[日本語] English
万見
- PDB-4jkt: Crystal structure of mouse Glutaminase C, BPTES-bound form -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jkt
タイトルCrystal structure of mouse Glutaminase C, BPTES-bound form
要素Glutaminase kidney isoform, mitochondrial
キーワードHYDROLASE / Glutaminase
機能・相同性
機能・相同性情報


Glutamate and glutamine metabolism / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / TP53 Regulates Metabolic Genes / L-glutamine catabolic process / regulation of respiratory gaseous exchange by nervous system process / glutamate biosynthetic process / glutaminase / intracellular glutamate homeostasis / glutaminase activity / suckling behavior ...Glutamate and glutamine metabolism / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / TP53 Regulates Metabolic Genes / L-glutamine catabolic process / regulation of respiratory gaseous exchange by nervous system process / glutamate biosynthetic process / glutaminase / intracellular glutamate homeostasis / glutaminase activity / suckling behavior / chemical synaptic transmission / protein homotetramerization / mitochondrial matrix / synapse / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Recoverin; domain 1 - #210 / Glutaminase, EF-hand domain / EF-hand domain / Glutaminase / Glutaminase / Recoverin; domain 1 / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. ...Recoverin; domain 1 - #210 / Glutaminase, EF-hand domain / EF-hand domain / Glutaminase / Glutaminase / Recoverin; domain 1 / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-04A / Glutaminase kidney isoform, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.77 Å
データ登録者Fornezari, C. / Ferreira, A.P.S. / Dias, S.M.G. / Ambrosio, A.L.B.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Active Glutaminase C Self-assembles into a Supratetrameric Oligomer That Can Be Disrupted by an Allosteric Inhibitor.
著者: Ferreira, A.P. / Cassago, A. / Goncalves Kde, A. / Dias, M.M. / Adamoski, D. / Ascencao, C.F. / Honorato, R.V. / de Oliveira, J.F. / Ferreira, I.M. / Fornezari, C. / Bettini, J. / Oliveira, P. ...著者: Ferreira, A.P. / Cassago, A. / Goncalves Kde, A. / Dias, M.M. / Adamoski, D. / Ascencao, C.F. / Honorato, R.V. / de Oliveira, J.F. / Ferreira, I.M. / Fornezari, C. / Bettini, J. / Oliveira, P.S. / Paes Leme, A.F. / Portugal, R.V. / Ambrosio, A.L. / Dias, S.M.
履歴
登録2013年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 1.22013年10月16日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.42023年9月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Glutaminase kidney isoform, mitochondrial
B: Glutaminase kidney isoform, mitochondrial
C: Glutaminase kidney isoform, mitochondrial
D: Glutaminase kidney isoform, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,3576
ポリマ－213,3084
非ポリマー1,0492
水4,810267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10360 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area60220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.670, 140.240, 180.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Glutaminase kidney isoform, mitochondrial / GLS


分子量: 53326.961 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gls, Gls1, Kiaa0838 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D3Z7P3, glutaminase
#2: 化合物 ChemComp-04A / N,N'-[sulfanediylbis(ethane-2,1-diyl-1,3,4-thiadiazole-5,2-diyl)]bis(2-phenylacetamide) / BPTES / N,N′-[チオビス[エチレン(1,3,4-チアジアゾ-ル-2,5-ジイル)]]ビス(2-フェニルアセトアミド)


分子量: 524.681 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H24N6O2S3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.9 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 17% PEG3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M BIS-TRIS, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.608 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月7日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.608 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→38.39 Å / Num. all: 66981 / Num. obs: 63967 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 2.8 / Observed criterion σ(I): 2.8 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.151 / Rsym value: 0.151 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル解像度: 2.75→2.82 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.323 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.323 / % possible all: 46.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3ss3

3ss3


解像度: 2.77→19.999 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 29.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2947 5952 5.05 %
Rwork0.2531 --
obs0.2553 63892 94.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.77→19.999 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12250 0 70 267 12587
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00312593
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78316972
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6664657
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521861
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042175
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.77-2.80550.42761110.39931888X-RAY DIFFRACTION47
2.8055-2.83840.42251970.36533641X-RAY DIFFRACTION93
2.8384-2.87290.35361840.34113709X-RAY DIFFRACTION93
2.8729-2.90920.39171510.34063708X-RAY DIFFRACTION93
2.9092-2.94740.421960.33533652X-RAY DIFFRACTION93
2.9474-2.98760.39731860.31973703X-RAY DIFFRACTION93
2.9876-3.03010.36642290.30633673X-RAY DIFFRACTION94
3.0301-3.07520.33852130.29933694X-RAY DIFFRACTION94
3.0752-3.12310.35221910.30043776X-RAY DIFFRACTION95
3.1231-3.17410.31252180.27893687X-RAY DIFFRACTION94
3.1741-3.22860.33461650.28443797X-RAY DIFFRACTION95
3.2286-3.28710.33232180.27463704X-RAY DIFFRACTION94
3.2871-3.350.33332280.26753767X-RAY DIFFRACTION95
3.35-3.41810.2921650.25133783X-RAY DIFFRACTION95
3.4181-3.4920.32512140.2493742X-RAY DIFFRACTION96
3.492-3.57280.27922080.24793825X-RAY DIFFRACTION96
3.5728-3.66160.29881740.24173813X-RAY DIFFRACTION97
3.6616-3.760.26042130.23583891X-RAY DIFFRACTION98
3.76-3.86980.29762240.22513854X-RAY DIFFRACTION97
3.8698-3.99380.27652000.22513814X-RAY DIFFRACTION97
3.9938-4.13530.24831870.21923841X-RAY DIFFRACTION97
4.1353-4.29930.24512200.21563863X-RAY DIFFRACTION97
4.2993-4.49290.25752240.19653847X-RAY DIFFRACTION98
4.4929-4.72680.22332150.19483817X-RAY DIFFRACTION97
4.7268-5.01860.25161860.20443884X-RAY DIFFRACTION98
5.0186-5.3990.24371830.22183888X-RAY DIFFRACTION98
5.399-5.92950.27381930.23253906X-RAY DIFFRACTION98
5.9295-6.75830.25742130.243887X-RAY DIFFRACTION98
6.7583-8.40810.22072060.21163900X-RAY DIFFRACTION99
8.4081-19.99970.21172400.20543867X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る