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万見
- PDB-4jo8: Crystal structure of the activating Ly49H receptor in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jo8
タイトルCrystal structure of the activating Ly49H receptor in complex with m157 (G1F strain)
要素
  • Killer cell lectin-like receptor 8
  • M157
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / C-type lectin-like domain / natural killer receptor / viral immunoevasin / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to virus / carbohydrate binding / cell adhesion / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #2530 / Murid herpesvirus 1, M157 / MHC class I-like protein M157 / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 - #30 / Ly49-like, N-terminal / : / Ly49-like protein, N-terminal region / Natural killer cell receptor-like, C-type lectin-like domain / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. ...Immunoglobulin-like - #2530 / Murid herpesvirus 1, M157 / MHC class I-like protein M157 / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 - #30 / Ly49-like, N-terminal / : / Ly49-like protein, N-terminal region / Natural killer cell receptor-like, C-type lectin-like domain / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Killer cell lectin-like receptor 8 / M157
類似検索 - 構成要素
生物種Murid herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Berry, R. / Ng, N. / Saunders, P.M. / Vivian, J.P. / Lin, J. / Deuss, F.A. / Corbett, A.J. / Forbes, C.A. / Widjaja, J.M. / Sullivan, L.C. ...Berry, R. / Ng, N. / Saunders, P.M. / Vivian, J.P. / Lin, J. / Deuss, F.A. / Corbett, A.J. / Forbes, C.A. / Widjaja, J.M. / Sullivan, L.C. / McAlister, A.D. / Perugini, M.A. / Call, M.J. / Scalzo, A.A. / Degli-Esposti, M.A. / Coudert, J.D. / Beddoe, T. / Brooks, A.G. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2013
タイトル: Targeting of a natural killer cell receptor family by a viral immunoevasin
著者: Berry, R. / Ng, N. / Saunders, P.M. / Vivian, J.P. / Lin, J. / Deuss, F.A. / Corbett, A.J. / Forbes, C.A. / Widjaja, J.M. / Sullivan, L.C. / McAlister, A.D. / Perugini, M.A. / Call, M.J. / ...著者: Berry, R. / Ng, N. / Saunders, P.M. / Vivian, J.P. / Lin, J. / Deuss, F.A. / Corbett, A.J. / Forbes, C.A. / Widjaja, J.M. / Sullivan, L.C. / McAlister, A.D. / Perugini, M.A. / Call, M.J. / Scalzo, A.A. / Degli-Esposti, M.A. / Coudert, J.D. / Beddoe, T. / Brooks, A.G. / Rossjohn, J.
履歴
登録2013年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月5日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22013年7月10日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年11月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: M157
B: Killer cell lectin-like receptor 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2993
ポリマ－49,0782
非ポリマー2211
水00
1
A: M157
B: Killer cell lectin-like receptor 8
ヘテロ分子

A: M157
B: Killer cell lectin-like receptor 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,5986
ポリマ－98,1564
非ポリマー4422
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_655-x+y+1,y,-z+1/31
Buried area1210 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area14950 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)87.870, 87.870, 133.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number151
Space group name H-MP3112

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要素

#1: タンパク質 M157


分子量: 30375.441 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 29-291 / 変異: P29A, D30G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Murid herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: m157 / プラスミド: PHLSEC / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q6XK91
#2: タンパク質 Killer cell lectin-like receptor 8 / Lymphocyte antigen 49h / Ly-49h / T-cell surface glycoprotein Ly-49H


分子量: 18702.496 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 107-266 / 変異: R107M, P108G, Y110M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Klra8, Ly-49h, Ly49-h, Ly49H / プラスミド: PET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q60682
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY
配列の詳細THE SEQUENCE OF ENTITY2 CORRESPONDS TO THE H2 ISOFORM FOUND IN UNP Q60682.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.39 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M HEPES 0.5% PEG4000, 10% 2-propanol, 50mM magnesium chloride, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9436 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9436 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→76.1 Å / Num. obs: 9772 / Biso Wilson estimate: 127.74 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.10.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NYK

2nyk


解像度: 3.2→23.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9089 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9014 / SU R Cruickshank DPI: 0.88 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2591 468 4.81 %RANDOM
Rwork0.2255 ---
obs0.2272 9733 98.12 %-
原子変位パラメータBiso mean: 145.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.6766 Å20 Å20 Å2
2---3.6766 Å20 Å2
3---7.3532 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.865 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→23.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2063 0 14 0 2077
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0092118HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.072870HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d996SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes56HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes296HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2118HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.38
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.4
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion291SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2264SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.37 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2696 135 4.85 %
Rwork0.2166 2646 -
all0.2193 2781 -
obs--98.12 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.5836-1.07920.56062.48371.02927.0492-0.19731.3539-0.1826-0.2889-0.21150.6742-0.478-1.19150.4088-0.40370.2115-0.17530.054-0.1675-0.432321.947-16.97721.04
24.1845-0.94781.9497-2.04125.78891.56370.1046-0.28040.0640.1019-0.0415-0.1053-0.6384-0.0144-0.0631-0.11990.0066-0.0673-0.00050.0718-0.010542.6656-8.753229.5096
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|34 - A|291 }A34 - 291
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|109 - B|130 }B109 - 130

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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