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- PDB-4jqo: Crystal structure of anabolic ornithine carbamoyltransferase from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jqo
タイトルCrystal structure of anabolic ornithine carbamoyltransferase from Vibrio vulnificus in complex with citrulline and inorganic phosphate
要素Ornithine carbamoyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / carbamoyl phosphate / L-ornithine
機能・相同性
機能・相同性情報


ornithine carbamoyltransferase / ornithine carbamoyltransferase activity / citrulline biosynthetic process / L-arginine biosynthetic process via ornithine / L-arginine biosynthetic process / amino acid binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ornithine carbamoyltransferase / Ornithine/putrescine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain ...Ornithine carbamoyltransferase / Ornithine/putrescine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRULLINE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / Ornithine carbamoyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio vulnificus CMCP6 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.082 Å
データ登録者Shabalin, I.G. / Winsor, J. / Grimshaw, S. / Domagalski, M.J. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structures and kinetic properties of anabolic ornithine carbamoyltransferase from human pathogens Vibrio vulnificus and Bacillus anthracis
著者: Shabalin, I.G. / Winsor, J. / Grimshaw, S. / Minor, W.
履歴
登録2013年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ornithine carbamoyltransferase
B: Ornithine carbamoyltransferase
C: Ornithine carbamoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,58519
ポリマ－118,9263
非ポリマー1,66016
水7,746430
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11730 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area35040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.418, 82.597, 171.968
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNAA-3 - 33321 - 357
21GLNGLNBB-3 - 33321 - 357
12METMETAA1 - 33325 - 357
22METMETCC1 - 33325 - 357
13METMETBB1 - 33325 - 357
23METMETCC1 - 33325 - 357

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Ornithine carbamoyltransferase / OTCase


分子量: 39641.938 Da / 分子数: 3 / 断片: anabolic ornithine carbamoyltransferase, monomer / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio vulnificus CMCP6 (バクテリア)
株: CMCP6 / 遺伝子: argF, VV1_1466 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8DCF5, ornithine carbamoyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 446分子

#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-CIR / CITRULLINE / シトルリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.186 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13N3O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 430 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.4 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein: 10 mg/ml in 10 mM Tris-HCl pH 8.3, 60 mM L-citrulline, 100 mM NaH2PO4, 500 mM NaCl and 5 mM b-mercaptoethanol. Crystallization condition: 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 27% w/v PEG 3350, 0.2M ...詳細: Protein: 10 mg/ml in 10 mM Tris-HCl pH 8.3, 60 mM L-citrulline, 100 mM NaH2PO4, 500 mM NaCl and 5 mM b-mercaptoethanol. Crystallization condition: 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 27% w/v PEG 3350, 0.2M Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月21日 / 詳細: BE-LENSES
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGT / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→50 Å / Num. all: 69352 / Num. obs: 68312 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 28.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rsym value: 0.114 / Χ2: 2.238 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allRsym valueΧ2% possible all
2.08-2.123.40.678233880.6781.07798.5
2.12-2.153.70.61133511.16999.2
2.15-2.24.10.52234281.20599.5
2.2-2.244.40.49734121.21699.6
2.24-2.294.50.44933901.28499.8
2.29-2.344.50.38733841.31399.6
2.34-2.44.50.34634241.41599.5
2.4-2.474.50.29234351.51399.4
2.47-2.544.50.25534041.62299.4
2.54-2.624.50.22734291.77599.4
2.62-2.714.50.20234162.02399.3
2.71-2.824.50.1834242.27699
2.82-2.954.50.15234002.67199
2.95-3.114.40.12834212.97798.8
3.11-3.34.30.10534393.20898.5
3.3-3.564.20.08433823.44597.7
3.56-3.914.10.0734153.5397.4
3.91-4.484.10.06234143.68296.9
4.48-5.644.20.06234333.71196.9
5.64-503.90.05335233.62993.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
CCP4位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4H31

