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- PDB-4jgc: Human TDG N140A mutant IN A COMPLEX WITH 5-carboxylcytosine (5caC) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jgc
タイトルHuman TDG N140A mutant IN A COMPLEX WITH 5-carboxylcytosine (5caC)
要素
  • G/T mismatch-specific thymine DNA glycosylase
  • oligonucleotide
  • oligonucleotide containing 5-carboxylcytosine
キーワードHYDROLASE/DNA / 5-carboxylcytosine / thymine DNA glycosylase / DNA modification / DNA 5mC oxidation / epigenetic regulation / DNA demethylation / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


thymine-DNA glycosylase / G/T mismatch-specific thymine-DNA glycosylase activity / G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase activity / TET1,2,3 and TDG demethylate DNA / chromosomal 5-methylcytosine DNA demethylation, oxidation pathway / pyrimidine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation / depyrimidination / sodium ion binding / DNA N-glycosylase activity ...thymine-DNA glycosylase / G/T mismatch-specific thymine-DNA glycosylase activity / G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase activity / TET1,2,3 and TDG demethylate DNA / chromosomal 5-methylcytosine DNA demethylation, oxidation pathway / pyrimidine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation / depyrimidination / sodium ion binding / DNA N-glycosylase activity / SUMO binding / mismatched DNA binding / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / uracil DNA N-glycosylase activity / chloride ion binding / regulation of embryonic development / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / epigenetic regulation of gene expression / protein kinase C binding / transcription coregulator activity / base-excision repair / PML body / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor binding / damaged DNA binding / nucleic acid binding / protein domain specific binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
G/T mismatch-specific thymine DNA glycosylasee TDG-like, eukaryotes / Uracil DNA glycosylase family 2 / Uracil-DNA Glycosylase, subunit E / Uracil-DNA glycosylase-like domain / Uracil-DNA glycosylase-like / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1RT / DNA / DNA (> 10) / G/T mismatch-specific thymine DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.582 Å
データ登録者Hashimoto, H. / Zhang, X. / Cheng, X.
引用ジャーナル: Dna Repair / 年: 2013
タイトル: Activity and crystal structure of human thymine DNA glycosylase mutant N140A with 5-carboxylcytosine DNA at low pH.
著者: Hashimoto, H. / Zhang, X. / Cheng, X.
履歴
登録2013年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月3日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: G/T mismatch-specific thymine DNA glycosylase
C: oligonucleotide
D: oligonucleotide containing 5-carboxylcytosine
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3034
ポリマ－40,1483
非ポリマー1551
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5000 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area17800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.486, 53.555, 81.902
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.10, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 G/T mismatch-specific thymine DNA glycosylase / Thymine-DNA glycosylase


分子量: 23027.645 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 111-308 / 変異: N140A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDG / プラスミド: pXC1057 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13569, thymine-DNA glycosylase
#2: DNA鎖 oligonucleotide


分子量: 8646.565 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA synthesis
#3: DNA鎖 oligonucleotide containing 5-carboxylcytosine


分子量: 8473.431 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA synthesis
#4: 化合物 ChemComp-1RT / 4-amino-2-oxo-1,2-dihydropyrimidine-5-carboxylic acid / 5-カルボキシシトシン


分子量: 155.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N3O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細5-CARBOXY-2'-DEOXYCYTIDINE MONOPHOSPHATE in the DNA GOT CLEAVED INTO 5-CARBOXYLCYTOSINE BASE AND 2- ...5-CARBOXY-2'-DEOXYCYTIDINE MONOPHOSPHATE in the DNA GOT CLEAVED INTO 5-CARBOXYLCYTOSINE BASE AND 2-DEOXY-5-PHOSPHONO-RIBOSE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.58 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6
詳細: 30% polyethylene glycol (PEG) 4000, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月30日
詳細: ROSENBAUM-ROCK MONOCHROMATO HIGH-RESOLUTION DOUBLE-CRYSTAL SI(220) SAGITTAL FOCUSING, ROSENBAUM-ROCK VERTICAL FOCUSING MIRROR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.582→45.56 Å / Num. obs: 11604 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 2.582→2.68 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.365 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 922 / % possible all: 73.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4FNC

4fnc


解像度: 2.582→45.56 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2833 578 5 %RANDOM
Rwork0.2298 ---
obs0.2324 11567 91.79 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.336 Å2 / ksol: 0.324 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-31.1096 Å2-0 Å2-3.7997 Å2
2---10.6579 Å20 Å2
3----20.4517 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.582→45.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1524 1133 11 22 2690
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0192853
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1964097
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.9161131
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05451
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007331
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5824-2.84230.39851220.38342232X-RAY DIFFRACTION76
2.8423-3.25350.36471390.27942753X-RAY DIFFRACTION92
3.2535-4.09860.29111560.22772974X-RAY DIFFRACTION99
4.0986-45.56910.23541610.19393030X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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