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万見
- PDB-4jk6: Human urokinase-type Plasminogen Activator (uPA) in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jk6
タイトルHuman urokinase-type Plasminogen Activator (uPA) in complex with a bicyclic peptide inhibitor (UK18-D-Aba)
要素
  • Urokinase-type plasminogen activator
  • bicyclic peptide UK18-D-Aba inhibitor of uPA
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / serine protease / chymotrypsin fold / urokinase-type plasminogen activator / bicyclic peptide inhibitor / D-amino acids / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


u-plasminogen activator / regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / regulation of wound healing / protein complex involved in cell-matrix adhesion / negative regulation of plasminogen activation / regulation of smooth muscle cell migration / regulation of signaling receptor activity ...u-plasminogen activator / regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / regulation of wound healing / protein complex involved in cell-matrix adhesion / negative regulation of plasminogen activation / regulation of smooth muscle cell migration / regulation of signaling receptor activity / serine-type endopeptidase complex / Dissolution of Fibrin Clot / smooth muscle cell migration / plasminogen activation / regulation of cell adhesion mediated by integrin / tertiary granule membrane / negative regulation of fibrinolysis / regulation of cell adhesion / specific granule membrane / serine protease inhibitor complex / fibrinolysis / chemotaxis / blood coagulation / regulation of cell population proliferation / response to hypoxia / positive regulation of cell migration / external side of plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / focal adhesion / Neutrophil degranulation / cell surface / signal transduction / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Kringle-like fold / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. ...Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Kringle-like fold / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
bicyclic peptide UK18-D-Aba inhibitor of uPA / 1,3,5-tris(bromomethyl)benzene / Urokinase-type plasminogen activator
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Buth, S.A. / Leiman, P.G. / Chen, S. / Heinis, C.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2013
タイトル: Improving binding affinity and stability of Peptide ligands by substituting glycines with d-amino acids.
著者: Chen, S. / Gfeller, D. / Buth, S.A. / Michielin, O. / Leiman, P.G. / Heinis, C.
履歴
登録2013年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月31日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Urokinase-type plasminogen activator
B: bicyclic peptide UK18-D-Aba inhibitor of uPA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4649
ポリマ－29,4052
非ポリマー1,0597
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2860 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area11990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.219, 121.219, 42.731
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Urokinase-type plasminogen activator / U-plasminogen activator / uPA / Urokinase-type plasminogen activator long chain A / Urokinase-type ...U-plasminogen activator / uPA / Urokinase-type plasminogen activator long chain A / Urokinase-type plasminogen activator short chain A / Urokinase-type plasminogen activator chain B


分子量: 27586.420 Da / 分子数: 1 / 断片: Catalytic domain / 変異: C299A, N322Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: 9606 / 遺伝子: PLAU / プラスミド: pSecTagA / 細胞株 (発現宿主): HEK-293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00749, u-plasminogen activator
#2: タンパク質・ペプチド bicyclic peptide UK18-D-Aba inhibitor of uPA


タイプ: Cyclic peptide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 1819.058 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物) / 参照: bicyclic peptide UK18-D-Aba inhibitor of uPA

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非ポリマー , 5種, 117分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-ZBR / 1,3,5-tris(bromomethyl)benzene / 1,3,5-トリス(ブロモメチル)ベンゼン


タイプ: Cyclic peptide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 356.880 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H9Br3 / 参照: bicyclic peptide UK18-D-Aba inhibitor of uPA
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.9
詳細: 50mM Na3(cit) pH 4.9, 5% v/v PEG400, 1.8M (NH4)2SO4, 0.05% NaN3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Bartels Monochromator with dual channel cut crystals (DCCM) in (+--+) geometry and a toroidal mirror (M2)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→33.16 Å / Num. all: 11881 / Num. obs: 11879 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 30 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.438 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 1037 / Rsym value: 0.308 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2NWN

2nwn


解像度: 2.2→33.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 11.095 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.333 / ESU R Free: 0.204 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20526 564 4.7 %RANDOM
Rwork0.15343 ---
all0.15586 11881 --
obs0.15586 11311 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.333 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.47 Å2-0.47 Å20 Å2
2---0.47 Å2-0 Å2
3---1.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→33.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2058 0 49 110 2217
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0192176
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022004
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8451.9682949
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8513.0064611
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3735264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.34522.97994
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.46115.014358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2721516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2313
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212426
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02505
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 43 -
Rwork0.255 853 -
obs-896 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9957-0.9588-0.14463.836-0.06761.4802-0.0872-0.0374-0.0862-0.0220.09480.37830.1443-0.2303-0.00770.15260.0275-0.01280.1516-0.02140.0895-35.498113.308-2.482
224.11-16.8935-5.573520.91846.28127.0205-0.2953-0.357-0.48260.67360.27840.18940.4967-0.13480.0170.20450.00670.03250.18480.06750.0868-35.584106.1315.604
36.338-1.21870.675.0728-0.52331.841-0.0629-0.49090.50770.38480.25750.3985-0.1425-0.4536-0.19450.12180.07760.02040.1847-0.03160.1752-37.155121.0622.773
44.0544-5.5454-2.045617.3163-10.274424.2366-0.6777-0.30270.35891.38270.4310.4279-1.4087-0.48550.24670.48210.0799-0.22080.1664-0.31080.7563-24.897135.7585.176
52.88410.174-0.62983.3965-0.04881.59320.09620.19340.4202-0.3371-0.1934-0.2379-0.10640.14130.09720.20090.07680.0220.13020.02450.1341-25.076116.919-10.761
61.65023.0388-0.315112.4373-1.91434.3071-0.03530.32040.9678-0.12870.36020.5283-0.8123-0.1763-0.32490.17870.0170.0750.15310.23250.838-20.331132.5-12.809
74.34360.6604-0.12343.25-0.21651.28310.06080.02690.9838-0.18550.0542-0.3951-0.3270.1108-0.11490.17840.01230.05950.10960.01560.3581-24.124127.494-9.485
83.3194-0.4183-0.52842.38440.05921.95110.12320.08260.9659-0.19950.105-0.2677-0.26570.0318-0.22820.19710.0450.01170.1320.02940.4673-28.204128.988-7.358
91.87042.8037-1.788839.910615.871211.4920.4993-0.5836-0.06192.3632-0.5567-0.55620.23390.43570.05750.44390.1295-0.15040.7695-0.45960.4958-37.779130.0279.823
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-IDSelection
1X-RAY DIFFRACTION1A16 - 77
2X-RAY DIFFRACTION2A78 - 84
3X-RAY DIFFRACTION3A85 - 123
4X-RAY DIFFRACTION4A124 - 128
5X-RAY DIFFRACTION5A129 - 156
6X-RAY DIFFRACTION6A157 - 170157 to 170B
7X-RAY DIFFRACTION7A171 - 206
8X-RAY DIFFRACTION8A207 - 237
9X-RAY DIFFRACTION9A238 - 242

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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