-2.050.14710.1418886494899.2
2.05-2.130.11712.2818230478498.8
2.13-2.220.114.417405455899.1
2.22-2.330.08516.6216574436399.1
2.33-2.460.07418.4415901418099.5
2.46-2.610.06320.9115046395999.4
2.61-2.790.05423.8814029370499.4
2.79-3.010.04428.313016345399.4
3.01-3.30.03732.1912030319799.4
3.3-3.690.03137.3610885290499.7
3.69-4.260.02641.669499254299.4
4.26-5.220.02444.868125216699.2
5.22-7.380.02741.786306168099.4
7.380.02247.44330193098.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2HI1

2hi1


解像度: 1.65→48.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.27 / SU B: 2.764 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.081 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1736 4022 5 %RANDOM
Rwork0.1477 ---
obs0.149 80487 98.96 %-
all-81300 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 51.27 Å2 / Biso mean: 15.139 Å2 / Biso min: 4.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.88 Å2-0 Å20.04 Å2
2---0.48 Å2-0 Å2
3----0.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→48.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4868 0 10 796 5674
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0195095
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025028
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5031.9796946
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.817311556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6355701
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.65623.842203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.29615847
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1991537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2817
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215887
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021080
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7630.8672699
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7630.8662698
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3021.2983385
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 262 -
Rwork0.22 5634 -
all-5896 -
obs--98.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.32130.0347-0.02490.531-0.06760.2174-0.018-0.0161-0.0236-0.0360.0240.0165-0.06470.022-0.0060.048-0.0043-0.00260.02310.00280.018518.233360.98130.7171
20.24350.2873-0.20010.4191-0.31330.3986-0.0540.00670.0333-0.05140.0428-0.01340.041-0.04410.01120.0429-0.0038-0.00540.0308-0.01710.04826.916736.7112.4407
30.17420.1373-0.1940.1897-0.26870.4514-0.0569-0.0225-0.008-0.05770.0227-0.04670.1032-0.04360.03430.057-0.01450.00240.0295-0.01470.03566.930826.63446.2584
40.42880.16210.37161.4674-0.0460.3485-0.009-0.054-0.06780.12730.0495-0.049-0.0315-0.0577-0.04050.0568-0.00390.00420.02850.00590.045714.826647.78565.4644
50.05530.0764-0.03410.65980.20850.4642-0.0062-0.0369-0.04010.0524-0.0225-0.10980.0178-0.02880.02870.0441-0.0054-0.0020.04520.01740.037221.312552.82188.1192
60.3289-0.23190.10180.375-0.02810.3116-0.03430.0084-0.00640.05030.0356-0.0060.0590.0375-0.00130.04480.00680.00350.02950.00280.021318.78710.453734.3786
70.095-0.22560.02390.54-0.05910.0088-0.0118-0.0047-0.02390.02010.0190.06760.0072-0.0029-0.00720.0428-0.0138-0.00280.03590.00730.04944.568414.364129.1682
80.3946-0.20470.17530.392-0.08450.5642-0.0367-0.0217-0.03910.07810.0262-0.0226-0.1343-0.08990.01050.05080.017-0.00440.0296-0.01180.02352.519234.231730.3267
90.0745-0.11760.15720.2377-0.15220.6551-0.03630.00190.00080.03550.0158-0.0168-0.1041-0.00630.02050.0505-0.00170.00180.0325-0.01590.0328.306134.663728.2865
100.2751-0.0692-0.04810.56230.2160.120.00060.06850.0649-0.0044-0.0088-0.034-0.0037-0.02170.00820.04930.00520.00070.03750.01070.033716.500811.795728.0813
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A14 - 161
2X-RAY DIFFRACTION2A162 - 213
3X-RAY DIFFRACTION3A214 - 291
4X-RAY DIFFRACTION4A292 - 312
5X-RAY DIFFRACTION5A313 - 342
6X-RAY DIFFRACTION6B14 - 126
7X-RAY DIFFRACTION7B127 - 186
8X-RAY DIFFRACTION8B187 - 237
9X-RAY DIFFRACTION9B238 - 294
10X-RAY DIFFRACTION10B295 - 342

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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