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- PDB-4jl0: Crystal structure of PcrH in complex with the chaperone binding r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jl0
タイトルCrystal structure of PcrH in complex with the chaperone binding region of PopB
要素
  • PopB
  • Regulatory protein PcrH
キーワードCHAPERONE / translocator / protein binding / type III secretion system / TPR / tetratricopeptide repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Secretion system effector C, SseC-like / Secretion system effector C (SseC) like family / Type III secretion system, low calcium response, chaperone LcrH/SycD, subgroup / Type III secretion system, low calcium response, chaperone LcrH/SycD / Tetratricopeptide repeat domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CesD/SycD/LcrH family type III secretion system chaperone / PopB
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Discola, K.F. / Forster, A. / Simorre, J.P. / Attree, I. / Dessen, A. / Job, V.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Membrane and Chaperone Recognition by the Major Translocator Protein PopB of the Type III Secretion System of Pseudomonas aeruginosa.
著者: Discola, K.F. / Forster, A. / Boulay, F. / Simorre, J.P. / Attree, I. / Dessen, A. / Job, V.
履歴
登録2013年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月15日Group: Database references
改定 1.22014年3月5日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulatory protein PcrH
B: Regulatory protein PcrH
C: PopB
D: PopB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7795
ポリマ－32,6564
非ポリマー1221
水2,036113
1
A: Regulatory protein PcrH
C: PopB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4503
ポリマ－16,3282
非ポリマー1221
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1020 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area7420 Å2
手法PISA
2
B: Regulatory protein PcrH
D: PopB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3282
ポリマ－16,3282
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area870 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area6730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.100, 73.290, 98.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
詳細There are 2 biological units in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 Regulatory protein PcrH


分子量: 15486.300 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 22-161 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: CHA / 遺伝子: pcrH / プラスミド: pETDUET1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O30528
#2: タンパク質・ペプチド PopB


分子量: 841.948 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 51-59 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized peptide / 由来: (合成) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q840U9
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 30% PEG6000, 1.0M LiCl/ 0.1 M tris-HCl pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97796 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月5日
放射モノクロメーター: Band pass 1.9x10-4 for a Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.22→73.3 Å / Num. obs: 16247 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.99 % / Biso Wilson estimate: 46.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 29.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.25-2.390.4154.7818278256096.8
2.39-2.550.2567.78171512369100
2.55-2.760.14713.09168392346100
2.76-3.020.08920.5214641204499.9
3.02-3.370.0534.48133501902100
3.37-3.890.03252.2311657169999.9
3.89-4.760.02562.7798851466100
4.76-6.690.02366.376621157100
6.690.01779.82414770498.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å35.81 Å
Translation2.5 Å35.81 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XCC

2xcc


解像度: 2.22→73.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 5.432 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2648 787 4.9 %RANDOM
Rwork0.2145 ---
obs0.217 16202 95.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 77.14 Å2 / Biso mean: 43.2288 Å2 / Biso min: 22.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.22→73.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2025 0 8 113 2146
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.022075
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0691.9532810
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5865265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.95524.1100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.88215287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5291511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2296
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211641
LS精密化 シェル解像度: 2.217→2.275 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 38 -
Rwork0.235 560 -
all-598 -
obs--48.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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