PDB-4jm3: Enduracididine Biosynthesis Enzyme MppR with HEPES Buffer Bound

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jm3

タイトル

Enduracididine Biosynthesis Enzyme MppR with HEPES Buffer Bound

要素

Putative uncharacterized protein mppR

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Acetoacetate decarboxylase-like

機能・相同性

機能・相同性情報

lyase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces hygroscopicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Silvaggi, N.R.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Structural and Functional Characterization of MppR, an Enduracididine Biosynthetic Enzyme from Streptomyces hygroscopicus: Functional Diversity in the Acetoacetate Decarboxylase-like Superfamily.
著者: Burroughs, A.M. / Hoppe, R.W. / Goebel, N.C. / Sayyed, B.H. / Voegtline, T.J. / Schwabacher, A.W. / Zabriskie, T.M. / Silvaggi, N.R.

履歴

登録	2013年3月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月17日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

関連構造データ	4jmcC 4jmdC 4jmeC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4jmd-1 4jmc-1 4jme-1 5e5u-d 5j5q-1 4r1d-d 1guy-1 3ig4-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein mppR

B: Putative uncharacterized protein mppR

ヘテロ分子

65 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Putative uncharacterized protein mppR

B: Putative uncharacterized protein mppR

ヘテロ分子

A: Putative uncharacterized protein mppR

B: Putative uncharacterized protein mppR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
130 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	109.790, 109.790, 87.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein mppR 分子量: 32256.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces hygroscopicus (バクテリア) 遺伝子: mppR / プラスミド: pE-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q643B8
#2: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 555 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.99 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 25-30% PEG 3350, 0.2M (NH4)2SO4, 1-10mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月1日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→34.26 Å / Num. all: 52362 / Num. obs: 52362 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 9.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Diffraction-ID	% possible all
1.85-1.95	6.2	0.32	4.2	7559	1	100
5.85-34.26	5.7	0.086	13.9	1769	1	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: SeMet SAD model refined to 2.2 Angstrom-resolution

解像度: 1.85→34.259 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.53 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.176	1997	3.82 %	RANDOM
R_work	0.1451	-	-	-
obs	0.1463	52325	99.98 %	-
all	-	52362	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→34.259 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3964	0	30	555	4549

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	4142
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.301	5662
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.269	1482
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	589
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	751

