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- PDB-4jml: Crystal structure of the TolB(P201C)-ColicinE9 TBE peptide(A33C) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jml
タイトルCrystal structure of the TolB(P201C)-ColicinE9 TBE peptide(A33C) complex.
要素
  • Colicin-E9
  • Protein TolB
キーワードPROTEIN TRANSPORT/TOXIN / protein-protein interaction (タンパク質間相互作用) / engineered disulfide / bacteriocin transport / protein transport / PROTEIN TRANSPORT-TOXIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


extrachromosomal circular DNA / endonuclease activity / killing of cells of another organism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / defense response to bacterium / protein domain specific binding / protein-containing complex / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
TolB, N-terminal domain / Colicin/Pyocin-S2, DNase domain / Colicin/pyocin, DNase domain superfamily / Colicin, receptor domain / Coiled-coil receptor-binding R-domain of colicin E2 / Cloacin colicin family / Colicin-like bacteriocin tRNase domain / Pyosin/cloacin translocation domain / Pyosin/cloacin translocation domain superfamily / TolB, C-terminal domain ...TolB, N-terminal domain / Colicin/Pyocin-S2, DNase domain / Colicin/pyocin, DNase domain superfamily / Colicin, receptor domain / Coiled-coil receptor-binding R-domain of colicin E2 / Cloacin colicin family / Colicin-like bacteriocin tRNase domain / Pyosin/cloacin translocation domain / Pyosin/cloacin translocation domain superfamily / TolB, C-terminal domain / His-Me finger superfamily / 6 Propeller / ノイラミニダーゼ / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wojdyla, J.A. / Klein, A. / Kleanthous, C.
引用ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Intrinsically disordered protein threads through the bacterial outer-membrane porin OmpF.
著者: Nicholas G Housden / Jonathan T S Hopper / Natalya Lukoyanova / David Rodriguez-Larrea / Justyna A Wojdyla / Alexander Klein / Renata Kaminska / Hagan Bayley / Helen R Saibil / Carol V ...著者: Nicholas G Housden / Jonathan T S Hopper / Natalya Lukoyanova / David Rodriguez-Larrea / Justyna A Wojdyla / Alexander Klein / Renata Kaminska / Hagan Bayley / Helen R Saibil / Carol V Robinson / Colin Kleanthous /
要旨: Porins are β-barrel outer-membrane proteins through which small solutes and metabolites diffuse that are also exploited during cell death. We have studied how the bacteriocin colicin E9 (ColE9) ...Porins are β-barrel outer-membrane proteins through which small solutes and metabolites diffuse that are also exploited during cell death. We have studied how the bacteriocin colicin E9 (ColE9) assembles a cytotoxic translocon at the surface of Escherichia coli that incorporates the trimeric porin OmpF. Formation of the translocon involved ColE9's unstructured N-terminal domain threading in opposite directions through two OmpF subunits, capturing its target TolB on the other side of the membrane in a fixed orientation that triggers colicin import. Thus, an intrinsically disordered protein can tunnel through the narrow pores of an oligomeric porin to deliver an epitope signal to the cell to initiate cell death.
履歴
登録2013年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: reflns / reflns_shell / struct_ref_seq_dif
Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein TolB
E: Colicin-E9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3963
ポリマ－46,3562
非ポリマー401
水5,080282
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1430 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area16800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.089, 81.420, 126.437
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Protein TolB


分子量: 44716.629 Da / 分子数: 1 / 変異: P201C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ECDH1ME8569_0700, EcDH1_2895, tolB / プラスミド: pET21d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C9R0N0
#2: タンパク質・ペプチド Colicin-E9


分子量: 1639.618 Da / 分子数: 1 / Fragment: T-domain, Residues 32-47 / 変異: A33C / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P09883, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 80mM calcium chloride, 24% PEG 5000MME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: ACCEL Fixed exit Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→38.8 Å / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 1.95 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.084
反射 シェル解像度: 2→2.12 Å / Rmerge(I) obs: 0.656 / Mean I/σ(I) obs: 1.95 / Num. unique all: 8681 / % possible all: 95.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
GDAClientデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ivz

2ivz


解像度: 2→38.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 4.179 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2257 1440 5 %RANDOM
Rwork0.1688 ---
obs0.1717 28548 99.47 %-
all-28700 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 109.66 Å2 / Biso mean: 34.4006 Å2 / Biso min: 16.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å20 Å20 Å2
2---1.78 Å20 Å2
3---1.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→38.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3089 0 1 282 3372
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0193240
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022981
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.761.9394432
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8353.0016861
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7915429
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.88524.702151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.88715487
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2481519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2476
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213853
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02778
LS精密化 シェル解像度: 2.002→2.054 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 89 -
Rwork0.242 1821 -
all-1910 -
obs--92.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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