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- PDB-4jkk: Crystal Structure of Streptococcus agalactiae beta-glucuronidase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jkk
タイトルCrystal Structure of Streptococcus agalactiae beta-glucuronidase in space group I222
要素Beta-glucuronidase
キーワードHYDROLASE / alpha/beta barrel / beta-sandwich / sugar-binding domain / glycosyl hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-glucuronidase / beta-galactosidase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site / Glycosyl hydrolases family 2 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2 ...Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site / Glycosyl hydrolases family 2 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls / Immunoglobulins / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-glucuronidase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus agalactiae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Wallace, B.D. / Redinbo, M.R.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structure and Inhibition of Microbiome beta-Glucuronidases Essential to the Alleviation of Cancer Drug Toxicity.
著者: Wallace, B.D. / Roberts, A.B. / Pollet, R.M. / Ingle, J.D. / Biernat, K.A. / Pellock, S.J. / Venkatesh, M.K. / Guthrie, L. / O'Neal, S.K. / Robinson, S.J. / Dollinger, M. / Figueroa, E. / ...著者: Wallace, B.D. / Roberts, A.B. / Pollet, R.M. / Ingle, J.D. / Biernat, K.A. / Pellock, S.J. / Venkatesh, M.K. / Guthrie, L. / O'Neal, S.K. / Robinson, S.J. / Dollinger, M. / Figueroa, E. / McShane, S.R. / Cohen, R.D. / Jin, J. / Frye, S.V. / Zamboni, W.C. / Pepe-Ranney, C. / Mani, S. / Kelly, L. / Redinbo, M.R.
履歴
登録2013年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月21日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-glucuronidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,7802
ポリマ－69,7561
非ポリマー241
水5,314295
1
A: Beta-glucuronidase
ヘテロ分子

A: Beta-glucuronidase
ヘテロ分子

A: Beta-glucuronidase
ヘテロ分子

A: Beta-glucuronidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)279,1218
ポリマ－279,0244
非ポリマー974
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area17170 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area78440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.814, 83.829, 199.332
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-601-

MG

21A-985-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Beta-glucuronidase


分子量: 69755.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae (バクテリア)
株: ATCC BAA-611 / 2603 V/R / 遺伝子: SAG0698 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-AI (DE3) / 参照: UniProt: Q8E0N2, beta-glucuronidase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.31 %
結晶化温度: 289.15 K
詳細: 20-28% PEG 3350, 0.1-0.3 M KSCN, 0.02% sodium azide, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289.15K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年8月10日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL WITH K-B BIOMORPH MIRRORS
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→99.67 Å / Num. obs: 18183 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.128 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.363 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.59→99.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.38 / SU B: 9.616 / SU ML: 0.208 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.311 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 938 5.2 %RANDOM
Rwork0.146 ---
obs0.15 18110 98.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.24 Å20 Å20 Å2
2--0.84 Å20 Å2
3----0.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→99.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4780 0 1 295 5076
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0224950
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4361.9466725
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.365600
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.31924.846260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.99415855
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1671525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2727
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213828
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9261.52952
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8224799
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.73131998
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5314.51919
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.59→2.66 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 53 -
Rwork0.164 1099 -
obs--86.49 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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