PDB-4jmc: Enduracididine biosynthesis enzyme MppR complexed with pyruvate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jmc

タイトル

Enduracididine biosynthesis enzyme MppR complexed with pyruvate

要素

Putative uncharacterized protein mppR

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Acetoacetate decarboxylase-like

機能・相同性

機能・相同性情報

lyase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces hygroscopicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.72 Å

データ登録者

Silvaggi, N.R.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Structural and Functional Characterization of MppR, an Enduracididine Biosynthetic Enzyme from Streptomyces hygroscopicus: Functional Diversity in the Acetoacetate Decarboxylase-like Superfamily.
著者: Burroughs, A.M. / Hoppe, R.W. / Goebel, N.C. / Sayyed, B.H. / Voegtline, T.J. / Schwabacher, A.W. / Zabriskie, T.M. / Silvaggi, N.R.

履歴

登録	2013年3月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月17日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.1	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jmc.cif.gz	301.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jmc.ent.gz	250.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jmc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/4jmc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/4jmc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jm3C 4jmdC 4jmeC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4jmd-1 4jm3-1 4jme-1 5e5u-d 5b4m-d 3ig4-6 5a9f-d 4avg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein mppR

B: Putative uncharacterized protein mppR

ヘテロ分子

64.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative uncharacterized protein mppR

B: Putative uncharacterized protein mppR

ヘテロ分子

A: Putative uncharacterized protein mppR

B: Putative uncharacterized protein mppR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
130 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.320, 110.320, 87.840
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein mppR 分子量: 32256.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces hygroscopicus (バクテリア) 遺伝子: mppR / プラスミド: pE-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q643B8
#2: 化合物	ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸分子量: 88.062 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 496 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.58 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 25-30% PEG 3350, 0.2M (NH4)2SO4, 1-10mM HEPES. Drops contained 2 ul of protein solution at 12-18 mg/mL (~380-750 uM) and 1 ul of crystallization solution, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月10日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97856 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.72→34.3 Å / Num. all: 65173 / Num. obs: 65173 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 9.3 % / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 16.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Diffraction-ID	% possible all
1.72-1.81	9.3	0.468	4.1	9382	1	100
5.44-34.3	8.5	0.043	33.2	2177	1	98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: SeMet-SAD model refined to 2.2 Angstrom-resolution

解像度: 1.72→32.332 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1783	3298	5.06 %	RANDOM
R_work	0.157	-	-	-
obs	0.1581	65133	99.19 %	-
all	-	65664	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.72→32.332 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3888	0	16	496	4400

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	4135
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.264	5668
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.634	1470
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.082	590
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	767

