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- PDB-4jl3: Crystal structure of ms6564-dna complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jl3
タイトルCrystal structure of ms6564-dna complex
要素
  • (DNA (31-MER)) x 2
  • Transcriptional regulator, TetR family
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / transcription regulator / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily ...Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcriptional regulator, TetR family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Yang, S.F. / Gao, Z.Q. / He, Z.G. / Dong, Y.H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural basis for interaction between Mycobacterium smegmatis Ms6564, a TetR family master regulator, and its target DNA.
著者: Yang, S. / Gao, Z. / Li, T. / Yang, M. / Zhang, T. / Dong, Y. / He, Z.G.
履歴
登録2013年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年11月27日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator, TetR family
B: Transcriptional regulator, TetR family
C: Transcriptional regulator, TetR family
D: Transcriptional regulator, TetR family
E: DNA (31-MER)
F: DNA (31-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,1106
ポリマ－105,1106
非ポリマー00
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14310 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area38330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.954, 100.954, 99.856
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質
Transcriptional regulator, TetR family / Transcriptional regulator / TetR family protein


分子量: 21511.529 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_6564, MSMEI_6387 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0R6I8
#2: DNA鎖 DNA (31-MER)


分子量: 9543.144 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (31-MER)


分子量: 9521.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.99 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 10% PEG3000, 100mM imidazole, 200mM lithium sulfate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月10日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 39254 / Num. obs: 39254 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 34.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 2.37 / Num. unique all: 1887 / % possible all: 95.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→35.497 Å / SU ML: 0.5 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 34.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2797 1948 5.02 %random
Rwork0.2241 ---
obs0.2241 38813 98.57 %-
all-39254 --
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.718 Å2 / ksol: 0.313 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.1068 Å2-0 Å20 Å2
2---12.1068 Å2-0 Å2
3---24.2137 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→35.497 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5506 1271 0 65 6842
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087014
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3179754
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.6552689
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0831135
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041046
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.56260.44761370.37292417X-RAY DIFFRACTION91
2.5626-2.63190.4451240.36732571X-RAY DIFFRACTION96
2.6319-2.70930.45571240.36022662X-RAY DIFFRACTION99
2.7093-2.79670.38711450.31772675X-RAY DIFFRACTION100
2.7967-2.89660.36161220.31632671X-RAY DIFFRACTION100
2.8966-3.01250.39021470.29562639X-RAY DIFFRACTION100
3.0125-3.14960.36561360.26232678X-RAY DIFFRACTION100
3.1496-3.31550.28621300.23152639X-RAY DIFFRACTION98
3.3155-3.52310.27971460.21942654X-RAY DIFFRACTION100
3.5231-3.79480.30611230.24632664X-RAY DIFFRACTION99
3.7948-4.17610.24981690.19372643X-RAY DIFFRACTION99
4.1761-4.77920.22281380.17122655X-RAY DIFFRACTION100
4.7792-6.01650.26751630.19622637X-RAY DIFFRACTION100
6.0165-35.50050.20661440.17662660X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -6.1555 Å / Origin y: -1.8485 Å / Origin z: -2.9845 Å
111213212223313233
T0.1926 Å20.0843 Å20.0046 Å2-0.1052 Å2-0.0111 Å2--0.1201 Å2
L0.8098 °20.7824 °2-0.4368 °2-0.8787 °2-0.3347 °2--0.607 °2
S0.0101 Å °0.0175 Å °-0.1349 Å °0.1151 Å °-0.0472 Å °-0.1295 Å °0.0516 Å °-0.0092 Å °0.0002 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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