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万見
- PDB-4jfh: High Affinity alpha24-beta17 T Cell Receptor for A2 HLA-Melanoma ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jfh
タイトルHigh Affinity alpha24-beta17 T Cell Receptor for A2 HLA-Melanoma peptide complex
要素
  • alpha24 TCR allele
  • beta17 TCR allele
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin / HLA / TCR / Melanoma / High Affinity
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-beta T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / response to bacterium / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway ...alpha-beta T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / response to bacterium / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / immune response / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / : / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / : / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T cell receptor alpha chain constant / T cell receptor beta constant 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Rizkallah, P.J. / Cole, D.K. / Madura, F. / Sewell, A.K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: T-cell receptor specificity maintained by altered thermodynamics.
著者: Madura, F. / Rizkallah, P.J. / Miles, K.M. / Holland, C.J. / Bulek, A.M. / Fuller, A. / Schauenburg, A.J. / Miles, J.J. / Liddy, N. / Sami, M. / Li, Y. / Hossain, M. / Baker, B.M. / Jakobsen, ...著者: Madura, F. / Rizkallah, P.J. / Miles, K.M. / Holland, C.J. / Bulek, A.M. / Fuller, A. / Schauenburg, A.J. / Miles, J.J. / Liddy, N. / Sami, M. / Li, Y. / Hossain, M. / Baker, B.M. / Jakobsen, B.K. / Sewell, A.K. / Cole, D.K.
履歴
登録2013年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月5日Group: Database references
改定 1.22013年6月19日Group: Database references
改定 1.32013年7月17日Group: Database references
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: alpha24 TCR allele
E: beta17 TCR allele
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,25011
ポリマ－49,5602
非ポリマー6919
水2,900161
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6000 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area21860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.140, 97.140, 123.080
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 / 抗体 , 2種, 2分子 DE

#1: タンパク質 alpha24 TCR allele


分子量: 22168.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGMT7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3 / 参照: UniProt: P01848*PLUS
#2: 抗体 beta17 TCR allele


分子量: 27391.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGMT7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Roseatta DE3 / 参照: UniProt: P01850*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 170分子

#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.64 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M sodium cacodylate, 20% PEG 8000, 0.2 M ammonium sulphate, pH 6.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9778 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2011年2月26日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→49.67 Å / Num. all: 26783 / Num. obs: 26783 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 52.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.192 / Rsym value: 0.192 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル

Rmerge(I) obs: 0.025 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.4-2.4611.50.22208019272.542100
2.46-2.5311.40.32184119101.759100
2.53-2.611.30.42095418501.492100
2.6-2.6810.80.41952618001.295100
2.68-2.7710.80.51889217441.002100
2.77-2.8711.50.71953417040.76100
2.87-2.9811.411854716240.545100
2.98-3.111.21.31759615780.421100
3.1-3.2410.71.81639715280.315100
3.24-3.4102.61435214360.218100
3.4-3.58113.31518113840.176100
3.58-3.810.74.51396913050.136100
3.8-4.06105.71236812320.109100
4.06-4.3810.47.51211511670.082100
4.38-4.810.881158010700.074100
4.8-5.3710.67.2103559770.081100
5.37-6.2107.285988580.086100
6.2-7.5910.98.181047420.077100
7.59-10.749.88.758135920.061100
10.74-49.66998.632123550.06199.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.15データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
GDAデータ収集
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→49.669 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / WRfactor Rfree: 0.2567 / WRfactor Rwork: 0.2027 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8409 / SU B: 12.986 / SU ML: 0.156 / SU R Cruickshank DPI: 0.2888 / SU Rfree: 0.2301 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.289 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 1346 5 %RANDOM
Rwork0.2005 ---
obs0.2029 26749 100 %-
all-26751 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 159.8 Å2 / Biso mean: 44.6317 Å2 / Biso min: 13.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1 Å20.5 Å20 Å2
2--1 Å20 Å2
3----1.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→49.669 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3492 0 41 161 3694
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0223622
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022449
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2061.9464922
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.68335950
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.955442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.6224.629175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.85915562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4091519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2518
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0214056
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02739
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9561.52218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2161.5887
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.84923582
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.77631404
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3814.51340
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.464 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.391 91 -
Rwork0.286 1834 -
all-1925 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4219-1.0786-1.67425.09242.27293.82170.07220.02530.02210.2077-0.06-0.0715-0.16220.0195-0.01220.05730.0140.00470.1030.06040.03619.864457.005652.7725
29.77012.6229-2.28979.1427-0.93338.03130.13960.19450.19540.0079-0.08010.47320.2033-1.1278-0.05940.14140.0508-0.01860.40980.02930.130512.620329.262134.502
33.62560.4424-0.34615.25581.82147.32770.03830.1980.12880.032-0.2140.2731-0.2908-0.24560.17570.01390.0045-0.00250.10310.01950.0275-4.199545.562367.5915
47.7265-1.31-1.97642.02710.17162.3373-0.08930.1962-0.3073-0.0447-0.09320.40280.27-0.43970.18250.1223-0.09190.00070.1481-0.05580.09468.400323.177448.9311
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1D1 - 115
2X-RAY DIFFRACTION2D116 - 200
3X-RAY DIFFRACTION3E1 - 117
4X-RAY DIFFRACTION4E118 - 244

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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