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- PDB-4jn9: Crystal structure of the DepH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jn9
タイトルCrystal structure of the DepH
要素DepH
キーワードOXIDOREDUCTASE / disulfide bond formation / FK228 / depsipeptide / FAD-dependent oxidoreductase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / DepH
類似検索 - 構成要素
生物種Chromobacterium violaceum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Li, J. / Wang, C. / Zhang, Z.M. / Zhou, J.H. / Cheng, E.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2014
タイトル: The structural basis of an NADP+-independent dithiol oxidase in FK228 biosynthesis.
著者: Li, J. / Wang, C. / Zhang, Z.M. / Cheng, Y.Q. / Zhou, J.
履歴
登録2013年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月15日Group: Structure summary
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DepH
B: DepH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,57513
ポリマ－73,5032
非ポリマー2,07211
水7,350408
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9280 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area23250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.120, 78.120, 187.415
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DepH


分子量: 36751.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chromobacterium violaceum (バクテリア)
株: No. 968 / 遺伝子: depH / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A4ZPY8

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非ポリマー , 6種, 419分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 408 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M citric acid, 0.2M (NH4)2SO4, 11.75 % PEG4000, microseeding, temperature 293K, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97916 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月20日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97916 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 53334 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.9-1.9711.10.6271100
1.97-2.0511.10.4811100
2.05-2.1411.10.3551100
2.14-2.2511.20.2681100
2.25-2.3911.20.2061100
2.39-2.5811.20.1561100
2.58-2.8411.10.121100
2.84-3.2511.10.1051100
3.25-4.09110.0961100
4.09-5010.50.043199.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3FBS

3fbs


解像度: 1.9→38.518 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.18 / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1968 2701 5.09 %
Rwork0.1624 --
obs0.1642 53112 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.0416 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→38.518 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4487 0 134 408 5029
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074847
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1246583
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.0521850
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075701
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006874
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9001-1.93460.25151200.19822636X-RAY DIFFRACTION100
1.9346-1.97180.24021330.18442598X-RAY DIFFRACTION100
1.9718-2.01210.22561270.17552636X-RAY DIFFRACTION100
2.0121-2.05580.20731580.17092614X-RAY DIFFRACTION100
2.0558-2.10360.22761270.17182612X-RAY DIFFRACTION100
2.1036-2.15620.20051400.172610X-RAY DIFFRACTION100
2.1562-2.21450.21671410.16872623X-RAY DIFFRACTION100
2.2145-2.27970.21461490.16652610X-RAY DIFFRACTION100
2.2797-2.35330.2111400.17152625X-RAY DIFFRACTION100
2.3533-2.43730.21811400.16442651X-RAY DIFFRACTION100
2.4373-2.53490.20911520.16812633X-RAY DIFFRACTION100
2.5349-2.65030.22821370.17232628X-RAY DIFFRACTION100
2.6503-2.78990.22631650.16972660X-RAY DIFFRACTION100
2.7899-2.96470.19851290.16862649X-RAY DIFFRACTION100
2.9647-3.19350.18281510.15832645X-RAY DIFFRACTION100
3.1935-3.51470.20471410.1642674X-RAY DIFFRACTION100
3.5147-4.02280.181420.14912711X-RAY DIFFRACTION100
4.0228-5.06650.15131450.13472733X-RAY DIFFRACTION100
5.0665-38.52630.17941640.16682863X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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