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- PDB-4jo0: Crystal Structure of CmlA, a diiron beta-hydroxylase from Strepto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jo0
タイトルCrystal Structure of CmlA, a diiron beta-hydroxylase from Streptomyces venezuelae
要素CmlA
キーワードOXIDOREDUCTASE / nonheme oxygenase / dinuclear iron cluster / antibiotic / beta-hydroxylation
機能・相同性
機能・相同性情報


4-amino-L-phenylalanyl-[CmlP-peptidyl-carrier-protein] 3-hydroxylase / antibiotic biosynthetic process / oxidoreductase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Diiron non-heme beta-hydroxylase, N-terminal domain / Diiron non-heme beta-hydroxylase N-terminal domain / Beta-lactamase superfamily domain / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / : / OXYGEN ATOM / 4-amino-L-phenylalanyl-[CmlP-peptidyl-carrier-protein] 3-hydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces venezuelae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Knoot, C.J. / Makris, T.M. / Wilmot, C.M. / Lipscomb, J.D.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Structure of a Dinuclear Iron Cluster-Containing beta-Hydroxylase Active in Antibiotic Biosynthesis.
著者: Makris, T.M. / Knoot, C.J. / Wilmot, C.M. / Lipscomb, J.D.
履歴
登録2013年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月9日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CmlA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9189
ポリマ－60,4691
非ポリマー4498
水2,738152
1
A: CmlA
ヘテロ分子

A: CmlA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,83618
ポリマ－120,9382
非ポリマー89816
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area8550 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area37990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.158, 153.158, 93.356
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-850-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 CmlA


分子量: 60468.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces venezuelae (バクテリア)
遺伝子: CMLA, SVEN_0921 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: F2RB80, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する

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非ポリマー , 6種, 160分子

#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-O / OXYGEN ATOM / 水


分子量: 15.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.83 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES, 10% PEG20000, 10% glycerol, 100 mM potassium acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月27日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 7.2 % / Av σ(I) over netI: 27.74 / 数: 248828 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Χ2: 1.75 / D res high: 2.6 Å / D res low: 21 Å / Num. obs: 34510 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
6.972199.610.0663.9126.7
5.576.9710010.0742.7847.1
4.885.5710010.0772.5617.2
4.434.8899.910.0752.5136.9
4.124.4310010.0832.4527
3.884.1210010.0942.337.1
3.693.8810010.1082.2967.2
3.533.6999.910.1182.0957.2
3.393.5310010.1272.0377.2
3.273.3910010.1381.6747.2
3.173.2710010.1481.527.3
3.083.1710010.1631.3117.3
33.0810010.1871.1547.3
2.93310010.2041.0747.3
2.862.9310010.2251.0227.4
2.82.8610010.2550.9477.3
2.742.810010.3050.8967.3
2.692.7410010.3360.8657.4
2.642.6910010.3720.8327.4
2.62.6410010.4260.8487.4
反射解像度: 2.17→50 Å / Num. all: 59163 / Num. obs: 57023 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 5 / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 35.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 0.799 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.17-2.217.10.43523570.682181.6
2.21-2.257.10.41724510.679184
2.25-2.297.20.38425450.671187.3
2.29-2.347.20.33126310.686190.4
2.34-2.397.20.29527310.69193.3
2.39-2.447.30.26828000.704196.5
2.44-2.517.40.25428820.719198.6
2.51-2.577.40.23229220.724199.9
2.57-2.657.40.19229410.7311100
2.65-2.737.40.16329090.7131100
2.73-2.837.40.13529520.7431100
2.83-2.957.40.10729390.7431100
2.95-3.087.40.0929340.7541100
3.08-3.247.40.07129480.793199.9
3.24-3.447.30.06329670.927199.9
3.44-3.717.30.0629591.146199.8
3.71-4.087.20.05429911.314199.6
4.08-4.677.20.04329771.129199.4
4.67-5.8970.03330360.694199.2
5.89-506.90.02531510.631197.9

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SBC-Collectserverデータ収集
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.17→38.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / WRfactor Rfree: 0.2114 / WRfactor Rwork: 0.1839 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.24 / FOM work R set: 0.7866 / SU B: 5.383 / SU ML: 0.126 / SU R Cruickshank DPI: 0.157 / SU Rfree: 0.1494 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2333 2875 5 %RANDOM
Rwork0.201 ---
obs0.2026 54095 96.4 %-
all-56988 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 153.09 Å2 / Biso mean: 53.5916 Å2 / Biso min: 2.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.68 Å20 Å20 Å2
2--0.68 Å20 Å2
3----1.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→38.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4195 0 21 152 4368
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0194398
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.024084
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7771.9545990
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.10639352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1055536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.68122.338231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.24215689
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6521552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2638
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0215052
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0110.021092
LS精密化 シェル解像度: 2.17→2.226 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.396 150 -
Rwork0.38 3353 -
all-3503 -
obs--81.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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