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- PDB-4jhz: Structure of E. coli beta-Glucuronidase bound with a novel, poten... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jhz
タイトルStructure of E. coli beta-Glucuronidase bound with a novel, potent inhibitor 2-[4-(1,3-benzodioxol-5-ylmethyl)piperazin-1-yl]-N-[(1S,2S,5S)-2,5-dimethoxycyclohexyl]acetamide
要素Beta-glucuronidase
キーワードhydrolase/hydrolase inhibitor / alpha/beta barrel / sugar-binding domain / beta-sandwich domain / hydrolase-hydrolase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


glucuronoside catabolic process / beta-glucuronidase / beta-glucuronidase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / protein-containing complex / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site / Glycosyl hydrolases family 2 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich ...Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site / Glycosyl hydrolases family 2 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2 / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1KV / Beta-glucuronidase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.831 Å
データ登録者Roberts, A.B. / Wallace, B.D. / Redinbo, M.R.
引用ジャーナル: Mol.Pharmacol. / 年: 2013
タイトル: Molecular Insights into Microbial beta-Glucuronidase Inhibition to Abrogate CPT-11 Toxicity.
著者: Roberts, A.B. / Wallace, B.D. / Venkatesh, M.K. / Mani, S. / Redinbo, M.R.
履歴
登録2013年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-glucuronidase
B: Beta-glucuronidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,0384
ポリマ－138,1992
非ポリマー8392
水2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3090 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area43660 Å2
手法PISA
2
A: Beta-glucuronidase
B: Beta-glucuronidase
ヘテロ分子

A: Beta-glucuronidase
B: Beta-glucuronidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)278,0758
ポリマ－276,3974
非ポリマー1,6784
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_758-x+2,y,-z+31
Buried area13360 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area80140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.305, 77.408, 126.291
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 124.84, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Beta-glucuronidase / GUS / Beta-D-glucuronoside glucuronosohydrolase


分子量: 69099.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b1617, gurA, gusA, JW1609, uidA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05804, beta-glucuronidase
#2: 化合物 ChemComp-1KV / 2-[4-(1,3-benzodioxol-5-ylmethyl)piperazin-1-yl]-N-[(1S,2S,5S)-2,5-dimethoxycyclohexyl]acetamide


分子量: 419.515 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H33N3O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.65 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 17% PEG 3350, 0.25 M MgAcetate, 0.02% sodium azide, 1mM 5,6-DIHYDRO-BENZO[H]CINNOLIN-3-YLAMINE, pH 7.4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.83→46.508 Å / Num. all: 31648 / Num. obs: 31648 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.83→2.92 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1299)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3K46

3k46


解像度: 2.831→46.508 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 25.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2473 1604 5.07 %
Rwork0.1957 --
obs0.1983 31634 98.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.831→46.508 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9429 0 60 124 9613
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0039747
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90313287
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0733431
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0351425
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041731
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8314-2.92270.3171520.26592659X-RAY DIFFRACTION97
2.9227-3.02720.26691450.24722692X-RAY DIFFRACTION99
3.0272-3.14840.32081470.24592707X-RAY DIFFRACTION99
3.1484-3.29160.2971420.23782731X-RAY DIFFRACTION99
3.2916-3.46510.28211460.2222706X-RAY DIFFRACTION99
3.4651-3.68210.25781380.21232741X-RAY DIFFRACTION99
3.6821-3.96630.24451470.19162697X-RAY DIFFRACTION99
3.9663-4.36520.2471450.17752756X-RAY DIFFRACTION99
4.3652-4.99620.19361540.15922748X-RAY DIFFRACTION99
4.9962-6.29220.2161470.18312767X-RAY DIFFRACTION99
6.2922-46.5140.24571410.17922826X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6571-0.3187-0.00790.74750.22010.96290.15321.6327-0.2819-0.2508-0.0947-0.3306-0.06010.4324-0.08050.39350.06310.16431.0852-0.21940.429388.2406-32.6325130.5286
24.286-2.1742.53474.1396-1.77085.56130.25620.3383-0.17130.11110.0484-0.40390.21530.2152-0.33360.2515-0.02130.05930.4409-0.09030.460996.6312-29.3316147.067
33.97630.2738-0.11461.14270.21681.37490.1713-0.31220.270.1119-0.0518-0.1042-0.14180.1138-0.08870.3179-0.02390.05030.19270.00540.258481.579-21.266155.8499
40.30260.0519-0.30250.14560.25951.9580.07541.103-0.0937-0.47980.00910.054-0.03050.12070.06210.56910.120.02942.0336-0.2237-0.320265.4978-29.9742115.7236
51.13941.01990.91651.1954-0.01283.24860.13580.4772-0.1667-0.16340.14620.071-0.1065-0.37030.24080.47680.0362-0.12451.2951-0.41120.417154.7316-36.5033119.8169
60.3064-0.1241-0.44810.59361.24522.9056-0.04940.1956-0.1536-0.4384-0.09490.05880.1608-0.0438-0.05390.77670.0889-0.02831.2812-1.06691.341368.6758-66.2329110.1368
70.4915-0.01970.13941.20160.52390.8769-0.1240.8172-0.6981-0.2644-0.12140.09150.0902-0.0755-0.09230.57360.0114-0.01130.956-1.02680.934462.6201-54.7213125.2905
81.0607-0.00290.38131.16630.78281.94440.09760.1152-0.0945-0.22470.0743-0.04880.0796-0.10870.21130.6097-0.047-0.12560.8875-0.67750.791654.7108-49.2379126.0809
90.48780.11490.14380.56870.15160.92990.09271.0564-1.3268-0.04760.10980.41220.2358-0.44240.2960.4282-0.14-0.19380.817-0.76521.307846.6881-53.8796134.5464
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 344 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 345 through 420 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 421 through 601 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid -1 through 135 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 136 through 190 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 191 through 252 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 253 through 334 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 335 through 371 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 372 through 601 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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