4h31


解像度: 2.082→36.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / WRfactor Rfree: 0.1813 / WRfactor Rwork: 0.1538 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8859 / SU B: 7.371 / SU ML: 0.098 / SU R Cruickshank DPI: 0.1771 / SU Rfree: 0.1448 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1892 3459 5.1 %RANDOM
Rwork0.1616 ---
all0.163 64805 --
obs0.163 68264 97.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 108.09 Å2 / Biso mean: 36.1376 Å2 / Biso min: 19.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.34 Å2-0 Å20 Å2
2--0.57 Å20 Å2
3---1.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.082→36.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7768 0 99 430 8297
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0197997
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.027619
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7581.95710780
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.277317487
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.73251009
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.39325.14358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.398151356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.191532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.21189
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.029178
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.021847
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A204400.08
12B204400.08
21A202520.08
22C202520.08
31B204510.06
32C204510.06
LS精密化 シェル解像度: 2.082→2.136 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 213 -
Rwork0.227 3881 -
all-4094 -
obs--79.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.9253-6.8337-0.849128.2984-0.21991.5011-0.01970.02980.28690.70420.0308-0.0334-0.1602-0.0873-0.0110.1280.01890.00190.20440.03110.06-16.793-15.83114.695
20.47790.04450.50990.75120.05222.53210.00630.01580.18280.00790.05510.0727-0.07650.0449-0.06140.19710.00840.00480.18450.00290.1077-5.986-17.14815.749
30.65480.20510.05140.5466-0.13010.3423-0.0189-0.02820.0308-0.02290.02040.0350.0086-0.0027-0.00140.1979-0.0002-0.00270.16230.0260.0137-1.559-28.96511.758
40.8842-0.0651-0.12670.3981-0.15980.4028-0.020.00470.1194-0.0054-0.0269-0.0452-0.01110.04060.04680.1919-0.0189-0.00840.15310.03730.032913.852-18.2046.361
56.14681.2233-12.71970.5174-4.979849.1540.02890.31260.11170.2216-0.11310.0113-1.51990.73610.08410.623-0.1370.00440.1997-0.07030.137111.329-29.97854.011
60.69630.02160.0710.662-0.38950.6143-0.0298-0.11290.00950.0529-0.0467-0.0481-0.04760.09590.07660.20550.008-0.0030.24430.02670.010614.715-41.69137.224
72.06850.1641-0.69152.0945-0.142.5222-0.0041-0.2298-0.12010.0991-0.1185-0.55730.02770.49510.12260.12490.056-0.02190.41180.11860.168534.011-53.04943.964
81.1572-0.1166-0.01461.0151-0.17910.81620.0203-0.035-0.2477-0.0869-0.1006-0.06630.10640.11930.08040.23950.06290.03050.24110.05940.072418.665-60.55935.543
97.54-7.2402-5.44089.3-0.044315.788-0.5772-0.2323-0.52620.39750.55090.68160.7624-0.50130.02630.4112-0.16440.05020.24230.12930.175-17.903-60.84633.295
100.8173-0.24720.30990.4937-0.11310.99670.0585-0.0608-0.06830.00470.02620.08690.1888-0.0606-0.08480.2319-0.03820.00010.14830.03820.0275-9.501-54.66824.291
111.02990.4536-0.05161.6886-0.43991.60950.1025-0.0286-0.3752-0.10110.01090.1150.4701-0.1947-0.11350.3217-0.1132-0.08890.11610.01820.1923-20.657-66.2178.728
121.0114-0.0106-0.08850.91770.20921.24320.0680.1395-0.166-0.17640.01230.1110.2159-0.0695-0.08040.2448-0.0467-0.06060.1161-0.0050.0534-15.884-58.8333.454
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-3 - 7
2X-RAY DIFFRACTION2A8 - 39
3X-RAY DIFFRACTION3A40 - 174
4X-RAY DIFFRACTION4A175 - 334
5X-RAY DIFFRACTION5B-5 - 7
6X-RAY DIFFRACTION6B8 - 187
7X-RAY DIFFRACTION7B188 - 225
8X-RAY DIFFRACTION8B226 - 334
9X-RAY DIFFRACTION9C1 - 10
10X-RAY DIFFRACTION10C11 - 149
11X-RAY DIFFRACTION11C150 - 196
12X-RAY DIFFRACTION12C197 - 334

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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