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.72-1.7819	0.252	307	0.1978	5687	X-RAY DIFFRACTION	92
1.7819-1.8532	0.2089	353	0.1814	6130	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8532-1.9376	0.2196	326	0.1776	6194	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9376-2.0397	0.211	314	0.1634	6223	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0397-2.1675	0.1918	339	0.1526	6187	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1675-2.3348	0.2	342	0.159	6175	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3348-2.5696	0.1837	314	0.1568	6242	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5696-2.9412	0.205	321	0.1698	6264	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9412-3.7048	0.1759	329	0.1621	6312	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7048-32.3373	0.1452	353	0.14	6421	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5901	0.0724	-0.0578	0.6278	-0.408	1.9998	-0.0731	0.2254	0.2635	-0.1171	0.0291	-0.1174	-0.5461	0.216	0.0054	0.2879	-0.0438	-0.0048	0.0949	0.0477	0.1968	29.2996	57.9236	-12.172
2	0.7556	0.3886	-0.2201	1.6625	0.0307	0.7466	0.0017	0.1649	0.3486	-0.2422	0.0193	-0.0878	-0.3549	-0.0107	0.0367	0.3135	0.0045	-0.0025	0.1296	0.0628	0.2338	24.2057	59.9269	-12.479
3	1.5441	0.4259	0.3993	0.4359	-0.2353	1.3419	0.0906	0.1446	0.0962	-0.0443	0.0216	-0.1007	-0.0965	0.139	-0.0522	0.2074	-0.0039	0.0165	0.1382	-0.0003	0.1807	25.6747	52.1289	-8.8082
4	0.9238	0.1053	-0.4709	1.385	-0.4115	1.0391	-0.0249	0.2917	0.0579	-0.2135	-0.0162	0.1896	-0.1224	0.0143	-0.0447	0.1774	0.0274	-0.0426	0.2235	0.0276	0.1877	12.0858	43.7432	-17.9133
5	0.932	-0.1496	0.2181	1.4116	-0.1902	1.1426	-0.0736	0.0854	0.3691	-0.1452	-0.0115	0.0797	-0.4952	0.0032	-0.0395	0.3696	-0.0125	0.0008	0.1555	0.0804	0.2351	20.6403	59.9245	-14.2205
6	1.6014	0.1153	0.0945	1.2966	-0.151	1.5914	-0.033	0.109	0.3043	-0.1046	0.0505	0.0039	-0.5498	0.0269	-0.0142	0.3778	-0.0098	-0.0027	0.1692	0.0832	0.227	21.0787	61.2575	-16.1135
7	1.4431	-0.0518	-0.911	1.0817	-0.0427	2.7651	-0.0243	-0.0342	-0.0126	-0.0911	-0.0435	0.1882	0.0259	-0.3721	0.0513	0.1284	-0.0573	0.0102	0.1972	-0.0129	0.1779	0.3108	27.4113	-3.0905
8	0.9723	0.1007	-0.2277	1.488	0.1106	0.8277	0.017	0.2248	-0.1746	-0.1769	-0.0242	-0.1384	0.1683	0.0154	-0.025	0.1728	0.0089	0.0204	0.1243	-0.0525	0.1128	22.1567	21.5613	-15.6024
9	0.5856	-0.0217	0.1593	2.331	-0.2791	0.6555	-0.0362	0.127	-0.1735	-0.1618	0.0585	0.007	0.1351	-0.0009	0.0078	0.1688	-0.0031	0.0372	0.1338	-0.0462	0.1514	21.5011	20.773	-13.1097
10	1.0819	0.4623	-0.1797	0.4595	-0.0615	1.1291	0.0864	0.0671	0.0269	0.0072	-0.0568	0.0362	-0.098	-0.0447	-0.0224	0.1657	0.0156	0.0269	0.1132	-0.007	0.1369	20.2658	28.7703	-9.0075
11	0.6406	-0.4262	0.581	1.4784	0.2714	1.7408	-0.0111	0.1746	0.0498	-0.4217	0.0179	-0.2892	0.0748	0.0862	-0.1375	0.1929	-0.0313	0.0735	0.1933	-0.0137	0.1565	33.235	37.8521	-19.3441
12	0.885	0.1097	-0.3616	1.5405	-0.1817	1.3047	-0.0405	0.1307	-0.137	-0.1487	0.0415	-0.1119	0.1702	0.0187	0.0298	0.2093	0.0244	0.0421	0.1507	-0.0417	0.1786	24.8399	20.7975	-13.6644
13	1.3149	-0.0725	-0.2115	1.6928	-0.421	1.3038	-0.0333	0.1165	-0.1274	-0.2288	-0.0107	-0.1036	0.1631	0.0244	0.0234	0.196	0.0198	0.048	0.1293	-0.0806	0.1344	24.1563	19.7437	-16.7644

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 33:110)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 111:142)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 143:168)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 169:190)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 191:233)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESSEQ 234:295)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESSEQ 34:55)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESSEQ 56:110)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESSEQ 111:142)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESSEQ 143:168)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESSEQ 169:190)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND (RESSEQ 191:233)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN B AND (RESSEQ 234:295)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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