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- PDB-4jjt: The crystal structure of enoyl-CoA hydratase from Mycobacterium t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jjt
タイトルThe crystal structure of enoyl-CoA hydratase from Mycobacterium tuberculosis H37Rv
要素Enoyl-CoA hydratase
キーワードLYASE / structural genomics / PSI-Biology / protein structure initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors / MTBI
機能・相同性
機能・相同性情報


Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Probable enoyl-CoA hydratase EchA16 (Enoyl hydrase) (Unsaturated acyl-CoA hydratase) (Crotonase)
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.496 Å
データ登録者Tan, K. / Holowicki, J. / Endres, M. / Kim, C.-Y. / Kim, H. / Hung, L.-W. / Terwilliger, T.C. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors (MTBI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of enoyl-CoA hydratase from Mycobacterium tuberculosis H37Rv
著者: Tan, K. / Holowicki, J. / Endres, M. / Kim, C.-Y. / Kim, H. / Hung, L.-W. / Terwilliger, T.C. / Joachimiak, A.
履歴
登録2013年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-CoA hydratase
B: Enoyl-CoA hydratase
C: Enoyl-CoA hydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,5557
ポリマ－81,2203
非ポリマー3354
水3,387188
1
A: Enoyl-CoA hydratase
B: Enoyl-CoA hydratase
C: Enoyl-CoA hydratase
ヘテロ分子

A: Enoyl-CoA hydratase
B: Enoyl-CoA hydratase
C: Enoyl-CoA hydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,11114
ポリマ－162,4406
非ポリマー6718
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area20990 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area47150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.318, 86.874, 80.957
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 126.02, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-450-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Enoyl-CoA hydratase


分子量: 27073.312 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: Mycobacterium tuberculosis, RVBD_2831 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: I6YEH6, enoyl-CoA hydratase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.09 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M sodium citrate, 20% (w/v) PEG4000, 5% (v/v) 2-propanol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月4日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→40.5 Å / Num. all: 24439 / Num. obs: 24439 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.563 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 1248 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry: 3P85

3p85


解像度: 2.496→40.445 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2267 1238 5.07 %random
Rwork0.1799 ---
obs0.1823 24425 95.66 %-
all-24425 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.496→40.445 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5016 0 22 188 5226
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035107
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6676952
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0361823
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044842
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003904
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4957-2.59560.26981550.22882595X-RAY DIFFRACTION96
2.5956-2.71370.31151310.22412661X-RAY DIFFRACTION99
2.7137-2.85670.27151490.22262632X-RAY DIFFRACTION99
2.8567-3.03560.30651300.2162660X-RAY DIFFRACTION99
3.0356-3.26990.26431500.19712650X-RAY DIFFRACTION99
3.2699-3.59880.22041340.17542629X-RAY DIFFRACTION98
3.5988-4.11910.21421390.15482554X-RAY DIFFRACTION95
4.1191-5.18790.19771290.14722417X-RAY DIFFRACTION89
5.1879-40.44990.1761210.17682389X-RAY DIFFRACTION87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.7751.00611.62285.66761.25464.15450.2143-0.1505-0.41410.2573-0.0956-0.11440.30170.1118-0.10290.2480.0930.01630.25510.0420.2337-10.314-50.618317.444
23.80160.2774-0.71321.18840.00122.26080.02120.1173-0.1155-0.1236-0.0690.05210.133-0.09820.04310.24550.0354-0.00080.1767-0.01540.2067-18.7221-39.264415.5474
33.7073-1.69530.55156.2641-2.53193.48430.2990.2493-0.1227-0.3602-0.01710.3812-0.09-0.3571-0.30460.32420.04320.01730.48020.020.3633-51.497-23.926810.6687
49.6957-3.77293.03224.46071.84955.40040.0457-0.3082-0.86411.1671-0.08170.98220.4092-0.28460.06650.35160.04450.08250.38870.00570.3509-47.8445-34.408911.6869
52.11360.73630.37752.16970.39211.61650.00980.22550.1968-0.0671-0.0660.3188-0.256-0.20440.05560.29340.09960.00530.33470.01970.2704-39.3647-17.759612.5634
61.22340.27880.13672.5447-0.02251.92890.06660.1242-0.0248-0.1397-0.08940.1082-0.1102-0.1278-0.00140.15680.079-0.02130.29130.01150.206-33.7835-24.379713.585
78.2484-2.37190.11232.5240.10552.58050.29330.0840.9084-0.311-0.1055-0.4383-0.51690.1239-0.13480.5117-0.02790.12090.1859-0.03860.5194-5.01930.129616.7001
82.9586-0.46990.3413.8468-0.70383.6213-0.04940.01350.3722-0.10920.073-0.2528-0.32150.0833-0.02710.2412-0.01240.04860.23620.00580.2848-7.6063-11.770616.4854
92.6596-1.1402-0.38943.0399-0.31332.31650.23670.41630.2344-0.8184-0.0821-0.109-0.043-0.0869-0.08780.3377-0.01650.05060.29360.01650.2399-13.4994-14.67887.2042
104.4761-2.34120.46274.0981-1.49482.9386-0.0772-0.5910.12220.20280.1974-0.1518-0.10.19170.00650.253-0.07520.03440.2811-0.08760.1146-13.9906-16.337428.1759
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 88 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 89 through 236 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 4 through 45 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 46 through 56 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 57 through 144 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 145 through 229 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 4 through 45 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 46 through 144 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 145 through 193 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 194 through 232 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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