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- PDB-4jpb: The structure of a ternary complex between CheA domains P4 and P5... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jpb
タイトルThe structure of a ternary complex between CheA domains P4 and P5 with CheW and with an unzipped fragment of TM14, a chemoreceptor analog from Thermotoga maritima.
要素
  • Chemotaxis protein CheA
  • Chemotaxis protein CheW
  • Methyl-accepting chemotaxis protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / Ternary complex / Transmembrane Signaling Two component system Receptor / Histidine Kinase Adaptor protein / Membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / chemotaxis / protein domain specific binding / signal transduction / ATP binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3200 / CheA-289, Domain 4 / Chemotaxis protein CheW / Chemotaxis protein CheA, P2 response regulator-binding / Chemotaxis protein CheA, P2 response regulator-binding domain superfamily / P2 response regulator binding domain / Histidine kinase CheA-like, homodimeric domain / CheY-binding domain of CheA / Histidine kinase CheA-like, homodimeric domain superfamily / Signal transducing histidine kinase, homodimeric domain ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3200 / CheA-289, Domain 4 / Chemotaxis protein CheW / Chemotaxis protein CheA, P2 response regulator-binding / Chemotaxis protein CheA, P2 response regulator-binding domain superfamily / P2 response regulator binding domain / Histidine kinase CheA-like, homodimeric domain / CheY-binding domain of CheA / Histidine kinase CheA-like, homodimeric domain superfamily / Signal transducing histidine kinase, homodimeric domain / Signal transducing histidine kinase, homodimeric domain / : / CheW-like domain profile. / CheW-like domain / CheW-like domain superfamily / CheW-like domain / Two component signalling adaptor domain / Histidine Phosphotransfer domain / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / HPT domain superfamily / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / SH3 Domains / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Helix non-globular / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Special / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / SH3 type barrels. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Roll / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chemotaxis protein CheA / Chemotaxis protein CheW / Methyl-accepting chemotaxis protein, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.186 Å
データ登録者Li, X. / Bayas, C. / Bilwes, A.M. / Crane, B.R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: The 3.2 angstrom resolution structure of a receptor: CheA:CheW signaling complex defines overlapping binding sites and key residue interactions within bacterial chemosensory arrays.
著者: Li, X. / Fleetwood, A.D. / Bayas, C. / Bilwes, A.M. / Ortega, D.R. / Falke, J.J. / Zhulin, I.B. / Crane, B.R.
履歴
登録2013年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chemotaxis protein CheA
W: Chemotaxis protein CheW
B: Methyl-accepting chemotaxis protein
C: Methyl-accepting chemotaxis protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,3334
ポリマ－72,3334
非ポリマー00
水00
1
A: Chemotaxis protein CheA
W: Chemotaxis protein CheW

A: Chemotaxis protein CheA
W: Chemotaxis protein CheW

A: Chemotaxis protein CheA
W: Chemotaxis protein CheW


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,1426
ポリマ－157,1426
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area8970 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area38420 Å2
手法PISA
2
B: Methyl-accepting chemotaxis protein
C: Methyl-accepting chemotaxis protein

B: Methyl-accepting chemotaxis protein
C: Methyl-accepting chemotaxis protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9054
ポリマ－39,9054
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555-x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/31
Buried area14860 Å2
ΔGint-151 kcal/mol
Surface area17060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)213.588, 213.588, 208.838
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
詳細The receptor fragment is dimerized by crystal symmetry to produce a 4-helix bundle. The assembly state of the receptor kinase arrays is complex and extended, but the ring structure formed by the alternating CheA and CheW units built by the crystal symmetry of this structure are thought to be important features of the assembled system.

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要素

#1: タンパク質 Chemotaxis protein CheA


分子量: 35403.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: cheA, TM_0702 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): E. coli BL-21 (RIL DE3) / 参照: UniProt: Q56310, histidine kinase
#2: タンパク質 Chemotaxis protein CheW


分子量: 16976.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: cheW, TM_0701 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 (RIL DE3) / 参照: UniProt: Q56311
#3: タンパク質 Methyl-accepting chemotaxis protein / Methyl-accepting chemotaxis sensory transducer / Chemoreceptor Tm00014


分子量: 9976.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: ThemaDRAFT_1422, Tm00014, TM_0014 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 (RIL DE3) / 参照: UniProt: Q7DFA3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.59 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Cubic shaped crystals (50x50x50 um3) were grown from a mixture of 520 uM Tm14s, 457 uM CheA 354 and 121 uM CheW after 1 month by vapor diffusion from a 2 ul drop (1:1 mixture of protein and ...詳細: Cubic shaped crystals (50x50x50 um3) were grown from a mixture of 520 uM Tm14s, 457 uM CheA 354 and 121 uM CheW after 1 month by vapor diffusion from a 2 ul drop (1:1 mixture of protein and reservoir: 500 ul reservoir of 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris (pH 8.5), 15% w/v polyethylene glycol 4,000), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月17日 / 詳細: Rh-coated Si mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.186→46.2 Å / Num. all: 30645 / Num. obs: 30554 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 40.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 3.2→3.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.513 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.186→46.156 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.34 / σ(I): 0 / 位相誤差: 25.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2203 1998 6.55 %Random 6.5%
Rwork0.1961 ---
obs0.1977 30516 99.38 %-
all-30607 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
Refine analyzeLuzzati sigma a free: 0.58 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.186→46.156 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3447 0 0 0 3447
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113488
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3314699
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.0811352
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086581
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004604
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.186-3.29990.3391960.33682790X-RAY DIFFRACTION98
3.2999-3.4320.35391980.28222836X-RAY DIFFRACTION100
3.432-3.58810.28281990.26062834X-RAY DIFFRACTION100
3.5881-3.77720.26141990.22772839X-RAY DIFFRACTION100
3.7772-4.01370.2272010.20242863X-RAY DIFFRACTION100
4.0137-4.32340.23351980.16422846X-RAY DIFFRACTION100
4.3234-4.75810.16672020.14982873X-RAY DIFFRACTION100
4.7581-5.44570.17632020.15942872X-RAY DIFFRACTION100
5.4457-6.85740.22422000.19942872X-RAY DIFFRACTION100
6.8574-46.16070.19912030.19012893X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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