PDB-4jod: Crystal structure of human lysophosphatidic acid phosphatase type...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jod

タイトル

Crystal structure of human lysophosphatidic acid phosphatase type 6 complexed with Tris

要素

Lysophosphatidic acid phosphatase type 6

キーワード

HYDROLASE / Rossmann Fold / mitochondria

機能・相同性

機能・相同性情報

lysobisphosphatidic acid metabolic process / phosphatidic acid biosynthetic process / Synthesis of PA / acid phosphatase / acid phosphatase activity / lysophosphatidic acid phosphatase activity / hematopoietic progenitor cell differentiation / phospholipid metabolic process / mitochondrial matrix / mitochondrion / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.21 Å

データ登録者

Li, J.

引用

ジャーナル: Protein Cell / 年: 2013
タイトル: Crystal structures and biochemical studies of human lysophosphatidic acid phosphatase type 6.
著者: Li, J. / Dong, Y. / Lu, X. / Wang, L. / Peng, W. / Zhang, X.C. / Rao, Z.

履歴

登録	2013年3月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月17日	Group: Other
改定 1.2	2013年8月14日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jod.cif.gz	168.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jod.ent.gz	132.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jod.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/4jod ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/4jod	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jobC 4jocC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4aro-d 5v8u-2 6c1w-3 5v8u-1 6hm1-d 5l0s-d 5tq4-d 5a5h-3 2xmo-1 4caw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (6) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lysophosphatidic acid phosphatase type 6

ヘテロ分子

45.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.045, 90.708, 95.660
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Lysophosphatidic acid phosphatase type 6 / Acid phosphatase 6 / lysophosphatidic / Acid phosphatase-like protein 1 / PACPL1 分子量: 45363.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACP6 / プラスミド: pGEX-6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9NPH0, acid phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	MET 316 CORRESPONDS TO VARIANT RS6593795.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 54 % / Mosaicity: 0.739 °
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.02M citric acid, 0.08M bis-tris propane, 16% PEG3350, pH 8.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-17A / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 7 % / Av σ(I) over netI: 16.91 / 数: 166427 / R_merge(I) obs: 0.095 / Χ²: 1.04 / D res high: 2.2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 23688 / % possible obs: 99.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.74	50	99.2	1	0.066	1.092	6
3.76	4.74	99.8	1	0.06	1.086	6.6
3.29	3.76	99.9	1	0.071	1.063	6.9
2.99	3.29	99.9	1	0.093	1.004	7.1
2.77	2.99	100	1	0.122	1.03	7.2
2.61	2.77	100	1	0.158	1.058	7.3
2.48	2.61	100	1	0.209	1.063	7.3
2.37	2.48	100	1	0.273	1.071	7.3
2.28	2.37	100	1	0.353	0.986	7.3
2.2	2.28	100	1	0.457	0.988	7.3

反射

解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 23688 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 28.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.095 / R_rim(I) all: 0.095 / Χ²: 1.043 / Net I/σ(I): 16.907

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.2-2.28	7.3	0.457	2326	0.988	1	100
2.28-2.37	7.3	0.353	2327	0.986	1	100
2.37-2.48	7.3	0.273	2334	1.071	1	100
2.48-2.61	7.3	0.209	2330	1.063	1	100
2.61-2.77	7.3	0.158	2351	1.058	1	100
2.77-2.99	7.2	0.122	2336	1.03	1	100
2.99-3.29	7.1	0.093	2391	1.004	1	99.9
3.29-3.76	6.9	0.071	2369	1.063	1	99.9
3.76-4.74	6.6	0.06	2397	1.086	1	99.8
4.74-50	6	0.066	2527	1.092	1	99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7_650	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.21→46.39 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8817 / SU ML: 0.18 / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.201	1172	5.11 %	RANDOM
R_work	0.1688	21746	-	-
obs	0.1704	22918	96.41 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40.643 Å² / k_sol: 0.351 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 141.59 Å² / B_iso mean: 39.7346 Å² / B_iso min: 13.45 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	9.959 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-11.1465 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.1875 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.21→46.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3046	0	8	136	3190

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3132
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.996	4245
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	462
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	549
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.577	1193

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2103-2.3109	0.2169	123	0.1865	2392	2515	87
2.3109-2.4327	0.2366	135	0.1886	2570	2705	93
2.4327-2.5851	0.2579	181	0.1928	2634	2815	96
2.5851-2.7847	0.2166	158	0.1821	2712	2870	98
2.7847-3.0649	0.1816	135	0.1767	2779	2914	99
3.0649-3.5082	0.2077	155	0.1645	2821	2976	100
3.5082-4.4195	0.1842	150	0.1512	2851	3001	100
4.4195-46.4003	0.1819	135	0.1653	2987	3122	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6909	-0.5021	0.6588	1.0564	0.144	1.1157	0.009	0.1223	0.1637	-0.0153	-0.1142	-0.4016	0.0171	0.2022	-0.0441	0.1007	-0.0011	0.0453	0.2159	0.0764	0.2127	22.4721	21.6344	35.9005
2	0.174	-0.2135	0.0971	0.6701	-0.2338	0.8174	0.0266	0.0396	0.1411	-0.2275	-0.1445	0.0917	-0.1289	0.0104	-0.0097	0.2099	0.0206	-0.0629	0.1705	0.0146	0.2053	3.6375	32.111	29.643
3	0.1941	-0.0605	0.156	0.2569	0.0201	0.1571	0.1588	0.1498	-0.2354	-0.5041	-0.0761	0.1656	0.0897	0.1118	0.0059	0.2589	0.042	0.0105	0.2467	-0.0258	0.2124	14.0488	10.6576	28.4801
4	0.3963	-0.1656	0.3335	0.345	0.0829	0.451	0.2063	-0.0208	-0.1039	-0.2329	-0.1207	0.1052	0.1551	-0.1597	0.3065	0.3053	-0.0502	-0.053	0.1773	-0.012	0.1782	4.6677	10.2988	31.1327

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 42:197)	A	42 - 197
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 198:315)	A	198 - 315
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 316:344)	A	316 - 344
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 345:419)	A	345 - 419

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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