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- PDB-4jph: Crystal structure of Protein Related to DAN and Cerberus (PRDC) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jph
タイトルCrystal structure of Protein Related to DAN and Cerberus (PRDC)
要素Gremlin-2
キーワードCYTOKINE / Cystine knot / DAN domain / CAN domain / BMP antagonist / BMP-2 / BMP-4 / BMP-7 / GDF-5 / GSH / extracellular
機能・相同性
機能・相同性情報


sequestering of BMP from receptor via BMP binding / regulation of cytokine activity / determination of dorsal identity / Signaling by BMP / embryonic body morphogenesis / BMP binding / negative regulation of BMP signaling pathway / cytokine activity / cytokine-mediated signaling pathway / heparin binding ...sequestering of BMP from receptor via BMP binding / regulation of cytokine activity / determination of dorsal identity / Signaling by BMP / embryonic body morphogenesis / BMP binding / negative regulation of BMP signaling pathway / cytokine activity / cytokine-mediated signaling pathway / heparin binding / extracellular space / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Gremlin-1/2 / DAN / DAN domain / C-terminal cystine knot domain profile. / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / GLUTATHIONE / Gremlin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Deng, X. / Nolan, K.T. / Kattamuri, C. / Thompson, T.B.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structure of protein related to dan and cerberus: insights into the mechanism of bone morphogenetic protein antagonism.
著者: Nolan, K. / Kattamuri, C. / Luedeke, D.M. / Deng, X. / Jagpal, A. / Zhang, F. / Linhardt, R.J. / Kenny, A.P. / Zorn, A.M. / Thompson, T.B.
履歴
登録2013年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月7日Group: Database references
改定 1.22013年8月28日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gremlin-2
B: Gremlin-2
C: Gremlin-2
D: Gremlin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,27322
ポリマ－68,5554
非ポリマー2,71918
水2,036113
1
A: Gremlin-2
B: Gremlin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,82113
ポリマ－34,2772
非ポリマー1,54411
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6900 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area13560 Å2
手法PISA
2
C: Gremlin-2
D: Gremlin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4539
ポリマ－34,2772
非ポリマー1,1757
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4790 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area12450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.312, 65.558, 85.077
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Gremlin-2 / Cysteine knot superfamily 1 / BMP antagonist 2 / Protein related to DAN and cerberus


分子量: 17138.678 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 22-168 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Grem2, Cktsf1b2, Prdc / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O88273
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.2 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: PEG3350, sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.9574 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月18日 / 詳細: K-B pair of biomorph mirrors
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9574 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→17.6 Å / Num. all: 36786 / Num. obs: 36786 / % possible obs: 99.27 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 67.13 Å2
反射 シェル最高解像度: 2.25 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
SHELXS位相決定
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.25→17.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9536 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU R Cruickshank DPI: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.185 / SU Rfree Blow DPI: 0.157 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.159 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2224 1838 5 %RANDOM
Rwork0.2023 ---
obs0.2034 36786 99.27 %-
all-36786 --
原子変位パラメータBiso mean: 83.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.4353 Å20 Å2-0.8522 Å2
2---3.1576 Å20 Å2
3---0.7223 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→17.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3471 0 146 113 3730
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013815HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.25193HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1362SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes78HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes528HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3815HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.5
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.03
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion474SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3981SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.31 Å / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2528 138 4.88 %
Rwork0.2316 2689 -
all0.2327 2827 -
obs--99.27 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.71431.9788-1.37720.56240.0037-0.92810.17890.27130.867-0.0343-0.07110.1817-0.0850.0353-0.1077-0.41110.0838-0.0342-0.19970.0536-0.2743-5.433916.903849.3294
25.43763.28971.73812.09330.69361.30290.1867-0.344-0.3327-0.0485-0.1332-0.09470.16020.1247-0.0534-0.37640.1133-0.0552-0.3871-0.054-0.3388-20.11015.629152.717
32.21872.51773.54222.3043.50236.76140.28510.04580.32390.3058-0.09120.18721.0098-0.5131-0.1939-0.2613-0.1148-0.0497-0.42870.0843-0.432311.07425.598919.2788
43.6927-0.29546.49390.80841.28049.84370.3640.16640.0330.3278-0.10890.15270.764-0.0554-0.2551-0.2728-0.249-0.0274-0.16230.1707-0.47673.03280.13430.3326
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A46 - 160
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B50 - 160
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C60 - 160
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D50 - 160

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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