PDB-4jnf: Allosteric opening of the polypeptide-binding site when an Hsp70 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jnf

タイトル

Allosteric opening of the polypeptide-binding site when an Hsp70 binds ATP

要素

Hsp70 CHAPERONE DnaK

キーワード

CHAPERONE / DnaK / 70kDa heat shock protein (Hsp70) / Substrate Binding Domain (SBD)

機能・相同性

機能・相同性情報

stress response to copper ion / sigma factor antagonist activity / : / protein unfolding / cellular response to unfolded protein / inclusion body / heat shock protein binding / protein folding chaperone / ATP-dependent protein folding chaperone / ADP binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.621 Å

データ登録者

Qi, R. / Sarbeng, E.B. / Liu, Q. / Le, K.Q. / Xu, X. / Xu, H. / Yang, J. / Wong, J.L. / Vorvis, C. / Hendrickson, W.A. ...

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Allosteric opening of the polypeptide-binding site when an Hsp70 binds ATP.
著者: Qi, R. / Sarbeng, E.B. / Liu, Q. / Le, K.Q. / Xu, X. / Xu, H. / Yang, J. / Wong, J.L. / Vorvis, C. / Hendrickson, W.A. / Zhou, L. / Liu, Q.

履歴

登録	2013年3月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月10日	Group: Database references
改定 1.2	2013年8月7日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jnf.cif.gz	100.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jnf.ent.gz	77.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jnf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/4jnf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/4jnf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jn4C 4jneC 1dkxS 1dkz C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1dkx-d 4ezz-d 4ezy-d 6zhi-3 7jml-d 4ezr-d 4pco-d 2q3v-d 1vm0-d 5w1y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (11)

登録構造単位

A: Hsp70 CHAPERONE DnaK

24 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.980, 66.980, 128.759
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-984- HOH

#1: タンパク質	Hsp70 CHAPERONE DnaK 分子量: 24001.074 Da / 分子数: 1 / 断片: Substrate binding domain, unp RESIDUES 389-610 / 変異: N432M,Q433G,S434G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / プラスミド: pSMT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A6Y8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月17日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.62→50 Å / Num. all: 42873 / Num. obs: 42873 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 1.62→1.65 Å / % possible all: 86.8

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
MAR345	データ収集
MOLREP	位相決定
PHENIX	精密化
HKL-2000	データ削減
HKL-2000	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DKX

1dkx

解像度: 1.621→29.711 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2157	1969	4.64 %	Random
R_work	0.1913	-	-	-
all	0.1924	42464	-	-
obs	0.1924	42464	98.23 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 46 Å² / k_sol: 0.38 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.621→29.711 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1607	0	0	321	1928

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1621
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.844	2183
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.864	621
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	259
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	289

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6206-1.6612	0.2562	129	0.2299	2616	X-RAY DIFFRACTION	91
1.6612-1.7061	0.2651	139	0.2436	2813	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7061-1.7563	0.27	136	0.2152	2853	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7563-1.8129	0.1966	142	0.1969	2880	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8129-1.8777	0.2132	139	0.1838	2832	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8777-1.9529	0.1764	141	0.1675	2894	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9529-2.0418	0.1886	148	0.1839	2914	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0418-2.1494	0.211	137	0.1757	2895	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1494-2.284	0.1916	139	0.1774	2925	X-RAY DIFFRACTION	100
2.284-2.4603	0.1909	144	0.1814	2963	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4603-2.7077	0.2265	138	0.1929	2951	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7077-3.0992	0.2203	143	0.1992	2964	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0992-3.9032	0.2071	144	0.1819	3013	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9032-29.7155	0.2384	150	0.2027	2982	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0336	0.0323	0.0278	0.1993	-0.0203	0.1718	-0.0688	-0.0615	-0.0343	0.0655	-0.0203	-0.0421	0.0673	-0.0324	-0.2448	0.2035	0.1158	0.0318	0.1473	0.0478	0.1049	19.2011	22.8646	19.7264
2	0.0585	-0.0128	-0.0487	0.4132	-0.2037	0.9722	0.0258	0.0446	-0.0914	0.0566	0.0052	0.1735	0.0302	-0.1792	0.2422	0.1851	0.0697	0.0248	0.1564	0.0056	0.1279	10.9543	26.8268	11.8997
3	0.0101	-0.0062	0.0099	0.0039	-0.006	0.0087	-0.056	0.0226	0.0916	-0.0814	-0.0749	0.1583	-0.0123	-0.3024	0	0.1859	0.014	-0.0412	0.3348	-0.0268	0.4424	-3.7348	25.6311	13.4005
4	0.337	0.1677	0.2235	0.2563	0.1565	0.1771	-0.0348	-0.2593	0.1378	0.3698	0.0546	0.2309	-0.1136	-0.2543	0.0488	0.2695	0.0978	0.098	0.2071	0.0549	0.2317	5.0688	24.9931	22.0932
5	0.0299	-0.0004	0.0362	0.0997	0.024	0.0654	0.023	-0.0597	0.0755	0.0014	-0.0426	0.0126	-0.0181	-0.0536	-0.0464	0.2457	0.0801	0.1529	0.4017	0.0853	0.62	-5.306	27.6988	22.7046
6	1.3089	-0.5614	-0.1493	0.3025	0.2548	0.7202	-0.1348	-0.0688	-0.5188	0.0358	-0.0405	0.2357	0.5595	0.1315	0.2326	0.2767	0.2222	0.0956	0.1943	0.0329	0.2342	20.1328	17.5509	10.8617
7	0.7029	0.3149	-0.0702	0.7929	0.0861	0.5448	0.0487	-0.0656	0.1771	0.0748	0.0361	0.2181	-0.1223	0.0488	-0.0028	0.1978	0.0826	0.0544	0.1327	0.0177	0.1202	10.5887	42.4766	7.7344
8	0.1363	-0.0953	-0.0564	0.0736	0.0017	0.2368	0.0054	-0.0173	-0.0297	-0.0032	-0.019	0.0362	0.0131	-0.027	0.0234	0.3559	0.2218	0.1246	0.3517	0.0339	0.6005	-12.218	56.5995	10.5129
9	0.0785	0.0986	0.0264	0.5551	0.0612	0.1319	0.0242	0.0652	0.0991	-0.0129	0.0197	0.3991	-0.2907	-0.2406	0.1189	0.2976	0.2822	0.0796	0.1584	0.0358	0.2335	1.4034	54.8814	2.1733
10	0.2476	0.0816	0.0867	0.0282	0.0291	0.0312	-0.0078	-0.3014	0.0628	0.3455	0.1566	0.3925	-0.3608	-0.27	0.0767	0.3415	0.191	0.1479	0.1856	0.0603	0.225	3.2817	56.1784	11.8714

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 388:421)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 422:455)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 456:464)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 465:489)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 490:496)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 497:520)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 521:549)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 550:558)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 559:579)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 580:604)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)