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万見
- PDB-3ig4: Structure of a putative aminopeptidase P from Bacillus anthracis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ig4
タイトルStructure of a putative aminopeptidase P from Bacillus anthracis
要素Xaa-pro aminopeptidase
キーワードHYDROLASE / aminopeptidase / bacillus anthracis / CSGID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


Xaa-Pro aminopeptidase / metalloaminopeptidase activity / manganese ion binding / proteolysis / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aminopeptidase P, N-terminal / Aminopeptidase P, N-terminal domain / Aminopeptidase P, N-terminal domain / : / Creatine Amidinohydrolase; Chain A, domain 1 / Creatinase/prolidase N-terminal domain / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / Creatine Amidinohydrolase / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily / Peptidase M24 ...Aminopeptidase P, N-terminal / Aminopeptidase P, N-terminal domain / Aminopeptidase P, N-terminal domain / : / Creatine Amidinohydrolase; Chain A, domain 1 / Creatinase/prolidase N-terminal domain / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / Creatine Amidinohydrolase / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Xaa-Pro aminopeptidase / Xaa-Pro aminopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of a putative aminopeptidase P from Bacillus anthracis
著者: Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2009年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22011年12月14日Group: Database references / Structure summary
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Xaa-pro aminopeptidase
B: Xaa-pro aminopeptidase
C: Xaa-pro aminopeptidase
D: Xaa-pro aminopeptidase
E: Xaa-pro aminopeptidase
F: Xaa-pro aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)300,43656
ポリマ－296,1266
非ポリマー4,31050
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area32340 Å2
ΔGint-792 kcal/mol
Surface area100430 Å2
手法PISA
2
A: Xaa-pro aminopeptidase
C: Xaa-pro aminopeptidase
E: Xaa-pro aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,21828
ポリマ－148,0633
非ポリマー2,15525
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9820 Å2
ΔGint-361 kcal/mol
Surface area56540 Å2
手法PISA
3
B: Xaa-pro aminopeptidase
D: Xaa-pro aminopeptidase
F: Xaa-pro aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,21828
ポリマ－148,0633
非ポリマー2,15525
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9760 Å2
ΔGint-360 kcal/mol
Surface area56640 Å2
手法PISA
4
A: Xaa-pro aminopeptidase
B: Xaa-pro aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,27320
ポリマ－98,7092
非ポリマー1,56518
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6970 Å2
ΔGint-218 kcal/mol
Surface area37360 Å2
手法PISA
5
C: Xaa-pro aminopeptidase
D: Xaa-pro aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,17719
ポリマ－98,7092
非ポリマー1,46917
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7000 Å2
ΔGint-208 kcal/mol
Surface area37170 Å2
手法PISA
6
E: Xaa-pro aminopeptidase
F: Xaa-pro aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,98517
ポリマ－98,7092
非ポリマー1,27615
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6990 Å2
ΔGint-216 kcal/mol
Surface area37280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)180.88, 180.88, 254.78
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MSE / Beg label comp-ID: MSE / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 1 - 419 / Label seq-ID: 1 - 419

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE
6FF

-
要素

#1: タンパク質
Xaa-pro aminopeptidase


分子量: 49354.324 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: BAS1763, BA_1901, GBAA1901, GBAA_1901 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q81RY4, UniProt: A0A6L8PS06*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.04 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2M ammonium sulfate, 5% isopropanol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月8日 / 詳細: beryllium lense
放射モノクロメーター: C(111) diamond laue monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→50 Å / Num. obs: 94533 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1.6 / Observed criterion σ(I): 2.7 / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Χ2: 1.067 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2.89→3 Å / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.88 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 8934 / Χ2: 1.003 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
BLU-MAXデータ収集
HKL-2000データ削減
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.89→44.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / WRfactor Rfree: 0.226 / WRfactor Rwork: 0.197 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.86 / SU B: 26.656 / SU ML: 0.237 / SU R Cruickshank DPI: 0.953 / SU Rfree: 0.317 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.953 / ESU R Free: 0.317 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 4743 5 %RANDOM
Rwork0.198 ---
all0.199 94923 --
obs0.199 94533 99.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 149.67 Å2 / Biso mean: 46.921 Å2 / Biso min: 15.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.19 Å20 Å20 Å2
2---0.19 Å2-0 Å2
3---0.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.89→44.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20274 0 202 0 20476
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02220887
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9461.96228238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.69452524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.36325.4961039
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.653153809
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3891566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.23110
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0215600
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.371.512510
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.839220280
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.59738377
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.8334.57950
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3344 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1ATIGHT POSITIONAL0.130.05
2BTIGHT POSITIONAL0.110.05
3CTIGHT POSITIONAL0.110.05
4DTIGHT POSITIONAL0.120.05
5ETIGHT POSITIONAL0.130.05
6FTIGHT POSITIONAL0.140.05
1ATIGHT THERMAL0.370.5
2BTIGHT THERMAL0.360.5
3CTIGHT THERMAL0.330.5
4DTIGHT THERMAL0.370.5
5ETIGHT THERMAL0.410.5
6FTIGHT THERMAL0.340.5
LS精密化 シェル解像度: 2.89→2.96 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 324 -
Rwork0.292 6280 -
all-6604 -
obs-6478 96.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5578-0.0556-0.01650.2818-0.07830.2554-0.07940.0815-0.19420.04210.0870.03870.0250.012-0.00760.2259-0.00490.03310.14140.00510.080656.85253.84471.926
20.3544-0.02320.00690.1461-0.01790.1549-0.0308-0.017-0.1651-0.03270.01150.02670.07390.09360.01930.2229-0.00990.01720.12160.01910.083556.90453.77771.848
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 169
2X-RAY DIFFRACTION1B5 - 169
3X-RAY DIFFRACTION1C5 - 169
4X-RAY DIFFRACTION1D5 - 169
5X-RAY DIFFRACTION1E5 - 169
6X-RAY DIFFRACTION1F5 - 169
7X-RAY DIFFRACTION2A170 - 412
8X-RAY DIFFRACTION2B170 - 412
9X-RAY DIFFRACTION2C170 - 412
10X-RAY DIFFRACTION2D170 - 412
11X-RAY DIFFRACTION2E170 - 412
12X-RAY DIFFRACTION2F170 - 412

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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