PDB-4jnk: Lactate Dehydrogenase A in complex with inhibitor compound 22

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jnk

タイトル

Lactate Dehydrogenase A in complex with inhibitor compound 22

要素

L-lactate dehydrogenase A chain

キーワード

OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / alpha-beta / pyruvate reductase and lactate dehydrogenase / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

sperm fibrous sheath / pyruvate catabolic process / L-lactate dehydrogenase / oxidoreductase complex / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / pyruvate metabolic process / Pyruvate metabolism / lactate metabolic process / glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Regulation of pyruvate metabolism ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.896 Å

データ登録者

Eigenbrot, C. / Ultsch, M.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2013
タイトル: Identification of substituted 2-thio-6-oxo-1,6-dihydropyrimidines as inhibitors of human lactate dehydrogenase.
著者: Dragovich, P.S. / Fauber, B.P. / Corson, L.B. / Ding, C.Z. / Eigenbrot, C. / Ge, H. / Giannetti, A.M. / Hunsaker, T. / Labadie, S. / Liu, Y. / Malek, S. / Pan, B. / Peterson, D. / Pitts, K. / ...

履歴

登録	2013年3月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4jnk.ent.gz	458.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jnk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4jnk_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4jnk_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	4jnk_validation.xml.gz	65.2 KB	表示
CIF形式データ	4jnk_validation.cif.gz	93.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/4jnk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/4jnk	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1i10S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4qo8-d 4qo7-d 6bb1-2 6q13-1 4r68-d 5zjf-2 6bad-d 1ldn-2 4aj2-d 5w8k-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (11) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (6) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (10) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: L-lactate dehydrogenase A chain

B: L-lactate dehydrogenase A chain

C: L-lactate dehydrogenase A chain

D: L-lactate dehydrogenase A chain

ヘテロ分子

152 kDa, 4 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	168.246, 81.487, 120.414
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.13, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-1109- HOH

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	L-lactate dehydrogenase A chain / LDH-A / Cell proliferation-inducing gene 19 protein / LDH muscle subunit / LDH-M / Renal carcinoma ...LDH-A / Cell proliferation-inducing gene 19 protein / LDH muscle subunit / LDH-M / Renal carcinoma antigen NY-REN-59 分子量: 36603.473 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LDHA, PIG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00338, L-lactate dehydrogenase

#1: タンパク質

L-lactate dehydrogenase A chain / LDH-A / Cell proliferation-inducing gene 19 protein / LDH muscle subunit / LDH-M / Renal carcinoma ...

分子量: 36603.473 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LDHA, PIG19 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00338, L-lactate dehydrogenase

-
非ポリマー , 6種, 1236分子

#2: 化合物	ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH 分子量: 665.441 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₇O₁₄P₂
#3: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-ZHK / (2R)-2-{[5-cyano-4-(3,4-dichlorophenyl)-6-oxo-1,6-dihydropyrimidin-2-yl]sulfanyl}-N-(4-sulfamoylphenyl)propanamide 分子量: 524.400 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₅Cl₂N₅O₄S₂
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-LAC / LACTIC ACID / D-乳酸分子量: 90.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₆O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.97 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG3350, malonate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月26日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.896→50 Å / Num. all: 114391 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 21 Å² / R_sym value: 0.069 / Net I/σ(I): 17

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BOS		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1I10

1i10

解像度: 1.896→35.022 Å / SU ML: 0.19 / Isotropic thermal model: individual atom / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.6 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: TLS in 24 groups

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2044	684	0.6 %	random
R_work	0.1594	-	-	-
all	0.161	-	-	-
obs	0.1597	-	99.5 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 38.774 Å² / k_sol: 0.319 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.2422 Å²	0 Å²	1.3282 Å²
2-	-	-1.225 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.0172 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.896→35.022 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10232	0	341	1222	11795

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	10950
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.064	14897
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.369	4348
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	1721
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1843

