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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4jnj | ||||||
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タイトル | Structure based engineering of streptavidin monomer with a reduced biotin dissociation rate | ||||||
要素 | Streptavidin/Rhizavidin Hybrid | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING / Beta barrel / Engineered Streptavidin Variant / Biotin / Biotin-Binding Protein | ||||||
機能・相同性 | Avidin-like / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta / BIOTIN 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces avidinii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.902 Å | ||||||
データ登録者 | DeMonte, D. / Drake, E.J. / Hong Lim, K. / Gulick, A.M. / Park, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2013 タイトル: Structure-based engineering of streptavidin monomer with a reduced biotin dissociation rate. 著者: Demonte, D. / Drake, E.J. / Lim, K.H. / Gulick, A.M. / Park, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4jnj.cif.gz | 100.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4jnj.ent.gz | 82.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4jnj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4jnj_validation.pdf.gz | 465.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4jnj_full_validation.pdf.gz | 472 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4jnj_validation.xml.gz | 22 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4jnj_validation.cif.gz | 30 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/4jnj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/4jnj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12591.332 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 12-134 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #2: 化合物 | ChemComp-BTN / #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.66 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 18-24% PEG 1000, 40-80 mM zinc acetate, 100 mM sodium acetate , pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月18日 |
放射 | モノクロメーター: Curved Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97945 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→29 Å / Num. all: 33053 / Num. obs: 34185 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 10.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.716 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 97.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.902→29 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.4 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.902→29 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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