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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4jox | ||||||
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タイトル | Crystal structure of cry34Ab1 protein at 2.15 A resolution | ||||||
要素 | 13.6 kDa insecticidal crystal protein | ||||||
キーワード | TOXIN / beta-sandwich | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hemolysis by symbiont of host erythrocytes / sporulation resulting in formation of a cellular spore / : / toxin activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus thuringiensis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.15 Å | ||||||
データ登録者 | Yang, C. / Pflugrath, J.W. / Kelker, M.S. / Evan, S.L. / Narva, K.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structural and biophysical characterization of Cry34Ab1 and Cry35Ab1. 著者: Kelker, M.S. / Berry, C. / Evans, S.L. / Pai, R. / McCaskill, D. / Pflugrath, J.W. / Wade, M. / Wess, T.J. / Baker, M.D. / Yang, C. / Narva, K.E. / McCaskill, D.G. / Wang, N.X. / Russell, J.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4jox.cif.gz | 60.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4jox.ent.gz | 45.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4jox.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4jox_validation.pdf.gz | 421.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4jox_full_validation.pdf.gz | 425.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4jox_validation.xml.gz | 7.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4jox_validation.cif.gz | 10 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/4jox ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/4jox | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13617.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q939T0 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.84 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: liquid diffusion / pH: 4.4 詳細: 25% (V/V) PEG400, 50mM sodium acetate, pH 4.4, LIQUID DIFFUSION, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年1月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 299280 / Num. obs: 14955 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 19.5 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 17.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 19.5 % / Rmerge(I) obs: 0.291 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 99.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.15→12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 7.05 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.287 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.528 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→12 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.15→2.204 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -8.452 Å / Origin y: 22.2251 Å / Origin z: -10.0253 Å
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