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- PDB-4jmg: Crystal structure of the synthetic protein in complex with pY peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jmg
タイトルCrystal structure of the synthetic protein in complex with pY peptide
要素
  • Clamp Ptpn11_pY580
  • Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 11
キーワードDE NOVO PROTEIN / synthetic protein / binding to phosphotyrosine containing sequence
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cortisol secretion / intestinal epithelial cell migration / microvillus organization / negative regulation of growth hormone secretion / genitalia development / atrioventricular canal development / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / STAT5 Activation / Co-inhibition by BTLA / Netrin mediated repulsion signals ...negative regulation of cortisol secretion / intestinal epithelial cell migration / microvillus organization / negative regulation of growth hormone secretion / genitalia development / atrioventricular canal development / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / STAT5 Activation / Co-inhibition by BTLA / Netrin mediated repulsion signals / cerebellar cortex formation / negative regulation of neutrophil activation / positive regulation of hormone secretion / regulation of protein export from nucleus / positive regulation of ossification / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / Interleukin-37 signaling / Signaling by Leptin / hormone metabolic process / MET activates PTPN11 / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / negative regulation of chondrocyte differentiation / face morphogenesis / Signal regulatory protein family interactions / ERBB signaling pathway / platelet formation / Interleukin-20 family signaling / Interleukin-6 signaling / triglyceride metabolic process / organ growth / megakaryocyte development / peptide hormone receptor binding / negative regulation of type I interferon production / PI-3K cascade:FGFR3 / Co-inhibition by CTLA4 / MAPK3 (ERK1) activation / Platelet sensitization by LDL / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / PI-3K cascade:FGFR2 / PI-3K cascade:FGFR4 / PI-3K cascade:FGFR1 / MAPK1 (ERK2) activation / Prolactin receptor signaling / regulation of cell adhesion mediated by integrin / regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / PECAM1 interactions / inner ear development / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / Bergmann glial cell differentiation / Regulation of IFNA/IFNB signaling / positive regulation of intracellular signal transduction / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / phosphoprotein phosphatase activity / RET signaling / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / PI3K Cascade / ephrin receptor signaling pathway / Co-inhibition by PD-1 / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / GAB1 signalosome / regulation of protein-containing complex assembly / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / Regulation of IFNG signaling / negative regulation of insulin secretion / Signaling by CSF3 (G-CSF) / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / GPVI-mediated activation cascade / cell adhesion molecule binding / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / Tie2 Signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / homeostasis of number of cells within a tissue / hormone-mediated signaling pathway / negative regulation of T cell proliferation / T cell costimulation / FLT3 Signaling / phosphotyrosine residue binding / protein tyrosine phosphatase activity / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity, metal-dependent / histone H2AXY142 phosphatase activity / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / Downstream signal transduction / positive regulation of mitotic cell cycle / cellular response to epidermal growth factor stimulus / axonogenesis / positive regulation of interferon-beta production / protein tyrosine kinase binding / DNA damage checkpoint signaling / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / integrin-mediated signaling pathway / positive regulation of D-glucose import / Negative regulation of FGFR3 signaling / insulin receptor binding / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling
類似検索 - 分子機能
Protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type-6, -11 / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain ...Protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type-6, -11 / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 11
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.403 Å
データ登録者Yasui, N. / Smith, L. / Koide, S.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2014
タイトル: Directed network wiring identifies a key protein interaction in embryonic stem cell differentiation.
著者: Yasui, N. / Findlay, G.M. / Gish, G.D. / Hsiung, M.S. / Huang, J. / Tucholska, M. / Taylor, L. / Smith, L. / Boldridge, W.C. / Koide, A. / Pawson, T. / Koide, S.
履歴
登録2013年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月30日Group: Database references
改定 1.22014年8月6日Group: Data collection
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Clamp Ptpn11_pY580
B: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7733
ポリマ－23,7492
非ポリマー241
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1580 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area10260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.597, 34.402, 47.799
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.22, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Clamp Ptpn11_pY580


分子量: 22186.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 11 / Protein-tyrosine phosphatase 1D / PTP-1D / Protein-tyrosine phosphatase 2C / PTP-2C / SH-PTP2 / SHP- ...Protein-tyrosine phosphatase 1D / PTP-1D / Protein-tyrosine phosphatase 2C / PTP-2C / SH-PTP2 / SHP-2 / Shp2 / SH-PTP3


分子量: 1562.618 Da / 分子数: 1 / Fragment: unp residues 579-591 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPN11, PTP2C, SHPTP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06124, protein-tyrosine-phosphatase
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.65 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% (w/v) PEG3000, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→220 Å / Num. all: 32418 / Num. obs: 32418 / % possible obs: 95.26 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.413 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Rsym value: 0.413 / % possible all: 92.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
MOLREP位相決定
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.403→52.876 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 1653 5.1 %Random
Rwork0.1741 ---
obs0.1758 32418 95.32 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.403→52.876 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1603 0 1 145 1749
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061679
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1112290
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.553599
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072243
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005291
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4026-1.44380.29241130.23172406X-RAY DIFFRACTION89
1.4438-1.49040.28411160.21662515X-RAY DIFFRACTION94
1.4904-1.54370.26161380.20332535X-RAY DIFFRACTION95
1.5437-1.60550.25211350.1892447X-RAY DIFFRACTION93
1.6055-1.67860.22211440.1832558X-RAY DIFFRACTION96
1.6786-1.76710.19851340.17762582X-RAY DIFFRACTION96
1.7671-1.87780.22081230.17182518X-RAY DIFFRACTION94
1.8778-2.02280.17811580.16282625X-RAY DIFFRACTION97
2.0228-2.22640.19631370.16372601X-RAY DIFFRACTION98
2.2264-2.54850.21081420.18092612X-RAY DIFFRACTION96
2.5485-3.21080.20571560.17692677X-RAY DIFFRACTION99
3.2108-52.91380.19111570.16222689X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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