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- PDB-4jl7: Crystal Structure of the Chemokine Receptor CXCR2 in Complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jl7
タイトルCrystal Structure of the Chemokine Receptor CXCR2 in Complex with the First PDZ Domain of NHERF1
要素Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF1
キーワードSIGNALING PROTEIN / CXCR2 / NHERF1 / Neutrophil / Inflammatory diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of renal phosphate excretion / renal sodium ion transport / type 2 metabotropic glutamate receptor binding / glutathione transport / dopamine receptor binding / renal phosphate ion absorption / import across plasma membrane / gamma-aminobutyric acid transmembrane transporter activity / gamma-aminobutyric acid import / cerebrospinal fluid circulation ...regulation of renal phosphate excretion / renal sodium ion transport / type 2 metabotropic glutamate receptor binding / glutathione transport / dopamine receptor binding / renal phosphate ion absorption / import across plasma membrane / gamma-aminobutyric acid transmembrane transporter activity / gamma-aminobutyric acid import / cerebrospinal fluid circulation / negative regulation of sodium ion transport / microvillus assembly / maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / bile acid secretion / positive regulation of monoatomic ion transmembrane transport / regulation of protein kinase activity / stereocilium tip / channel activator activity / phospholipase C-activating dopamine receptor signaling pathway / plasma membrane organization / cilium organization / gland morphogenesis / growth factor receptor binding / myosin II binding / establishment of Golgi localization / intracellular phosphate ion homeostasis / fibroblast migration / plasma membrane protein complex / establishment of epithelial cell apical/basal polarity / type 3 metabotropic glutamate receptor binding / negative regulation of fibroblast migration / auditory receptor cell stereocilium organization / chloride channel regulator activity / negative regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / beta-2 adrenergic receptor binding / nuclear migration / microvillus membrane / regulation of cell size / renal absorption / microvillus / negative regulation of mitotic cell cycle / phosphatase binding / transport across blood-brain barrier / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / protein-membrane adaptor activity / ruffle / sperm midpiece / endomembrane system / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein localization to plasma membrane / cell periphery / morphogenesis of an epithelium / PDZ domain binding / filopodium / sensory perception of sound / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / brush border membrane / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / beta-catenin binding / Wnt signaling pathway / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / actin cytoskeleton / regulation of cell shape / actin cytoskeleton organization / protein-containing complex assembly / vesicle / transmembrane transporter binding / apical plasma membrane / signaling receptor binding / negative regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
EBP50, C-terminal / Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHERF-1/2 / EBP50, C-terminal / : / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain ...EBP50, C-terminal / Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHERF-1/2 / EBP50, C-terminal / : / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.16 Å
データ登録者Lu, G. / Wu, Y. / Jiang, Y. / Brunzelle, J. / Sirinupong, N. / Li, C. / Yang, Z.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Structural Insights into Neutrophilic Migration Revealed by the Crystal Structure of the Chemokine Receptor CXCR2 in Complex with the First PDZ Domain of NHERF1.
著者: Lu, G. / Wu, Y. / Jiang, Y. / Wang, S. / Hou, Y. / Guan, X. / Brunzelle, J. / Sirinupong, N. / Sheng, S. / Li, C. / Yang, Z.
履歴
登録2013年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9674
ポリマ－9,8601
非ポリマー1063
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.360, 50.360, 65.982
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細one molecule per asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF1 / NHERF-1 / Ezrin-radixin-moesin-binding phosphoprotein 50 / EBP50 / Regulatory cofactor of Na(+)/H(+) ...NHERF-1 / Ezrin-radixin-moesin-binding phosphoprotein 50 / EBP50 / Regulatory cofactor of Na(+)/H(+) exchanger / Sodium-hydrogen exchanger regulatory factor 1 / Solute carrier family 9 isoform A3 regulatory factor 1


分子量: 9860.318 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 11-95 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NHERF, NHERF1, SLC9A3R1 / プラスミド: pSUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O14745
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 100 mM sodium acetate, 2.7 M sodium chloride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月7日
放射モノクロメーター: Kohzu / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.16→20 Å / Num. all: 33912 / Num. obs: 33912 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 11.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 1.16→1.23 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.463 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 4891 / Rsym value: 0.463 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.10.0精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.16→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9575 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9422 / SU R Cruickshank DPI: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2083 1717 5.07 %RANDOM
Rwork0.1861 ---
all0.1872 34079 --
obs0.1872 33875 99.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.8391 Å20 Å20 Å2
2---1.8391 Å20 Å2
3---3.6783 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.155 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.16→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数691 0 3 99 793
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011701HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.23947HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes19HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes102HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it701HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion86SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact843SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.16→1.2 Å / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2482 126 4.64 %
Rwork0.217 2588 -
all0.2184 2714 -
obs--99.4 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 32.1655 Å / Origin y: 15.6379 Å / Origin z: 1.3801 Å
111213212223313233
T-0.0085 Å2-0.0042 Å20.0077 Å2--0.0136 Å2-0.0037 Å2---0.0232 Å2
L0.7385 °20.5953 °2-0.5142 °2-1.0368 °2-0.0561 °2--1.4352 °2
S-0.0049 Å °-0.0889 Å °-0.0516 Å °-0.0871 Å °-0.0368 Å °-0.0464 Å °0.0656 Å °0.0722 Å °0.0417 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|9 - A|99 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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