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8963-2.0427	0.2753	130	0.2275	22428	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0427-2.2483	0.1931	138	0.1791	22616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2483-2.5735	0.2418	139	0.167	22683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5735-3.242	0.2119	128	0.154	22815	X-RAY DIFFRACTION	100
3.242-35.0282	0.1777	149	0.1392	22952	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6394	-0.6006	-0.9948	0.5613	0.9209	1.5249	0.0253	-0.2892	0.4442	-0.1791	0.2257	-0.661	-0.2221	0.2384	-0.2552	0.2272	-0.008	0.0017	0.3028	-0.0133	0.2701	49.491	-3.3789	7.326
2	1.0143	-0.7287	-0.0938	2.5799	-0.1014	1.4988	-0.0474	0.1081	0.1283	-0.0745	-0.0052	-0.1826	-0.1649	0.1484	0.0523	0.1409	-0.037	-0.0025	0.113	0.0171	0.1307	47.8277	5.9387	28.7727
3	5.7319	0.9955	2.2305	7.6622	2.2437	8.0573	-0.151	-0.7707	0.4939	0.6542	-0.0726	-0.3402	-0.3346	0.5352	0.2052	0.2351	-0.0614	-0.0515	0.2246	-0.0341	0.3063	52.8996	22.4039	37.6467
4	1.3859	0.1996	-0.1364	0.3706	-0.1374	0.996	-0.0462	-0.1441	0.2084	0.0799	-0.0032	0.0046	-0.33	-0.0825	0.0394	0.2764	0.0398	-0.009	0.1136	-0.0261	0.172	31.0588	20.2174	40.2338
5	1.2161	-0.4185	0.4109	0.8422	0.188	0.2585	-0.1691	-0.2915	0.1671	0.2178	0.0591	0.0012	-0.2385	-0.206	0.0993	0.2444	0.0528	-0.0005	0.1692	-0.0317	0.1697	30.3889	16.0383	45.1454
6	1.4468	0.4512	0.6732	2.037	0.9608	2.003	-0.1305	-0.0373	0.5149	0.2538	0.0307	0.0211	-0.583	0.0447	0.0817	0.4705	0.0269	-0.0522	0.1248	-0.0283	0.3133	34.1159	32.2636	39.2682
7	4.6835	-2.8591	-2.2177	2.0329	1.1459	1.1894	-0.3276	-0.4498	-0.5025	0.9124	0.1156	0.3813	0.1987	-0.1129	0.1795	0.3678	0.0041	0.0565	0.3937	0.02	0.2455	11.2652	1.6227	50.4068
8	1.6218	-0.5539	0.2336	2.5899	-0.2259	1.6301	-0.0255	-0.1215	-0.0058	0.141	0.0525	0.0825	-0.0492	-0.1848	-0.029	0.1349	-0.0082	0.0148	0.1251	0.0064	0.1224	33.6796	-4.1424	47.0402
9	3.5476	-0.379	0.3813	1.0132	0.3516	1.134	0.1355	-0.1706	-0.1166	0.227	-0.0599	-0.0819	-0.0017	0.0207	-0.0753	0.1858	-0.0156	-0.0287	0.0938	0.0085	0.1259	47.812	-16.3969	50.7631
10	0.5173	-0.1763	0.0625	0.8702	-0.0406	2.6931	0.012	0.0595	-0.0739	0.0079	-0.0229	-0.0847	0.2042	0.1652	0.0169	0.107	0.0033	-0.0236	0.0987	-0.009	0.1328	47.177	-19.4108	28.5959
11	0.8337	0.3983	1.4726	2.9444	3.8211	7.3137	0.0849	0.1533	-0.0345	0.1194	0.385	-0.5746	0.2212	0.7236	-0.4661	0.1041	0.011	-0.026	0.1766	-0.0071	0.1957	58.6317	-11.2877	30.5416
12	1.8051	0.1924	0.5606	1.8448	0.7093	1.6059	0.0309	0.0307	-0.3984	0.0598	0.0817	-0.0823	0.3482	0.0713	-0.1012	0.1744	-0.0056	0.0135	0.1065	-0.0004	0.1579	43.6797	-24.5864	34.4871
13	3.6543	-4.8684	-0.7447	6.4776	0.9876	0.1485	-0.4901	-0.1399	-0.924	0.5156	0.0568	1.1879	0.4702	-0.228	0.4494	0.4137	-0.1178	-0.0042	0.2596	0.0116	0.4067	27.7999	-29.7688	29.5154
14	1.6735	-0.5676	-1.1272	1.5128	0.0634	2.4429	0.0147	-0.0894	-0.2107	0.0085	-0.002	0.1194	0.1368	-0.2359	-0.018	0.1095	-0.0168	-0.013	0.1645	0.0138	0.1584	13.0378	-13.1607	22.574
15	6.5524	-4.6519	4.4415	5.0859	-3.3938	3.8835	0.0518	0.1278	-0.0977	-0.2411	-0.0338	0.4664	0.132	-0.2895	-0.0214	0.147	-0.0334	-0.0203	0.418	-0.0316	0.2617	-6.8806	-7.6203	23.6257
