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万見
- PDB-4jnd: Structure of a C.elegans sex determining protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jnd
タイトルStructure of a C.elegans sex determining protein
要素Ca(2+)/calmodulin-dependent protein kinase phosphatase
キーワードHYDROLASE / novel fold / sex determination / cytosol / male promoting
機能・相同性
機能・相同性情報


masculinization of hermaphroditic germ-line / protein serine/threonine phosphatase activity => GO:0004722 / nematode male tail tip morphogenesis / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / peptidyl-threonine dephosphorylation / male sex determination / protein serine/threonine phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / phosphoprotein phosphatase activity ...masculinization of hermaphroditic germ-line / protein serine/threonine phosphatase activity => GO:0004722 / nematode male tail tip morphogenesis / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / peptidyl-threonine dephosphorylation / male sex determination / protein serine/threonine phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / phosphoprotein phosphatase activity / protein dephosphorylation / cell differentiation / apoptotic process / protein-containing complex / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A - #220 / Sigma factor PP2C-like phosphatases / PPM-type phosphatase, divalent cation binding / PPM-type phosphatase domain signature. / PPM-type phosphatase domain / Phosphatase 2c; domain 1 / Protein phosphatase 2C / Protein phosphatase 2C family / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain ...Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A - #220 / Sigma factor PP2C-like phosphatases / PPM-type phosphatase, divalent cation binding / PPM-type phosphatase domain signature. / PPM-type phosphatase domain / Phosphatase 2c; domain 1 / Protein phosphatase 2C / Protein phosphatase 2C family / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / 4-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein phosphatase fem-2
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.652 Å
データ登録者Feng, Y. / Zhang, Y. / Ge, J. / Yang, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural insight into Caenorhabditis elegans sex-determining protein FEM-2.
著者: Zhang, Y. / Zhao, H. / Wang, J. / Ge, J. / Li, Y. / Gu, J. / Li, P. / Feng, Y. / Yang, M.
履歴
登録2013年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月17日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ca(2+)/calmodulin-dependent protein kinase phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,4203
ポリマ－51,3711
非ポリマー492
水6,972387
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.399, 160.093, 77.422
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-639-

HOH

21A-691-

HOH

31A-855-

HOH

41A-911-

HOH

51A-912-

HOH

61A-922-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ca(2+)/calmodulin-dependent protein kinase phosphatase / CaM-kinase phosphatase / CaMKPase / Feminization of XX and XO animals protein 2 / Sex-determining ...CaM-kinase phosphatase / CaMKPase / Feminization of XX and XO animals protein 2 / Sex-determining protein fem-2


分子量: 51371.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: fem-2, T19C3.8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P49594, protein-serine/threonine phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 387 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.9 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 28% PEG 400, 0.2M MgCl2, 0.1M HEPES Sodium pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. all: 60896 / Num. obs: 60652 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.091
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
1.65-1.71198.2
1.71-1.78199.9
1.78-1.861100
1.86-1.961100
1.96-2.081100
2.08-2.241100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHELXS位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.3_473)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.652→29.796 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2025 2831 5.03 %
Rwork0.1772 --
obs0.1784 56265 92.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.844 Å2 / ksol: 0.364 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.1459 Å2-0 Å2-0 Å2
2---4.0843 Å20 Å2
3----3.0615 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.652→29.796 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3222 0 2 387 3611
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073310
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.054487
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0951230
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074485
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005593
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.6516-1.680.28381100.252221477
1.68-1.71060.25371250.2498227080
1.7106-1.74350.23871200.243239083
1.7435-1.77910.31561100.2285239383
1.7791-1.81770.25091330.214242285
1.8177-1.860.26051310.2026240184
1.86-1.90650.20571260.1884249187
1.9065-1.95810.22221610.1802259392
1.9581-2.01570.2331330.1777272894
2.0157-2.08070.22291450.1735280597
2.0807-2.15510.20131570.1657278397
2.1551-2.24130.2031750.1629278598
2.2413-2.34330.1991460.1665281498
2.3433-2.46680.2051550.1673283098
2.4668-2.62120.19811460.1782286899
2.6212-2.82350.24321540.185287999
2.8235-3.10740.21211390.19452912100
3.1074-3.55640.15781630.1692911100
3.5564-4.47820.15911440.1422964100
4.4782-29.80120.19871580.1849298197
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.7495 Å / Origin y: 57.5723 Å / Origin z: 36.1272 Å
111213212223313233
T0.0944 Å20.0145 Å20.0104 Å2-0.113 Å20.0036 Å2--0.1101 Å2
L0.4868 °2-0.0764 °2-0.0016 °2-1.065 °20.3161 °2--0.9431 °2
S0.0124 Å °0.0009 Å °-0.0332 Å °-0.0101 Å °-0.0636 Å °0.0138 Å °-0.0396 Å °-0.0152 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: CHAIN A AND RESID 13:436

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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