[日本語] English
万見
- PDB-4jgb: Crystal Structure of Putative exported protein from Burkholderia ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jgb
タイトルCrystal Structure of Putative exported protein from Burkholderia pseudomallei
要素Putative exported protein
キーワードPROTEIN BINDING / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / Putative exported protein
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the CH-NH group of donors, NAD or NADP as acceptor
類似検索 - 分子機能
: / NAD(P)H-binding / NAD(P)-binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of Putative exported protein from Burkholderia pseudomallei
著者: Dranow, D.M. / Fairman, J.W. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.
履歴
登録2013年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative exported protein
B: Putative exported protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3927
ポリマ－43,9462
非ポリマー4465
水4,306239
1
A: Putative exported protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2274
ポリマ－21,9731
非ポリマー2543
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative exported protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1653
ポリマ－21,9731
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.390, 76.280, 78.580
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.420, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Putative exported protein


分子量: 21972.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
株: K96243 / 遺伝子: BPSL1273 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q63VH2
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.38 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: JCSG+, D4: 0.2M Lithium sulfate, 0.1M Sodium acetate pH 4.5, 30% (w/v) PEG8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 25023 / Num. obs: 24798 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 24.859 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 12.69
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.05-2.10.2883.794279170792.5
2.1-2.160.2844.795487175598.9
2.16-2.220.2456.136361175699.7
2.22-2.290.2226.636165168999.6
2.29-2.370.1937.415976163399.8
2.37-2.450.1648.275917160399.9
2.45-2.540.1628.357911557100
2.54-2.650.1459.265394145299.6
2.65-2.760.12210.475228139699.8
2.76-2.90.09912.5450761362100
2.9-3.060.0814.254868129699.5
3.06-3.240.0731645361208100
3.24-3.470.05619.4343431156100
3.47-3.740.04424.494012106999.7
3.74-4.10.0427.45368398099.7
4.1-4.580.04427.76340791299.6
4.58-5.290.04724.72289878199.4
5.29-6.480.06218.98251367299.4
6.48-9.170.04427.13192752499.4
9.170.03233.0399429096.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DHN

3dhn


解像度: 2.05→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 9.761 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.236 / ESU R Free: 0.202 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2601 1264 5.1 %RANDOM
Rwork0.2039 ---
obs0.2069 24798 99.1 %-
all-25023 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 59.68 Å2 / Biso mean: 20.928 Å2 / Biso min: 5.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.29 Å2-0 Å20.05 Å2
2---0.87 Å2-0 Å2
3----0.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2963 0 24 239 3226
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0193050
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4611.9574148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8135413
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.89523.36125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.54615437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9581524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2477
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212348
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6641.1851646
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1161.7712052
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0141.2931404
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 79 -
Rwork0.217 1625 -
all-1704 -
obs--92.16 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.67250.2305-0.69111.7862-0.03712.4905-0.14960.1097-0.16670.15930.00690.2228-0.0387-0.2630.14270.05350.00090.03140.0287-0.01410.071810.738121.61638.3601
21.17670.2647-0.15341.7524-0.2080.86620.01720.01670.07190.08140.0319-0.0198-0.0545-0.0197-0.04910.02970.01320.01710.02290.0060.017819.749135.85110.1829
31.1680.93950.14622.82961.76083.5774-0.221-0.07850.1929-0.3201-0.14130.5308-0.2201-0.38060.36230.07030.0379-0.09450.0538-0.0440.168742.828238.979631.1761
41.16560.10880.53532.52680.48560.6492-0.0155-0.0123-0.0037-0.3391-0.0130.0567-0.0117-0.00080.02850.0681-0.0023-0.01010.0121-0.0010.006250.93524.382429.2829
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 75
2X-RAY DIFFRACTION2A76 - 209
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 74
4X-RAY DIFFRACTION4B75 - 209

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る