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.8963	0.2094	139	0.1674	3536	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8963-1.9475	0.1826	141	0.156	3543	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9475-2.0048	0.2043	143	0.157	3582	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0048-2.0695	0.1909	140	0.1451	3558	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0695-2.1435	0.1831	138	0.1436	3548	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1435-2.2293	0.2078	145	0.1478	3593	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2293-2.3307	0.1895	142	0.1438	3552	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3307-2.4536	0.1801	139	0.1491	3568	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4536-2.6073	0.1966	142	0.1529	3600	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6073-2.8085	0.1898	143	0.1562	3612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8085-3.091	0.2108	146	0.1563	3591	X-RAY DIFFRACTION	100
3.091-3.5378	0.1668	143	0.1492	3615	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5378-4.4558	0.1326	144	0.1273	3661	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4558-34.2647	0.1661	152	0.1377	3769	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1538	-0.0963	2.1452	0.425	-0.0652	3.4074	0.0727	0.0106	0.0386	-0.0147	-0.0728	-0.1458	-0.0603	0.1667	-0.0603	0.1286	-0.0312	-0.006	0.1348	0.0105	0.1384	50.4367	67.0932	-7.5796
2	2.4234	0.0855	1.1153	1.5879	-1.4351	1.8821	-0.0244	0.0114	0.3883	-0.2332	-0.0056	0.4995	-0.4154	-0.2813	0.0948	0.1816	0.0457	-0.0254	0.1493	0.0681	0.2615	21.1159	81.3458	-14.9422
3	0.2942	0.2399	-0.2175	0.7934	-0.0748	0.6433	-0.0418	0.1355	0.1621	-0.0961	0.0474	0.1706	-0.2331	0.0194	-0.0258	0.2014	-0.0038	-0.0452	0.093	0.0348	0.1593	31.578	76.954	-15.4349
4	7.9525	-2.1155	-2.2797	1.9495	1.0008	1.8553	-0.1031	0.0866	-0.0149	0.1105	0.0605	-0.1949	0.0897	0.2178	-0.0119	0.1285	0.0022	-0.0303	0.148	-0.0016	0.1273	42.9608	59.9151	-12.829
5	2.5587	1.1658	-0.6515	3.3959	-0.8738	1.4618	-0.0969	0.3345	0.2589	-0.4086	0.1418	-0.0167	-0.2849	0.0333	-0.0918	0.2617	-0.0171	-0.0243	0.1481	0.067	0.2063	32.1057	83.8712	-17.0793
6	0.7083	0.0409	0.2397	0.5149	0.0209	0.7486	0.0161	0.0465	0.0305	-0.0765	0.0143	0.0077	0.0361	-0.0233	-0.0312	0.1709	-0.0028	-0.0261	0.1177	0.0232	0.1285	32.4174	64.7423	-10.3328
7	0.7421	0.1404	0.3498	1.4585	0.2383	1.8363	0.017	0.1587	0.0851	-0.3355	0.002	0.2495	0.0626	-0.139	-0.0386	0.2086	0.0172	-0.0823	0.1484	0.0275	0.1753	22.9991	65.6737	-20.0708
8	0.9995	-0.4765	1.9005	0.2774	-0.6139	5.2904	0.0437	0.0495	0.132	0.1147	-0.0079	-0.2189	-0.2439	0.3129	-0.0576	0.2392	-0.082	-0.081	0.1409	0.0326	0.2522	40.9372	81.4296	-2.4374
9	0.5176	-0.6319	-1.7197	0.9827	2.1967	9.2792	-0.083	-0.1626	0.2863	0.0203	0.5135	-0.448	-0.3344	0.9461	-0.649	0.2654	-0.0345	-0.0386	0.222	0.024	0.2806	43.059	83.7215	-11.0953
10	0.8549	0.2252	-0.3016	1.4157	0.3973	2.3685	-0.0033	0.0888	0.0065	-0.246	-0.077	0.2487	-0.0278	-0.1393	0.0881	0.173	0.0273	-0.0672	0.1357	0.0662	0.1864	23.894	70.4207	-17.1082
11	0.7338	-0.3781	-0.0744	0.9611	-0.008	1.2904	0.1055	0.1969	0.1416	-0.2863	-0.0612	0.1324	-0.0937	-0.0576	0.0111	0.1787	0.0117	-0.0427	0.1124	0.0589	0.1391	29.7815	73.6787	-19.2341
12	0.9368	-0.4542	-0.5136	1.4459	0.0355	0.3194	-0.0997	-0.2158	0.4512	0.2625	0.1488	-0.8336	-0.3107	0.3465	-0.1863	0.3088	-0.0518	-0.0709	0.1579	0.0232	0.3899	43.4517	92.7037	-9.5021
13	0.7871	-0.0379	0.8508	0.2113	0.1144	1.0232	0.0679	-0.0006	-0.2104	-0.0516	-0.0626	0.1187	0.2322	-0.4847	0.039	0.2041	-0.0888	-0.0445	0.2008	-0.0002	0.1957	12.2445	40.9787	-7.6454
14	1.3964	-0.03	-0.1409	0.727	0.78	1.196	-0.0093	0.0669	-0.3353	-0.0266	0.1029	-0.1655	0.494	0.1372	-0.0386	0.3669	0.048	-0.0205	0.1406	-0.0524	0.1958	38.3856	28.5157	-13.9787
