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- PDB-4jf7: Structure of the parainfluenza virus 5 (PIV5) hemagglutinin-neura... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jf7
タイトルStructure of the parainfluenza virus 5 (PIV5) hemagglutinin-neuraminidase (HN) ectodomain
要素Hemagglutinin-neuraminidase
キーワードVIRAL PROTEIN / paramyxovirus / PIV5 / attachment protein / HN / receptor binding protein / ectodomain
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / viral budding from plasma membrane / host cell surface receptor binding / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / viral budding from plasma membrane / host cell surface receptor binding / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #110 / Haemagglutinin-neuraminidase / Haemagglutinin/haemagglutinin-neuraminidase, paramyxovirus / Haemagglutinin-neuraminidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #110 / Haemagglutinin-neuraminidase / Haemagglutinin/haemagglutinin-neuraminidase, paramyxovirus / Haemagglutinin-neuraminidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin-neuraminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Simian virus 5 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5018 Å
データ登録者Welch, B.D. / Yuan, P. / Bose, S. / Kors, C.A. / Lamb, R.A. / Jardetzky, T.S.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2013
タイトル: Structure of the Parainfluenza Virus 5 (PIV5) Hemagglutinin-Neuraminidase (HN) Ectodomain.
著者: Welch, B.D. / Yuan, P. / Bose, S. / Kors, C.A. / Lamb, R.A. / Jardetzky, T.S.
履歴
登録2013年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Hemagglutinin-neuraminidase
A: Hemagglutinin-neuraminidase
B: Hemagglutinin-neuraminidase
C: Hemagglutinin-neuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,92524
ポリマ－226,1834
非ポリマー4,74320
水12,394688
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23900 Å2
ΔGint-146 kcal/mol
Surface area66940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)194.390, 194.390, 185.979
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 DABC

#1: タンパク質
Hemagglutinin-neuraminidase


分子量: 56545.688 Da / 分子数: 4 / 断片: ectodomain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Simian virus 5 (ウイルス) / 株: W3 / 遺伝子: HN / プラスミド: pBACgus-11 / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P04850, exo-alpha-sialidase

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糖 , 3種, 12分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 696分子

#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 688 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細The chain names represent the author's most probable connectivity despite the chain breaks

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.33 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M MES monohydrate pH 6.5, 10% v/v 1,4-dioxane, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年11月28日
放射モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→35 Å / Num. all: 118507 / Num. obs: 118507 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
2.5-2.596.10.522118681100
2.59-2.696.10.389117991100
2.69-2.826.20.28118321100
2.82-2.966.30.201117821100
2.96-3.156.40.138118391100
3.15-3.396.50.094118381100
3.39-3.736.50.071118671100
3.73-4.276.30.066118491100
4.27-5.386.30.057118781100
5.38-356.20.03711955199.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化解像度: 2.5018→34.364 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.28 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2068 1972 1.7 %
Rwork0.1656 114108 -
obs0.1663 116080 97.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.914 Å2 / ksol: 0.335 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 183.92 Å2 / Biso mean: 50.8227 Å2 / Biso min: 10.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.6002 Å20 Å2-0 Å2
2--2.6002 Å20 Å2
3----5.2003 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5018→34.364 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15414 0 298 688 16400
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01116140
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1821977
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0782521
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052792
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6925766
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5018-2.56430.27831300.20897483761390
2.5643-2.63360.27211350.20817802793794
2.6336-2.71110.25791570.19767894805195
2.7111-2.79850.24751310.18968033816497
2.7985-2.89850.24051420.17898100824298
2.8985-3.01450.22821310.17298194832598
3.0145-3.15160.19941480.16648214836299
3.1516-3.31760.23891390.165483288467100
3.3176-3.52530.23041460.165383088454100
3.5253-3.79720.19571400.15782738413100
3.7972-4.17870.17031360.144583368472100
4.1787-4.7820.17341480.135183608508100
4.782-6.01950.18721340.156183548488100
6.0195-34.36680.19461550.188984298584100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.76690.7582-0.23732.15530.40390.7763-0.05280.46050.1628-1.0197-0.01990.6192-0.3225-0.51980.43820.9960.3831-0.40530.9352-0.24860.983516.5845190.3699-55.3235
21.1763-0.3730.05290.8902-0.08670.7870.13180.29010.2304-0.1343-0.0776-0.4869-0.13920.189-0.03110.11930.04160.03310.18990.02890.284365.6486227.3966-21.4826
30.99430.488-0.23780.3055-0.00230.26750.10730.5788-0.0955-0.67580.06610.42410.3301-0.1970.0721.09380.2582-0.4310.8044-0.08410.743927.1766201.0726-48.431
40.4266-0.12720.17240.3497-0.04140.4986-0.1043-0.7615-0.1290.53150.17750.2105-0.0355-0.3196-0.02850.27150.18020.03070.55730.2853-0.312734.9457227.396610.8374
56.59270.12062.66743.8385-0.30434.4426-0.26630.55030.0724-0.85270.04410.4864-0.6242-0.23190.07860.86120.0693-0.0380.66460.04230.807530.786190.9568-59.154
60.2622-0.0038-0.14680.32920.18851.1618-0.09270.3265-0.029-0.37770.09260.0784-0.0281-0.3756-0.02890.1956-0.14990.2250.41820.0761-0.422144.9307167.3617-52.4563
74.4523-0.05021.12961.3024-0.85365.6952-0.46490.2914-0.2696-1.06510.03680.6324-1.2467-1.33030.33660.93520.0606-0.26660.7904-0.08660.77523.1793182.7761-59.2565
81.35870.87620.00861.8714-0.66113.99520.1289-0.0271-0.1228-0.0076-0.0151-0.23420.2315-0.1087-0.12820.15-0.0294-0.0070.1003-0.01440.243960.4049167.9744-20.5191
90.8255-0.21841.09141.65420.33671.6883-0.11040.02880.0458-0.19530.0037-0.28980.07880.02580.13260.1301-0.01760.06220.192-0.0520.197860.4863180.8972-26.4803
101.3522-0.14550.35590.3925-0.07380.91360.0309-0.1549-0.07110.0227-0.0528-0.27120.00490.1829-0.00050.0626-0.0119-0.00710.1913-0.0430.397277.7292188.861-14.7065
111.65910.11390.51610.6893-0.06980.98940.0621-0.0672-0.1770.06110.0071-0.44750.19310.1343-0.04360.14950.0095-0.02910.182-00.381273.4508172.4617-15.544
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 58:119)A58 - 119
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 120:565)A120 - 565
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resseq 58:114)B58 - 114
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resseq 115:565)B115 - 565
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resseq 58:124)C58 - 124
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resseq 125:565)C125 - 565
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resseq 58:98)D58 - 98
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resseq 99:165)D99 - 165
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resseq 166:241)D166 - 241
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resseq 242:366)D242 - 366
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resseq 367:565)D367 - 565

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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