16	1.2256	0.4543	0.3489	0.5981	0.303	1.0064	-0.0401	-0.1268	0.1683	0.052	-0.0167	0.2681	-0.2458	-0.4164	0.0426	0.1739	0.0939	0.0242	0.3113	-0.0248	0.2037	5.7435	9.4988	31.9971
17	2.8434	2.0091	0.8517	5.9479	2.0321	2.1049	-0.0013	-0.1601	0.1812	0.0604	-0.2314	0.8236	-0.09	-0.6581	0.2205	0.2074	0.1092	0.0555	0.6183	-0.0462	0.3817	-10.6542	8.3043	35.4684
18	0.0563	0.6469	0.1216	6.9537	1.3835	0.2745	0.4923	0.5993	0.4074	-1.0437	-0.2312	-0.1281	-0.954	-0.2565	-0.2736	0.5168	0.0867	-0.0391	0.3239	0.0791	0.265	25.9999	27.4337	22.2184
19	1.8804	0.1322	-1.3725	1.9778	0.0456	2.3293	0.0061	0.0749	0.0796	0.0277	0.0514	0.1832	-0.2587	-0.2427	-0.0441	0.1175	0.0323	-0.0105	0.13	0.0021	0.1147	20.2269	8.0058	10.9406
20	4.2017	3.2504	2.8027	6.8148	4.8394	6.7541	0.1165	0.1292	-0.2104	-0.0905	-0.1884	0.5474	0.4542	-0.3867	0.0527	0.2296	0.0246	-0.052	0.2228	-0.0136	0.2436	20.6404	-0.301	-8.124
21	0.2405	-0.2847	0.2844	1.5485	-0.9803	1.3745	0.0577	0.0551	-0.0588	-0.1433	0.0008	0.0608	0.1635	-0.0385	-0.0601	0.1329	0.0078	-0.0053	0.1719	-0.0213	0.1619	32.1343	-13.2503	6.0182
22	5.4055	-4.9071	0.8218	4.742	-0.8356	0.8915	0.4541	0.5916	-0.9186	-0.5283	-0.3721	0.6951	0.3651	-0.0866	-0.079	0.297	-0.0058	-0.0614	0.2784	-0.097	0.3377	24.3083	-27.7509	6.8045
23	1.3267	-0.0097	0.6904	1.213	-0.257	0.9915	0.0647	0.1651	-0.014	-0.1541	-0.0609	-0.0583	0.0431	0.1097	0.0045	0.1182	0.0125	-0.0057	0.1353	-0.0085	0.0979	36.0979	-7.8419	5.0155
24	3.1829	-4.5714	2.172	2.0301	-5.7217	5.2164	0.3978	0.3004	-0.1532	-0.8177	-0.2224	0.0904	0.5857	0.1441	-0.1677	0.3613	0.0459	-0.0889	0.1949	-0.0628	0.187	32.934	-14.6751	-11.3268

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 1:20)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 21:93)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 94:126)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 127:213)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 214:275)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 276:331)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 1:20)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 21:93)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 94:126)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 127:225)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 226:244)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 245:331)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resseq 1:20)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resseq 21:93)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resseq 94:126)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resseq 127:308)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resseq 309:331)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resseq 1:20)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resseq 21:93)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resseq 94:126)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resseq 127:213)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resseq 214:244)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resseq 245:308)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resseq 309:331)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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