15	6.9566	-0.3149	0.9625	3.1035	-0.8446	2.249	-0.0295	0.0169	0.0817	-0.0188	0.0428	0.3071	0.0051	-0.2504	0.0313	0.1573	-0.0219	-0.0389	0.1476	0.0107	0.1385	18.6701	49.9973	-14.0715
16	1.5767	1.442	0.1481	3.4343	1.7593	1.2674	-0.031	0.2504	-0.2361	-0.3329	0.0724	0.6411	0.4591	0.0734	0.0788	0.4102	0.0203	-0.0851	0.1248	-0.0507	0.2794	32.7224	27.6436	-16.1486
17	1.4784	-0.0828	-0.3573	0.3797	0.1601	0.8362	0.0166	-0.0089	-0.233	-0.1037	0.0743	0.1225	0.321	-0.0802	-0.0404	0.2281	-0.0214	-0.0311	0.116	0.0009	0.1455	27.513	36.5791	-7.7751
18	2.5463	1.8584	-1.8501	5.2888	-2.384	3.036	-0.0083	0.0824	-0.0067	-0.0827	0.1301	0.2044	0.1168	0.0606	-0.1604	0.1699	0.0096	-0.0231	0.1335	-0.0045	0.1509	33.8406	44.7388	-8.7217
19	4.664	0.1213	1.0795	2.0493	-1.1387	6.3348	-0.2679	0.446	0.1202	-0.6979	0.0705	-0.0043	-0.2595	-0.0008	0.0753	0.2598	0.0173	0.032	0.2084	0.0139	0.1688	40.9188	60.1013	-24.8395
20	1.0231	0.4837	0.0528	1.7903	-0.5177	0.9648	-0.0412	0.2054	-0.152	-0.2239	0.0577	-0.1756	0.2391	0.0648	-0.0382	0.2112	0.0253	0.023	0.1485	-0.0457	0.1738	40.2	42.1357	-18.9229
21	1.3143	-0.4993	0.329	2.7433	0.5759	0.4855	-0.0253	-0.0795	-0.54	0.0343	-0.0733	0.4692	0.5252	-0.1677	-0.0378	0.3774	-0.101	-0.0076	0.1899	0.0444	0.3003	20.1776	27.6949	4.3592
22	2.6761	1.1129	-1.8299	2.4838	-3.0055	4.2312	0.0983	-0.216	-0.543	0.3044	0.0435	0.7715	0.427	-0.4532	-0.2803	0.5325	-0.1169	0.0323	0.2002	0.0356	0.3785	20.9295	25.3368	-10.7584
23	1.2358	0.1702	-0.1705	1.2102	-0.1603	1.4393	-0.004	0.0975	-0.0798	-0.0944	0.0476	-0.1786	0.2143	0.1725	-0.0185	0.2223	0.0427	-0.002	0.1364	-0.0662	0.1541	40.9265	37.4798	-15.3215
24	0.5599	-0.0744	-0.0912	0.7994	0.2296	0.6178	0.0557	0.079	-0.3536	-0.2098	-0.0084	0.0374	0.4381	-0.0673	-0.0118	0.3843	-0.0417	-0.0425	0.193	-0.0237	0.2243	28.5415	31.88	-18.1007

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 34:62)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 63:76)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 77:102)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 103:119)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 120:136)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 137:173)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 174:213)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 214:225)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN A AND RESID 231:241)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN A AND RESID 242:265)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN A AND RESID 266:289)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN A AND RESID 290:296)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN B AND RESID 25:64)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN B AND RESID 65:99)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN B AND RESID 100:117)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN B AND RESID 118:130)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN B AND RESID 131:153)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN B AND RESID 154:165)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN B AND RESID 166:172)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN B AND RESID 173:218)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(CHAIN B AND RESID 219:231)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(CHAIN B AND RESID 232:240)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(CHAIN B AND RESID 241:271)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(CHAIN B AND RESID 272:295)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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