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- PDB-4jit: Crystal Structure of E. coli XGPRT in complex with (S)-3-(Guanin-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jit
タイトルCrystal Structure of E. coli XGPRT in complex with (S)-3-(Guanin-9-yl)pyrrolidin-N-ylacetylphosphonic acid
要素Xanthine phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / XANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE / PURINE SALVAGE / NUCLEOSIDE PHOSPHONATE / ANTIBACTERIAL
機能・相同性Rossmann fold - #2020 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Chem-3ZF / :
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Keough, D.T. / Hockova, D. / Rejman, D. / Spacek, P. / Vrbkova, S. / Krecmerova, M. / Eng, W.S. / Jans, H. / West, N.P. / Naesens, L.M.J. ...Keough, D.T. / Hockova, D. / Rejman, D. / Spacek, P. / Vrbkova, S. / Krecmerova, M. / Eng, W.S. / Jans, H. / West, N.P. / Naesens, L.M.J. / de Jersey, J. / Guddat, L.W.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Inhibition of the Escherichia coli 6-oxopurine phosphoribosyltransferases by nucleoside phosphonates: potential for new antibacterial agents.
著者: Keough, D.T. / Hockova, D. / Rejman, D. / Spacek, P. / Vrbkova, S. / Krecmerova, M. / Eng, W.S. / Jans, H. / West, N.P. / Naesens, L.M. / de Jersey, J. / Guddat, L.W.
履歴
登録2013年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xanthine phosphoribosyltransferase
B: Xanthine phosphoribosyltransferase
C: Xanthine phosphoribosyltransferase
D: Xanthine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6516
ポリマ－67,9664
非ポリマー6842
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11220 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area24330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.066, 94.066, 162.633
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質
Xanthine phosphoribosyltransferase / Xanthine-guanine phosphoribosyltransferase


分子量: 16991.568 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: str. K-12 substr. MDS42 / 遺伝子: gpt, ECMDS42_0227 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H0Q6L9, xanthine phosphoribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-3ZF / {2-[(3S)-3-(2-amino-6-oxo-1,6-dihydro-9H-purin-9-yl)pyrrolidin-1-yl]-2-oxoethyl}phosphonic acid / 9-[(3S)-1-(ホスホノアセチル)-3β-ピロリジニル]-2-アミノ-1,6-ジヒドロ-6-オキソ-9H-プリン


分子量: 342.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N6O5P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.53 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 8% tacsimate, pH 7.0, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95369 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月6日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95369 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 18634 / Num. obs: 18634 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.8→2.8756 Å / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→19.87 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2642 928 10 %random
Rwork0.2076 ---
obs0.2133 18569 99.92 %-
all-18569 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4511 0 46 2 4559
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044669
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.866383
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.021679
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054722
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003817
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.87560.36591380.31011247X-RAY DIFFRACTION100
2.8756-2.960.33071430.27391278X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.05520.31411380.24941250X-RAY DIFFRACTION100
3.0552-3.16390.30291400.24331258X-RAY DIFFRACTION100
3.1639-3.29010.28491410.24091269X-RAY DIFFRACTION100
3.2901-3.43910.31741390.24111243X-RAY DIFFRACTION100
3.4391-3.61940.30031430.22931302X-RAY DIFFRACTION100
3.6194-3.84460.22841400.20981252X-RAY DIFFRACTION100
3.8446-4.1390.26061430.19641295X-RAY DIFFRACTION100
4.139-4.5510.23631420.18081276X-RAY DIFFRACTION100
4.551-5.19920.25511460.19231313X-RAY DIFFRACTION100
5.1992-6.51190.28651470.21141327X-RAY DIFFRACTION100
6.5119-19.87090.22171560.17251403X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -24.3803 Å / Origin y: 24.8837 Å / Origin z: -2.2408 Å
111213212223313233
T0.3744 Å20.02 Å2-0.0326 Å2-0.4091 Å20.0456 Å2--0.5581 Å2
L1.1473 °20.0194 °20.1228 °2-1.6511 °20.7866 °2--4.3733 °2
S0.0478 Å °-0.3061 Å °-0.0922 Å °0.1975 Å °0.1827 Å °-0.0604 Å °0.1808 Å °-0.0605 Å °-0.2462 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 3:151 ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 3:152 OR RESID 201:201 OR RESID 301:301 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 3:152 OR RESID 201:201 OR RESID 301:301 ) ) OR ( CHAIN D AND RESID 3:152 )A3 - 151
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 3:151 ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 3:152 OR RESID 201:201 OR RESID 301:301 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 3:152 OR RESID 201:201 OR RESID 301:301 ) ) OR ( CHAIN D AND RESID 3:152 )C3 - 152
3X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 3:151 ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 3:152 OR RESID 201:201 OR RESID 301:301 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 3:152 OR RESID 201:201 OR RESID 301:301 ) ) OR ( CHAIN D AND RESID 3:152 )C201
4X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 3:151 ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 3:152 OR RESID 201:201 OR RESID 301:301 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 3:152 OR RESID 201:201 OR RESID 301:301 ) ) OR ( CHAIN D AND RESID 3:152 )C301
5X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 3:151 ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 3:152 OR RESID 201:201 OR RESID 301:301 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 3:152 OR RESID 201:201 OR RESID 301:301 ) ) OR ( CHAIN D AND RESID 3:152 )B3 - 152
6X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 3:151 ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 3:152 OR RESID 201:201 OR RESID 301:301 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 3:152 OR RESID 201:201 OR RESID 301:301 ) ) OR ( CHAIN D AND RESID 3:152 )B201
7X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 3:151 ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 3:152 OR RESID 201:201 OR RESID 301:301 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 3:152 OR RESID 201:201 OR RESID 301:301 ) ) OR ( CHAIN D AND RESID 3:152 )B301
8X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 3:151 ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 3:152 OR RESID 201:201 OR RESID 301:301 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 3:152 OR RESID 201:201 OR RESID 301:301 ) ) OR ( CHAIN D AND RESID 3:152 )D3 - 152

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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